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拟南芥调控元件分析器

Arabidopsis thaliana regulatory element analyzer.

作者信息

Choudhury Ananyo, Lahiri Ansuman

机构信息

Department of Biophysics, Molecular Biology and Genetics, University of Calcutta, 92 APC Road, Kolkata 700009, India.

出版信息

Bioinformatics. 2008 Oct 1;24(19):2263-4. doi: 10.1093/bioinformatics/btn417. Epub 2008 Aug 11.

Abstract

UNLABELLED

In the Arabidopsis thaliana regulatory element analyzer (AtREA) server, we have integrated sequence data, genome-wide expression data and functional annotation data in three application modules which will be useful to identify major regulatory targets of a user-provided cis-regulatory element (CRE), study different features of CRE distribution and evaluate the role of a set of CREs in the regulation of gene expression--independently as well as in combination with other user-provided CREs.

AVAILABILITY

AtREA is freely available at http://www.bioinformatics.org/grn/atrea.html.

摘要

未标注

在拟南芥调控元件分析器(AtREA)服务器中,我们已将序列数据、全基因组表达数据和功能注释数据整合到三个应用模块中,这些模块将有助于识别用户提供的顺式调控元件(CRE)的主要调控靶点,研究CRE分布的不同特征,并评估一组CRE在基因表达调控中的作用——单独以及与其他用户提供的CRE组合时的作用。

可用性

AtREA可在http://www.bioinformatics.org/grn/atrea.html免费获取。

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