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利用环形向导 RNA 招募内源性 ADAR 实现高效的体外和体内 RNA 编辑。

Efficient in vitro and in vivo RNA editing via recruitment of endogenous ADARs using circular guide RNAs.

机构信息

Department of Bioengineering, University of California, San Diego, San Diego, CA, USA.

Department of Medicine, University of California, San Diego, San Diego, CA, USA.

出版信息

Nat Biotechnol. 2022 Jun;40(6):938-945. doi: 10.1038/s41587-021-01171-4. Epub 2022 Feb 10.

Abstract

Recruiting endogenous adenosine deaminases using exogenous guide RNAs to edit cellular RNAs is a promising therapeutic strategy, but editing efficiency and durability remain low using current guide RNA designs. In this study, we engineered circular ADAR-recruiting guide RNAs (cadRNAs) to enable more efficient programmable adenosine-to-inosine RNA editing without requiring co-delivery of any exogenous proteins. Using these cadRNAs, we observed robust and durable RNA editing across multiple sites and cell lines, in both untranslated and coding regions of RNAs, and high transcriptome-wide specificity. Additionally, we increased transcript-level specificity for the target adenosine by incorporating interspersed loops in the antisense domains, reducing bystander editing. In vivo delivery of cadRNAs via adeno-associated viruses enabled 53% RNA editing of the mPCSK9 transcript in C57BL/6J mice livers and 12% UAG-to-UGG RNA correction of the amber nonsense mutation in the IDUA-W392X mouse model of mucopolysaccharidosis type I-Hurler syndrome. cadRNAs enable efficient programmable RNA editing in vivo with diverse protein modulation and gene therapeutic applications.

摘要

利用外源性向导 RNA 招募内源性腺苷脱氨酶来编辑细胞 RNA 是一种很有前途的治疗策略,但使用当前的向导 RNA 设计,编辑效率和持久性仍然很低。在这项研究中,我们设计了环状 ADAR 招募向导 RNA(cadRNA),以实现更有效的可编程腺苷到肌苷 RNA 编辑,而无需共递送任何外源性蛋白。使用这些 cadRNA,我们观察到在多个位点和细胞系中,在 RNA 的非翻译和编码区,以及在全转录组范围内具有强大和持久的 RNA 编辑,并且具有很高的特异性。此外,我们通过在反义结构域中插入间隔环,提高了目标腺苷的转录水平特异性,从而减少了旁观者编辑。通过腺相关病毒体内递送 cadRNA,能够使 C57BL/6J 小鼠肝脏中 mPCSK9 转录物的 RNA 编辑效率达到 53%,并使 IDUA-W392X 小鼠模型中粘多糖贮积症 I-Hurler 综合征的琥珀终止密码子 UAG 突变为 UGG 的 RNA 校正效率达到 12%。cadRNA 可实现高效的可编程 RNA 编辑,具有多样化的蛋白质调节和基因治疗应用。

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