• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

进步的短散布重复序列:移动元件在分子生态学中的应用

SINEs of progress: Mobile element applications to molecular ecology.

作者信息

Ray David A

机构信息

Department of Biology, West Virginia University, 53 Campus Dr, Morgantown, WV 26506, USA.

出版信息

Mol Ecol. 2007 Jan;16(1):19-33. doi: 10.1111/j.1365-294X.2006.03104.x.

DOI:10.1111/j.1365-294X.2006.03104.x
PMID:17181718
Abstract

Mobile elements represent a unique and under-utilized set of tools for molecular ecologists. They are essentially homoplasy-free characters with the ability to be genotyped in a simple and efficient manner. Interpretation of the data generated using mobile elements can be simple compared to other genetic markers. They exist in a wide variety of taxa and are useful over a wide selection of temporal ranges within those taxa. Furthermore, their mode of evolution instills them with another advantage over other types of multilocus genotype data: the ability to determine loci applicable to a range of time spans in the history of a taxon. In this review, I discuss the application of mobile element markers, especially short interspersed elements (SINEs), to phylogenetic and population data, with an emphasis on potential applications to molecular ecology.

摘要

移动元件是分子生态学家一套独特且未得到充分利用的工具。它们本质上是无平行进化特征,能够以简单高效的方式进行基因分型。与其他遗传标记相比,对使用移动元件生成的数据进行解读可能较为简单。它们存在于各种各样的分类单元中,并且在这些分类单元内广泛的时间范围内都很有用。此外,它们的进化模式赋予了它们相对于其他类型多位点基因型数据的另一个优势:能够确定适用于一个分类单元历史中一系列时间跨度的基因座。在这篇综述中,我将讨论移动元件标记,特别是短散在元件(SINEs)在系统发育和种群数据中的应用,重点是在分子生态学中的潜在应用。

相似文献

1
SINEs of progress: Mobile element applications to molecular ecology.进步的短散布重复序列:移动元件在分子生态学中的应用
Mol Ecol. 2007 Jan;16(1):19-33. doi: 10.1111/j.1365-294X.2006.03104.x.
2
Mobile element-based forensic genomics.基于移动元件的法医基因组学。
Mutat Res. 2007 Mar 1;616(1-2):24-33. doi: 10.1016/j.mrfmmm.2006.11.019. Epub 2006 Dec 8.
3
A mobile element based phylogeny of Old World monkeys.基于移动元件的旧世界猴系统发育研究。
Mol Phylogenet Evol. 2005 Dec;37(3):872-80. doi: 10.1016/j.ympev.2005.04.015. Epub 2005 Jun 3.
4
SINE insertions: powerful tools for molecular systematics.短散在重复序列插入:分子系统学的强大工具。
Bioessays. 2000 Feb;22(2):148-60. doi: 10.1002/(SICI)1521-1878(200002)22:2<148::AID-BIES6>3.0.CO;2-Z.
5
[Short interspersed repetitive sequences (SINEs) and their use as a phylogenetic tool].[短散在重复序列(SINEs)及其作为系统发育工具的应用]
Mol Biol (Mosk). 2009 Sep-Oct;43(5):795-806.
6
Alu insertion loci and platyrrhine primate phylogeny.Alu插入位点与阔鼻猴灵长类动物系统发育
Mol Phylogenet Evol. 2005 Apr;35(1):117-26. doi: 10.1016/j.ympev.2004.10.023. Epub 2005 Jan 18.
7
Ten years of AFLP in ecology and evolution: why so few animals?扩增片段长度多态性(AFLP)在生态学与进化领域的十年:为何动物研究如此之少?
Mol Ecol. 2005 Sep;14(10):2899-914. doi: 10.1111/j.1365-294X.2005.02655.x.
8
The evolution of two partner LINE/SINE families and a full-length chromodomain-containing Ty3/Gypsy LTR element in the first reptilian genome of Anolis carolinensis.卡罗莱纳安乐蜥首个爬行动物基因组中两个伙伴LINE/SINE家族及一个含全长染色质结构域的Ty3/Gypsy LTR元件的进化。
Gene. 2009 Jul 15;441(1-2):111-8. doi: 10.1016/j.gene.2008.11.030. Epub 2008 Dec 14.
9
Occurrence of Can-SINEs and intron sequence evolution supports robust phylogeny of pinniped carnivores and their terrestrial relatives.Can-SINEs的出现和内含子序列进化支持鳍足类食肉动物及其陆地近亲的可靠系统发育。
Gene. 2009 Dec 15;448(2):221-6. doi: 10.1016/j.gene.2009.06.012. Epub 2009 Jun 27.
10
Retroposon mapping in molecular systematics.分子系统学中的反转录转座子图谱分析
Methods Mol Biol. 2004;260:189-226. doi: 10.1385/1-59259-755-6:189.

引用本文的文献

1
Framework of the Subfamily Evolution in the Platyrrhine Three-Family Clade of Cebidae, Callithrichidae, and Aotidae.阔鼻猴三科(卷尾猴科、狨科和蜘蛛猴科)亚科进化框架。
Genes (Basel). 2023 Jan 18;14(2):249. doi: 10.3390/genes14020249.
2
Identification and functional characterization of the German cockroach, Blattella germanica, short interspersed nuclear elements.鉴定和功能分析德国蟑螂(Blattella germanica)短散在核元件。
PLoS One. 2022 Jun 13;17(6):e0266699. doi: 10.1371/journal.pone.0266699. eCollection 2022.
3
Genetic Diversity and Population Structures in Chinese Miniature Pigs Revealed by SINE Retrotransposon Insertion Polymorphisms, a New Type of Genetic Markers.
新型遗传标记SINE反转录转座子插入多态性揭示中国小型猪的遗传多样性和群体结构
Animals (Basel). 2021 Apr 15;11(4):1136. doi: 10.3390/ani11041136.
4
Guidelines for the Choice of Sequences for Molecular Plant Taxonomy.分子植物分类学序列选择指南
Methods Mol Biol. 2021;2222:39-55. doi: 10.1007/978-1-0716-0997-2_2.
5
SINE Retrotransposon variation drives Ecotypic disparity in natural populations of .短散在核元件反转录转座子变异驱动了……自然种群中的生态型差异。 需注意,原文中“of.”后面缺少具体内容,翻译可能不太完整准确。
Mob DNA. 2020 Jan 8;11:4. doi: 10.1186/s13100-019-0198-8. eCollection 2020.
6
Optimizing Phylogenomics with Rapidly Evolving Long Exons: Comparison with Anchored Hybrid Enrichment and Ultraconserved Elements.利用快速进化的长外显子优化系统发生基因组学:与锚定混合富集和超保守元件的比较。
Mol Biol Evol. 2020 Mar 1;37(3):904-922. doi: 10.1093/molbev/msz263.
7
Recently integrated insertions in the squirrel monkey () lineage and application for population analyses.松鼠猴()谱系中最近整合的插入序列及其在群体分析中的应用。
Mob DNA. 2018 Feb 12;9:9. doi: 10.1186/s13100-018-0114-7. eCollection 2018.
8
Evolution of Alu Subfamily Structure in the Saimiri Lineage of New World Monkeys.新世界猴松鼠猴谱系中 Alu 亚家族结构的演化。
Genome Biol Evol. 2017 Sep 1;9(9):2365-2376. doi: 10.1093/gbe/evx172.
9
Useful parasites: the evolutionary biology and biotechnology applications of transposable elements.有用的寄生虫:转座元件的进化生物学与生物技术应用
J Genet. 2016 Dec;95(4):1039-1052. doi: 10.1007/s12041-016-0702-6.
10
The devil is in the details: Transposable element analysis of the Tasmanian devil genome.细节决定成败:袋獾基因组的转座元件分析
Mob Genet Elements. 2015 Dec 4;6(1):e1119926. doi: 10.1080/2159256X.2015.1119926. eCollection 2016 Jan-Feb.