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一种用于在短寡核苷酸阵列基因基因组学实验中分析顺式和反式基因的统计多探针模型。

A statistical multiprobe model for analyzing cis and trans genes in genetical genomics experiments with short-oligonucleotide arrays.

作者信息

Alberts Rudi, Terpstra Peter, Bystrykh Leonid V, de Haan Gerald, Jansen Ritsert C

机构信息

Groningen Bioinformatics Centre (GBiC), Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB), University of Groningen, 9751 NN, Haren, The Netherlands.

出版信息

Genetics. 2005 Nov;171(3):1437-9. doi: 10.1534/genetics.105.045930. Epub 2005 Aug 3.

DOI:10.1534/genetics.105.045930
PMID:16079228
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC1456841/
Abstract

Short-oligonucleotide arrays typically contain multiple probes per gene. In genetical genomics applications a statistical model for the individual probe signals can help in separating "true" differential mRNA expression from "ghost" effects caused by polymorphisms, misdesigned probes, and batch effects. It can also help in detecting alternative splicing, start, or termination.

摘要

短寡核苷酸阵列通常每个基因包含多个探针。在遗传基因组学应用中，针对单个探针信号的统计模型有助于将“真正的”差异mRNA表达与由多态性、探针设计错误和批次效应引起的“虚假”效应区分开来。它还有助于检测可变剪接、起始或终止。