V3 区种群序列测定确定的基因型假阳性率可预测焦磷酸测序检测到的 HIV-1 CXCR4 利用病毒载量。
The genotypic false positive rate determined by V3 population sequencing can predict the burden of HIV-1 CXCR4-using species detected by pyrosequencing.
机构信息
Department of Experimental Medicine and Surgery, University of Tor Vergata Rome, Italy.
出版信息
PLoS One. 2013;8(1):e53603. doi: 10.1371/journal.pone.0053603. Epub 2013 Jan 14.
OBJECTIVE
The false-positive rate (FPR) is a percentage-score provided by Geno2Pheno-algorithm indicating the likelihood that a V3-sequence is falsely predicted as CXCR4-using. We evaluated the correlation between FPR obtained by V3 population-sequencing and the burden of CXCR4-using variants detected by V3 ultra-deep sequencing (UDPS) and Enhanced-Sensitivity Trofile assay (ESTA).
METHODS
54 HIV-1 B-subtype infected-patients (all maraviroc-naïve), with viremia >10,000copies/ml, were analyzed. HIV-tropism was assessed by V3 population-sequencing, UDPS (considering variants with >0.5% prevalence), and ESTA.
RESULTS
By UDPS, CCR5-using variants were detected in 53/54 patients, irrespective of FPR values, and their intra-patient prevalence progressively increased by increasing the FPR obtained by V3 population-sequencing (rho = 0.75, p = 5.0e-8). Conversely, the intra-patient prevalence of CXCR4-using variants in the 54 patients analyzed progressively decreased by increasing the FPR (rho = -0.61; p = 9.3e-6). Indeed, no CXCR4-using variants were detected in 13/13 patients with FPR>60. They were present in 7/18 (38.8%) patients with FPR 20-60 (intra-patient prevalence range: 2.1%-18.4%), in 5/7 (71.4%) with FPR 10-20, in 4/6 (66.7%) with FPR 5-10, and in 10/10(100%) with FPR<5 (intra-patient prevalence range: 12.1%-98.1%).
CONCLUSIONS
FPR by V3 population-sequencing can predict the burden of CXCR4-using variants. This information can be used to optimize the management of tropism determination in clinical practice. Due to its low cost and short turnaround time, V3 population-sequencing may represent the most feasible test for HIV-1 tropism determination. More sensitive methodologies (as UDPS) might be useful when V3 population-sequencing provides a FPR >20 (particularly in the range 20-60), allowing a more careful identification of patients harboring CXCR4-using variants.
目的
假阳性率（FPR）是由 Geno2Pheno 算法提供的百分比评分，用于指示 V3 序列被错误预测为 CXCR4 使用的可能性。我们评估了通过 V3 群体测序获得的 FPR 与通过 V3 超深度测序（UDPS）和增强敏感性 Trofile 分析（ESTA）检测到的 CXCR4 使用变体的负担之间的相关性。
方法
对 54 名 HIV-1 B 亚型感染患者（均未接受马拉维若治疗，病毒载量>10,000copies/ml）进行分析。通过 V3 群体测序、UDPS（考虑流行率>0.5%的变体）和 ESTA 评估 HIV 嗜性。
结果
通过 UDPS，在 54 名患者中均检测到 CCR5 使用变体，无论 FPR 值如何，其患者内流行率均随 V3 群体测序获得的 FPR 增加而逐渐增加（rho=0.75，p=5.0e-8）。相反，在分析的 54 名患者中，CXCR4 使用变体的患者内流行率随 FPR 增加而逐渐降低（rho=-0.61；p=9.3e-6）。实际上，在 FPR>60 的 13 名患者中未检测到 CXCR4 使用变体。在 FPR 为 20-60 的 18 名患者中（患者内流行率范围：2.1%-18.4%）存在 7 例（38.8%），在 FPR 为 10-20 的 7 名患者中存在 5 例（71.4%），在 FPR 为 5-10 的 6 名患者中存在 4 例（66.7%），在 FPR<5 的 10 名患者中存在 10 例（100%）（患者内流行率范围：12.1%-98.1%）。
结论
V3 群体测序的 FPR 可预测 CXCR4 使用变体的负担。该信息可用于优化临床实践中对嗜性确定的管理。由于成本低且周转时间短，V3 群体测序可能是 HIV-1 嗜性测定最可行的检测方法。当 V3 群体测序提供的 FPR>20 时（尤其是在 20-60 的范围内），更敏感的方法（如 UDPS）可能会更有用，这允许更仔细地识别携带 CXCR4 使用变体的患者。
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