• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

Engineering teams up with computer-simulation and visualization tools to probe biomolecular mechanisms.

作者信息

Schlick Tamar

机构信息

Department of Chemistry, New York University, New York, New York 10012, USA.

出版信息

Biophys J. 2003 Jul;85(1):1-4. doi: 10.1016/S0006-3495(03)74448-8.

DOI:10.1016/S0006-3495(03)74448-8
PMID:12829458
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC1303059/
Abstract
摘要

相似文献

1
Engineering teams up with computer-simulation and visualization tools to probe biomolecular mechanisms.工程团队与计算机模拟和可视化工具合作，以探究生物分子机制。
Biophys J. 2003 Jul;85(1):1-4. doi: 10.1016/S0006-3495(03)74448-8.
2
Mechanisms of selectivity in channels and enzymes studied with interactive molecular dynamics.通过交互式分子动力学研究通道和酶的选择性机制。
Biophys J. 2003 Jul;85(1):36-48. doi: 10.1016/S0006-3495(03)74452-X.
3
Glycerol conductance and physical asymmetry of the Escherichia coli glycerol facilitator GlpF.大肠杆菌甘油转运蛋白GlpF的甘油传导性与物理不对称性
Biophys J. 2003 Nov;85(5):2977-87. doi: 10.1016/S0006-3495(03)74718-3.
4
SChiSM2: creating interactive web page annotations of molecular structure models using Jmol.SChiSM2：使用Jmol创建分子结构模型的交互式网页注释。
Bioinformatics. 2007 Feb 1;23(3):383-4. doi: 10.1093/bioinformatics/btl603. Epub 2007 Jan 3.
5
TopoICE-R: 3D visualization modeling the topology of DNA recombination.TopoICE-R：用于对DNA重组拓扑结构进行建模的三维可视化技术
Bioinformatics. 2006 Jul 15;22(14):1790-1. doi: 10.1093/bioinformatics/btl164. Epub 2006 May 3.
6
Atomic structure of a glycerol channel and implications for substrate permeation in aqua(glycero)porins.甘油通道的原子结构及其对水（甘油）孔蛋白中底物渗透的影响。
FEBS Lett. 2001 Aug 31;504(3):112-7. doi: 10.1016/s0014-5793(01)02710-7.
7
Representing structural information with RasMol.使用RasMol呈现结构信息。
Curr Protoc Bioinformatics. 2005 Oct;Chapter 5:Unit 5.4. doi: 10.1002/0471250953.bi0504s11.
8
Ambient occlusion and edge cueing to enhance real time molecular visualization.环境光遮蔽和边缘提示以增强实时分子可视化。
IEEE Trans Vis Comput Graph. 2006 Sep-Oct;12(5):1237-44. doi: 10.1109/TVCG.2006.115.
9
Energetics of glycerol conduction through aquaglyceroporin GlpF.甘油通过水甘油通道蛋白GlpF的能量学
Proc Natl Acad Sci U S A. 2002 May 14;99(10):6731-6. doi: 10.1073/pnas.102649299. Epub 2002 May 7.
10
Visualization of unfavorable interactions in protein folds.蛋白质折叠中不利相互作用的可视化。
Bioinformatics. 2008 May 1;24(9):1206-7. doi: 10.1093/bioinformatics/btn108. Epub 2008 Mar 29.

引用本文的文献

1
Molecular dynamics-based approaches for enhanced sampling of long-time, large-scale conformational changes in biomolecules.基于分子动力学的方法，用于增强对生物分子长时间、大规模构象变化的采样。
F1000 Biol Rep. 2009 Jul 8;1:51. doi: 10.3410/B1-51.
2
Biomolecular free energy profiles by a shooting/umbrella sampling protocol, "BOLAS".通过“BOLAS”射击/伞形抽样协议获得的生物分子自由能分布
J Chem Phys. 2004 Aug 1;121(5):2436-44. doi: 10.1063/1.1766014.
3
Orchestration of cooperative events in DNA synthesis and repair mechanism unraveled by transition path sampling of DNA polymerase beta's closing.通过DNA聚合酶β闭合的过渡路径采样揭示DNA合成与修复机制中的协同事件编排。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Apr 20;101(16):5970-5. doi: 10.1073/pnas.0308585101. Epub 2004 Apr 6.

本文引用的文献

1
Mechanisms of selectivity in channels and enzymes studied with interactive molecular dynamics.通过交互式分子动力学研究通道和酶的选择性机制。
Biophys J. 2003 Jul;85(1):36-48. doi: 10.1016/S0006-3495(03)74452-X.
2
Ion permeation through the gramicidin channel: atomically detailed modeling by the Stochastic Difference Equation.离子通过短杆菌肽通道的渗透：基于随机差分方程的原子级详细建模。
Proteins. 2003 Jan 1;50(1):63-80. doi: 10.1002/prot.10256.
3
Absolute comparison of simulated and experimental protein-folding dynamics.模拟与实验蛋白质折叠动力学的绝对比较。
Nature. 2002 Nov 7;420(6911):102-6. doi: 10.1038/nature01160. Epub 2002 Oct 20.
4
The worm's turn.
Curr Biol. 2002 Oct 29;12(21):R713. doi: 10.1016/s0960-9822(02)01241-1.
5
Molecular dynamics simulations of biomolecules.生物分子的分子动力学模拟
Nat Struct Biol. 2002 Sep;9(9):646-52. doi: 10.1038/nsb0902-646.
6
Direct observation of the folding and unfolding of a beta-hairpin in explicit water through computer simulation.通过计算机模拟在明确的水环境中直接观察β-发夹的折叠与解折叠过程。
J Am Chem Soc. 2002 May 15;124(19):5282-3. doi: 10.1021/ja0257321.
7
Transition path sampling: throwing ropes over rough mountain passes, in the dark.过渡路径采样：在黑暗中越过崎岖山口抛绳索。
Annu Rev Phys Chem. 2002;53:291-318. doi: 10.1146/annurev.physchem.53.082301.113146. Epub 2001 Oct 4.
8
Energetics of ion conduction through the K+ channel.钾离子通道中离子传导的能量学
Nature. 2001 Nov 1;414(6859):73-7. doi: 10.1038/35102067.
9
Time-trimming tricks for dynamic simulations: splitting force updates to reduce computational work.
Structure. 2001 Apr 4;9(4):R45-53. doi: 10.1016/s0969-2126(01)00593-7.
10
Steered molecular dynamics investigations of protein function.蛋白质功能的定向分子动力学研究。
J Mol Graph Model. 2001;19(1):13-25. doi: 10.1016/s1093-3263(00)00133-9.