• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

超级树的演化

The evolution of supertrees.

作者信息

Bininda-Emonds Olaf R P

机构信息

Lehrstuhl für Tierzucht, Technical University of Munich, D-85354 Freising-Weihenstephan, Germany.

出版信息

Trends Ecol Evol. 2004 Jun;19(6):315-22. doi: 10.1016/j.tree.2004.03.015.

DOI:10.1016/j.tree.2004.03.015
PMID:16701277
Abstract

Supertrees result from combining many smaller, overlapping phylogenetic trees into a single, more comprehensive tree. As such, supertree construction is probably as old as the field of systematics itself, and remains our only way of visualizing the Tree of Life as a whole. Over the past decade, supertree construction has gained a more formal, objective footing, and has become an area of active theoretical and practical research. Here, I review the history of the supertree approach, focusing mainly on its current implementation. The supertrees of today represent some of the largest, complete phylogenies available for many groups, but are not without their critics. I conclude by arguing that the ever-growing molecular revolution will result in supertree construction taking on a new role and implementation in the future for analyzing large DNA sequence matrices as part of a divide-and-conquer phylogenetic approach.

摘要

超树是通过将许多较小的、相互重叠的系统发育树合并为一棵单一的、更全面的树而形成的。因此,超树构建可能与系统分类学领域本身一样古老,并且仍然是我们将生命之树作为一个整体进行可视化的唯一方法。在过去十年中,超树构建获得了更正式、客观的基础,并已成为一个活跃的理论和实践研究领域。在此,我回顾超树方法的历史,主要关注其当前的应用。如今的超树代表了许多类群可用的一些最大、最完整的系统发育,但也并非没有批评者。我在结论中指出,不断发展的分子革命将导致超树构建在未来承担新的角色并以新的方式应用,作为分而治之的系统发育方法的一部分来分析大型DNA序列矩阵。

相似文献

1
The evolution of supertrees.超级树的演化
Trends Ecol Evol. 2004 Jun;19(6):315-22. doi: 10.1016/j.tree.2004.03.015.
2
Supertree construction in the genomic age.基因组时代的超树构建。
Methods Enzymol. 2005;395:745-57. doi: 10.1016/S0076-6879(05)95038-6.
3
Complete generic-level phylogenetic analyses of palms (Arecaceae) with comparisons of supertree and supermatrix approaches.全面进行棕榈科(Arecaceae)的类群水平系统发育分析,并比较了超级树和超级矩阵方法。
Syst Biol. 2009 Apr;58(2):240-56. doi: 10.1093/sysbio/syp021. Epub 2009 May 30.
4
Performance of flip supertree construction with a heuristic algorithm.使用启发式算法进行翻转超树构建的性能
Syst Biol. 2004 Apr;53(2):299-308. doi: 10.1080/10635150490423719.
5
Comparative performance of supertree algorithms in large data sets using the soapberry family (Sapindaceae) as a case study.利用肥皂草科(无患子科)作为案例研究,比较大数据集中超级树算法的性能。
Syst Biol. 2011 Jan;60(1):32-44. doi: 10.1093/sysbio/syq057. Epub 2010 Nov 10.
6
Supertrees join the mainstream of phylogenetics.超树融入了系统发育学的主流。
Trends Ecol Evol. 2009 Jan;24(1):1-3. doi: 10.1016/j.tree.2008.08.006. Epub 2008 Nov 18.
7
Explosions and hot spots in supertree methods.超树方法中的爆炸和热点。
J Theor Biol. 2008 Jul 21;253(2):345-8. doi: 10.1016/j.jtbi.2008.03.024. Epub 2008 Mar 27.
8
The shape of supertrees to come: tree shape related properties of fourteen supertree methods.未来超级树的形态:十四种超级树方法中与树形相关的属性
Syst Biol. 2005 Jun;54(3):419-31. doi: 10.1080/10635150590949832.
9
Using Robinson-Foulds supertrees in divide-and-conquer phylogeny estimation.在分治系统发育估计中使用罗宾逊-福尔兹超树
Algorithms Mol Biol. 2021 Jun 28;16(1):12. doi: 10.1186/s13015-021-00189-2.
10
PhySIC_IST: cleaning source trees to infer more informative supertrees.物理信息系统:清理源树以推断更具信息性的超树。
BMC Bioinformatics. 2008 Oct 4;9:413. doi: 10.1186/1471-2105-9-413.

引用本文的文献

1
Evolution of hind limb morphology of Titanosauriformes (Dinosauria, Sauropoda) analyzed via 3D geometric morphometrics reveals wide-gauge posture as an exaptation for gigantism.通过三维几何形态测量学分析泰坦巨龙形类(恐龙纲,蜥脚亚目)后肢形态的演化,揭示出宽步幅姿态是对巨型化的一种预适应。
Elife. 2025 Aug 15;13:RP92498. doi: 10.7554/eLife.92498.
2
EutherianCoP. An integrated biotic and climate database for conservation paleobiology based on eutherian mammals.真兽类共现数据库。一个基于真兽类哺乳动物的用于保护古生物学的综合生物与气候数据库。
Sci Data. 2025 Jan 13;12(1):6. doi: 10.1038/s41597-024-04181-4.
3
Variational Supertrees for Bayesian Phylogenetics.
变分超级树在贝叶斯系统发生学中的应用。
Bull Math Biol. 2024 Aug 5;86(9):114. doi: 10.1007/s11538-024-01338-5.
4
Estimating transcriptome complexities across eukaryotes.估算真核生物转录组的复杂性。
BMC Genomics. 2023 May 11;24(1):254. doi: 10.1186/s12864-023-09326-0.
5
Recent progress on methods for estimating and updating large phylogenies.关于估计和更新大型系统发育树的方法的最新进展。
Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 2022 Oct 10;377(1861):20210244. doi: 10.1098/rstb.2021.0244. Epub 2022 Aug 22.
6
Insertions and deletions as phylogenetic signal in an alignment-free context.插入和缺失作为无比对背景下的系统发育信号。
PLoS Comput Biol. 2022 Aug 8;18(8):e1010303. doi: 10.1371/journal.pcbi.1010303. eCollection 2022 Aug.
7
Rapid divergence of a gamete recognition gene promoted macroevolution of Eutheria.配子识别基因的快速分化促进了真兽类的宏观进化。
Genome Biol. 2022 Jul 11;23(1):155. doi: 10.1186/s13059-022-02721-y.
8
Phylogenies from unaligned proteomes using sequence environments of amino acid residues.使用氨基酸残基的序列环境从未对齐的蛋白质组中进行系统发育分析。
Sci Rep. 2022 May 6;12(1):7497. doi: 10.1038/s41598-022-11370-x.
9
A supertree of Northern European macromoths.北欧大型飞蛾超级树。
PLoS One. 2022 Feb 18;17(2):e0264211. doi: 10.1371/journal.pone.0264211. eCollection 2022.
10
Prokaryotic taxonomy and nomenclature in the age of big sequence data.原核生物分类学和命名法在大数据时代。
ISME J. 2021 Jul;15(7):1879-1892. doi: 10.1038/s41396-021-00941-x. Epub 2021 Apr 6.