• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

长散在重复序列、短散在重复序列与加工假基因:基因组塑造的寄生策略

LINEs, SINEs and processed pseudogenes: parasitic strategies for genome modeling.

作者信息

Dewannieux M, Heidmann T

机构信息

Unité des Rétrovirus Endogènes et Eléments Rétroïdes des Eucaryotes Supérieurs, UMR 8122 CNRS, Institut Gustave Roussy, Villejuif, France.

出版信息

Cytogenet Genome Res. 2005;110(1-4):35-48. doi: 10.1159/000084936.

DOI:10.1159/000084936
PMID:16093656
Abstract

Two major classes of retrotransposons have invaded eukaryotic genomes: the LTR retrotransposons closely resembling the proviral integrated form of infectious retroviruses, and the non-LTR retrotransposons including the widespread, autonomous LINE elements. Here, we review the modeling effects of the latter class of elements, which are the most active in humans, and whose enzymatic machinery is subverted to generate a large series of "secondary" retroelements. These include the processed pseudogenes, naturally present in all eukaryotic genomes possessing non-LTR retroelements, and the very successful SINE elements such as the human Alu sequences which have evolved refined parasitic strategies to efficiently bypass the original "protectionist" cis-preference of LINEs for their own retrotransposition.

摘要

两类主要的逆转录转座子已侵入真核生物基因组

长末端重复序列(LTR)逆转录转座子与传染性逆转录病毒的前病毒整合形式极为相似,以及非LTR逆转录转座子,包括广泛存在的自主长散在核元件(LINE)。在此,我们综述后一类元件的建模效应,这类元件在人类中最为活跃,其酶促机制被颠覆以产生大量“二级”逆转录元件。这些包括加工假基因,天然存在于所有拥有非LTR逆转录元件的真核生物基因组中,以及非常成功的短散在核元件(SINE),如人类Alu序列,它们已经进化出精细的寄生策略,以有效地绕过LINEs自身逆转录转座时最初的“保护主义”顺式偏好。

相似文献

1
LINEs, SINEs and processed pseudogenes: parasitic strategies for genome modeling.长散在重复序列、短散在重复序列与加工假基因:基因组塑造的寄生策略
Cytogenet Genome Res. 2005;110(1-4):35-48. doi: 10.1159/000084936.
2
[Non-LTR retrotransposons: LINEs and SINEs in plant genome].[非长末端重复逆转座子:植物基因组中的长散在核元件和短散在核元件]
Yi Chuan. 2006 Jun;28(6):731-6.
3
The evolution of two partner LINE/SINE families and a full-length chromodomain-containing Ty3/Gypsy LTR element in the first reptilian genome of Anolis carolinensis.卡罗莱纳安乐蜥首个爬行动物基因组中两个伙伴LINE/SINE家族及一个含全长染色质结构域的Ty3/Gypsy LTR元件的进化。
Gene. 2009 Jul 15;441(1-2):111-8. doi: 10.1016/j.gene.2008.11.030. Epub 2008 Dec 14.
4
Short retroposons in eukaryotic genomes.真核生物基因组中的短反转录转座子。
Int Rev Cytol. 2005;247:165-221. doi: 10.1016/S0074-7696(05)47004-7.
5
Retroposons of salmonoid fishes (Actinopterygii: Salmonoidei) and their evolution.鲑形目鱼类(辐鳍鱼纲:鲑亚目)的反转录转座子及其进化。
Gene. 2009 Apr 1;434(1-2):16-28. doi: 10.1016/j.gene.2008.04.022. Epub 2008 May 22.
6
Identification of a family of SINEs and LINEs in the Pipistrellus kuhli genome: a new structural and functional symbiotic relationship.库氏伏翼基因组中短散在重复序列和长散在重复序列家族的鉴定:一种新的结构与功能共生关系
Genomics. 2008 Feb;91(2):178-85. doi: 10.1016/j.ygeno.2007.10.008.
7
LINE-1 Retrotransposition Assays in Embryonic Stem Cells.胚胎干细胞中的LINE-1逆转座分析
Methods Mol Biol. 2023;2607:257-309. doi: 10.1007/978-1-0716-2883-6_13.
8
Diversity and clustered distribution of retrotransposable elements in the compact genome of the pufferfish Tetraodon nigroviridis.黑青斑河鲀紧凑基因组中反转录转座元件的多样性和聚类分布
Cytogenet Genome Res. 2005;110(1-4):522-36. doi: 10.1159/000084985.
9
Clustering, duplication and chromosomal distribution of mouse SINE retrotransposons.小鼠短散在核元件反转录转座子的聚类、重复及染色体分布
Cytogenet Genome Res. 2005;110(1-4):117-23. doi: 10.1159/000084943.
10
Novel SINE families from salmons validate Parahucho (Salmonidae) as a distinct genus and give evidence that SINEs can incorporate LINE-related 3'-tails of other SINEs.来自鲑鱼的新型短散在重复元件家族证实了副胡瓜鱼属(鲑科)是一个独特的属,并证明短散在重复元件可以整合其他短散在重复元件的长散在重复元件相关3'末端。
Mol Biol Evol. 2007 Aug;24(8):1656-66. doi: 10.1093/molbev/msm083. Epub 2007 Apr 29.

引用本文的文献

1
The reconstruction of evolutionary dynamics of processed pseudogenes indicates deep silencing of "retrobiome" in naked mole rat.加工假基因进化动力学的重建表明裸鼹鼠“返生生物组”的深度沉默。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2024 Nov 5;121(45):e2313581121. doi: 10.1073/pnas.2313581121. Epub 2024 Oct 28.
2
TDP-43 Epigenetic Facets and Their Neurodegenerative Implications.TDP-43 的表观遗传学特征及其神经退行性变的影响。
Int J Mol Sci. 2023 Sep 7;24(18):13807. doi: 10.3390/ijms241813807.
3
Retrotransposon LINE-1 bodies in the cytoplasm of piRNA-deficient mouse spermatocytes: Ribonucleoproteins overcoming the integrated stress response.
piRNA 缺失的小鼠精母细胞细胞质中的反转录转座子 LINE-1 体:核糖核蛋白克服整合应激反应。
PLoS Genet. 2023 Jun 12;19(6):e1010797. doi: 10.1371/journal.pgen.1010797. eCollection 2023 Jun.
4
On the Base Composition of Transposable Elements.转座元件的基本组成。
Int J Mol Sci. 2022 Apr 26;23(9):4755. doi: 10.3390/ijms23094755.
5
HSF1-Activated Non-Coding Stress Response: Satellite lncRNAs and Beyond, an Emerging Story with a Complex Scenario.HSF1 激活的非编码应激反应:卫星长链非编码 RNA 及其他,一个新兴的复杂故事。
Genes (Basel). 2022 Mar 27;13(4):597. doi: 10.3390/genes13040597.
6
Retrotransposons as a Source of DNA Damage in Neurodegeneration.逆转录转座子作为神经退行性变中DNA损伤的一个来源。
Front Aging Neurosci. 2022 Jan 4;13:786897. doi: 10.3389/fnagi.2021.786897. eCollection 2021.
7
The function of twister ribozyme variants in non-LTR retrotransposition in Schistosoma mansoni.扭结核酶变体在曼氏血吸虫非长末端重复逆转录转座中的功能。
Nucleic Acids Res. 2021 Oct 11;49(18):10573-10588. doi: 10.1093/nar/gkab818.
8
The Structural, Functional and Evolutionary Impact of Transposable Elements in Eukaryotes.转座子在真核生物中的结构、功能和进化影响。
Genes (Basel). 2021 Jun 15;12(6):918. doi: 10.3390/genes12060918.
9
A Field Guide to Eukaryotic Transposable Elements.真核转座元件野外手册。
Annu Rev Genet. 2020 Nov 23;54:539-561. doi: 10.1146/annurev-genet-040620-022145. Epub 2020 Sep 21.
10
Completion of LINE integration involves an open '4-way' branched DNA intermediate.LINE 整合的完成涉及一个开放的“4 叉”分支 DNA 中间产物。
Nucleic Acids Res. 2019 Sep 19;47(16):8708-8719. doi: 10.1093/nar/gkz673.