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改进对远缘相关蛋白质中同源性的检测:内收蛋白与肌动蛋白结合蛋白的相似性

Improved detection of homology in distantly related proteins: similarity of adducin with actin-binding proteins.

作者信息

Simon G, Paladini R, Tisminetzky S, Cserzö M, Hátsági Z, Tossi A, Pongor S

机构信息

International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology, Trieste, Italy.

出版信息

Protein Seq Data Anal. 1992;5(1):39-42.

PMID:1492095
Abstract

A novel and generally applicable method is described for the detection of homology in distantly related proteins using a new domain sequence database that contains over 20,000 protein sequence segments of known function. The use of the method is illustrated on distantly related domains shared by complement components C1S and C1R, calcium-dependent serine proteinase and bone morphogenetic protein 1. New homologies are shown between human adducin and the actin-binding domains of alfa-actinin and dystrophin.

摘要

描述了一种新颖且普遍适用的方法,该方法使用一个新的结构域序列数据库来检测远缘相关蛋白质中的同源性,该数据库包含超过20,000个已知功能的蛋白质序列片段。通过补体成分C1S和C1R、钙依赖性丝氨酸蛋白酶和骨形态发生蛋白1所共有的远缘相关结构域,举例说明了该方法的应用。结果显示,人内收蛋白与α-辅肌动蛋白和肌营养不良蛋白的肌动蛋白结合结构域之间存在新的同源性。

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