与 R tidyverse 接口的 Seurat。
Interfacing Seurat with the R tidy universe.
机构信息
Bioinformatics Division, The Walter and Eliza Hall Institute, Parkville, VIC 3052, Australia.
Department of Medical Biology, University of Melbourne, Melbourne, VIC 3010, Australia.
出版信息
Bioinformatics. 2021 Nov 18;37(22):4100-4107. doi: 10.1093/bioinformatics/btab404.
MOTIVATION
Seurat is one of the most popular software suites for the analysis of single-cell RNA sequencing data. Considering the popularity of the tidyverse ecosystem, which offers a large set of data display, query, manipulation, integration and visualization utilities, a great opportunity exists to interface the Seurat object with the tidyverse. This interface gives the large data science community of tidyverse users the possibility to operate with familiar grammar.
RESULTS
To provide Seurat with a tidyverse-oriented interface without compromising efficiency, we developed tidyseurat, a lightweight adapter to the tidyverse. Tidyseurat displays cell information as a tibble abstraction, allowing intuitively interfacing Seurat with dplyr, tidyr, ggplot2 and plotly packages powering efficient data manipulation, integration and visualization. Iterative analyses on data subsets are enabled by interfacing with the popular nest-map framework.
AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION
The software is freely available at cran.r-project.org/web/packages/tidyseurat and github.com/stemangiola/tidyseurat.
SUPPLEMENTARY INFORMATION
Supplementary data are available at Bioinformatics online.
动机
Seurat 是分析单细胞 RNA 测序数据最流行的软件套件之一。考虑到 tidyverse 生态系统的流行，它提供了大量的数据显示、查询、操作、集成和可视化实用程序，因此存在一个很好的机会将 Seurat 对象与 tidyverse 接口。这个接口为熟悉语法的 tidyverse 用户的大型数据科学社区提供了操作的可能性。
结果
为了在不影响效率的情况下为 Seurat 提供面向 tidyverse 的接口，我们开发了 tidyseurat，这是一个轻量级的 tidyverse 适配器。tidyseurat 将细胞信息显示为 tibble 抽象，允许直观地将 Seurat 与 dplyr、tidyr、ggplot2 和 plotly 包接口，从而实现高效的数据操作、集成和可视化。通过与流行的 nest-map 框架接口，可以对数据子集进行迭代分析。
可用性和实现
该软件可在 cran.r-project.org/web/packages/tidyseurat 和 github.com/stemangiola/tidyseurat 上免费获得。
补充信息
补充数据可在 Bioinformatics 在线获得。
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