• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

用于原位和基于阵列分析的锁式和邻近探针:后基因组时代的工具。

Padlock and proximity probes for in situ and array-based analyses: tools for the post-genomic era.

作者信息

Landegren Ulf, Dahl Fredrik, Nilsson Mats, Fredriksson Simon, Banér Johan, Gullberg Mats, Jarvius Jonas, Gustafsdottir Sigrun, Söderberg Ola, Ericsson Olle, Stenberg Johan, Schallmeiner Edith

机构信息

Department of Genetics and Pathology, Rudbeck Laboratory, Uppsala University, Sweden.

出版信息

Comp Funct Genomics. 2003;4(5):525-30. doi: 10.1002/cfg.326.

DOI:10.1002/cfg.326
PMID:18629012
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2447294/
Abstract

Highly specific high-throughput assays will be required to take full advantage of the accumulating information about the macromolecular composition of cells and tissues, in order to characterize biological systems in health and disease. We discuss the general problem of detection specificity and present the approach our group has taken, involving the reformatting of analogue biological information to digital reporter segments of genetic information via a series of DNA ligation assays. The assays enable extensive, coordinated analyses of the numbers and locations of genes, transcripts and protein.

摘要

为了全面了解健康和疾病状态下的生物系统,充分利用有关细胞和组织大分子组成的不断积累的信息,将需要高度特异性的高通量检测方法。我们讨论了检测特异性的一般问题,并介绍了我们团队所采用的方法,该方法涉及通过一系列DNA连接检测将类似物生物信息重新格式化为遗传信息的数字报告片段。这些检测能够对基因、转录本和蛋白质的数量及位置进行广泛、协调的分析。

相似文献

1
Padlock and proximity probes for in situ and array-based analyses: tools for the post-genomic era.用于原位和基于阵列分析的锁式和邻近探针:后基因组时代的工具。
Comp Funct Genomics. 2003;4(5):525-30. doi: 10.1002/cfg.326.
2
Efficient in situ detection of mRNAs using the Chlorella virus DNA ligase for padlock probe ligation.利用小球藻病毒DNA连接酶进行锁式探针连接以高效原位检测mRNA
RNA. 2017 Feb;23(2):250-256. doi: 10.1261/rna.057836.116. Epub 2016 Nov 22.
3
Molecular tools for a molecular medicine: analyzing genes, transcripts and proteins using padlock and proximity probes.
J Mol Recognit. 2004 May-Jun;17(3):194-7. doi: 10.1002/jmr.664.
4
In situ detection of individual mRNA molecules and protein complexes or post-translational modifications using padlock probes combined with the in situ proximity ligation assay.使用带有环化探针的原位连接检测技术原位检测单个 mRNA 分子和蛋白质复合物或翻译后修饰。
Nat Protoc. 2013 Feb;8(2):355-72. doi: 10.1038/nprot.2013.006. Epub 2013 Jan 24.
5
More keys to padlock probes: mechanisms for high-throughput nucleic acid analysis.锁式探针的更多关键:高通量核酸分析机制
Curr Opin Biotechnol. 2001 Feb;12(1):11-5. doi: 10.1016/s0958-1669(00)00174-9.
6
Parallel gene analysis with allele-specific padlock probes and tag microarrays.使用等位基因特异性锁式探针和标签微阵列进行平行基因分析。
Nucleic Acids Res. 2003 Sep 1;31(17):e103. doi: 10.1093/nar/gng104.
7
Single-nucleotide sequence discrimination in situ using padlock probes.使用锁式探针原位进行单核苷酸序列鉴别
Curr Protoc Hum Genet. 2002 Nov;Chapter 4:Unit 4.11. doi: 10.1002/0471142905.hg0411s34.
8
Detection of short repeated genomic sequences on metaphase chromosomes using padlock probes and target primed rolling circle DNA synthesis.使用锁式探针和靶标引发滚环DNA合成技术检测中期染色体上的短重复基因组序列。
BMC Mol Biol. 2007 Nov 13;8:103. doi: 10.1186/1471-2199-8-103.
9
Making ends meet in genetic analysis using padlock probes.使用锁式探针实现基因分析中的收支平衡。
Hum Mutat. 2002 Apr;19(4):410-5. doi: 10.1002/humu.10073.
10
Multiplexed genotyping of methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolates by use of padlock probes and tag microarrays.运用锁式探针和标签微阵列对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌分离株进行多重基因分型。
J Clin Microbiol. 2009 Mar;47(3):577-85. doi: 10.1128/JCM.01347-08. Epub 2009 Jan 21.

引用本文的文献

1
A magnetic nanobead-based bioassay provides sensitive detection of single- and biplex bacterial DNA using a portable AC susceptometer.基于磁性纳米珠的生物测定法使用便携式交流磁化率计可灵敏检测单重和双重细菌 DNA。
Biotechnol J. 2014 Jan;9(1):137-45. doi: 10.1002/biot.201300348. Epub 2013 Dec 19.
2
The Sequencing Bead Array (SBA), a next-generation digital suspension array.测序珠阵列(SBA),一种下一代数字悬浮阵列。
PLoS One. 2013 Oct 7;8(10):e76696. doi: 10.1371/journal.pone.0076696. eCollection 2013.
3
Rapid identification of bio-molecules applied for detection of biosecurity agents using rolling circle amplification.利用滚环扩增技术快速识别生物分子,用于检测生物安全剂。
PLoS One. 2012;7(2):e31068. doi: 10.1371/journal.pone.0031068. Epub 2012 Feb 22.
4
Ultrasensitive detection of low-abundance surface-marker protein using isothermal rolling circle amplification in a microfluidic nanoliter platform.利用微流控纳升级平台中的等温滚环扩增技术超灵敏检测低丰度表面标志物蛋白。
Small. 2011 Feb 7;7(3):395-400. doi: 10.1002/smll.201001620. Epub 2010 Dec 27.
5
Microsphere-based rolling circle amplification microarray for the detection of DNA and proteins in a single assay.基于微球的滚环扩增微阵列用于在单一检测中同时检测DNA和蛋白质。
Anal Chem. 2009 Jul 15;81(14):5777-82. doi: 10.1021/ac900694y.

本文引用的文献

1
Multiplexed genotyping with sequence-tagged molecular inversion probes.使用序列标签分子倒置探针进行多重基因分型。
Nat Biotechnol. 2003 Jun;21(6):673-8. doi: 10.1038/nbt821. Epub 2003 May 5.
2
Human chromosome 7: DNA sequence and biology.人类7号染色体:DNA序列与生物学特性
Science. 2003 May 2;300(5620):767-72. doi: 10.1126/science.1083423. Epub 2003 Apr 10.
3
Protein detection using proximity-dependent DNA ligation assays.使用基于邻近依赖性的DNA连接测定法进行蛋白质检测。
Nat Biotechnol. 2002 May;20(5):473-7. doi: 10.1038/nbt0502-473.
4
RNA-templated DNA ligation for transcript analysis.用于转录本分析的RNA模板DNA连接反应。
Nucleic Acids Res. 2001 Jan 15;29(2):578-81. doi: 10.1093/nar/29.2.578.
5
Enhanced detection and distinction of RNA by enzymatic probe ligation.通过酶促探针连接增强RNA的检测与区分
Nat Biotechnol. 2000 Jul;18(7):791-3. doi: 10.1038/77367.
6
Signal amplification of padlock probes by rolling circle replication.通过滚环复制实现锁式探针的信号放大。
Nucleic Acids Res. 1998 Nov 15;26(22):5073-8. doi: 10.1093/nar/26.22.5073.
7
Mutation detection and single-molecule counting using isothermal rolling-circle amplification.使用等温滚环扩增进行突变检测和单分子计数。
Nat Genet. 1998 Jul;19(3):225-32. doi: 10.1038/898.
8
Circular oligonucleotides: new concepts in oligonucleotide design.环状寡核苷酸:寡核苷酸设计中的新概念。
Annu Rev Biophys Biomol Struct. 1996;25:1-28. doi: 10.1146/annurev.bb.25.060196.000245.
9
Rolling replication of short DNA circles.短DNA环的滚环复制
Proc Natl Acad Sci U S A. 1995 May 9;92(10):4641-5. doi: 10.1073/pnas.92.10.4641.
10
Padlock probes: circularizing oligonucleotides for localized DNA detection.锁式探针:用于局部DNA检测的环化寡核苷酸
Science. 1994 Sep 30;265(5181):2085-8. doi: 10.1126/science.7522346.