• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

PDBselect 1992-2009 和 PDBfilter-select。

PDBselect 1992-2009 and PDBfilter-select.

机构信息

University of Applied Sciences Giessen, Bioinformatics, D-35390 Giessen, Germany.

出版信息

Nucleic Acids Res. 2010 Jan;38(Database issue):D318-9. doi: 10.1093/nar/gkp786. Epub 2009 Sep 25.

DOI:10.1093/nar/gkp786
PMID:19783827
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2808879/
Abstract

PDBselect (http://bioinfo.tg.fh-giessen.de/pdbselect/) is a list of representative protein chains with low mutual sequence identity selected from the protein data bank (PDB) to enable unbiased statistics. The list increased from 155 chains in 1992 to more than 4500 chains in 2009. PDBfilter-select is an online service to generate user-defined selections.

摘要

PDBselect(http://bioinfo.tg.fh-giessen.de/pdbselect/)是从蛋白质数据库(PDB)中选择的具有低相互序列同一性的代表性蛋白质链列表,用于进行无偏统计。该列表从 1992 年的 155 条链增加到 2009 年的 4500 多条链。PDBfilter-select 是一个在线服务,用于生成用户定义的选择。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/1e4f/2808879/b192dff0a440/gkp786f1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/1e4f/2808879/b192dff0a440/gkp786f1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/1e4f/2808879/b192dff0a440/gkp786f1.jpg

相似文献

1
PDBselect 1992-2009 and PDBfilter-select.PDBselect 1992-2009 和 PDBfilter-select。
Nucleic Acids Res. 2010 Jan;38(Database issue):D318-9. doi: 10.1093/nar/gkp786. Epub 2009 Sep 25.
2
SIMAP--a comprehensive database of pre-calculated protein sequence similarities, domains, annotations and clusters.SIMAP--一个综合的预先计算的蛋白质序列相似性、结构域、注释和聚类数据库。
Nucleic Acids Res. 2010 Jan;38(Database issue):D223-6. doi: 10.1093/nar/gkp949. Epub 2009 Nov 11.
3
The IntAct molecular interaction database in 2010.2010 年的 IntAct 分子相互作用数据库。
Nucleic Acids Res. 2010 Jan;38(Database issue):D525-31. doi: 10.1093/nar/gkp878. Epub 2009 Oct 22.
4
New tools at the Candida Genome Database: biochemical pathways and full-text literature search.新版 Candida 基因组数据库工具:生物化学途径和全文文献检索。
Nucleic Acids Res. 2010 Jan;38(Database issue):D428-32. doi: 10.1093/nar/gkp836. Epub 2009 Oct 6.
5
The integrated microbial genomes system: an expanding comparative analysis resource.整合微生物基因组系统:一个不断扩展的比较分析资源。
Nucleic Acids Res. 2010 Jan;38(Database issue):D382-90. doi: 10.1093/nar/gkp887. Epub 2009 Oct 28.
6
PDBe: Protein Data Bank in Europe.PDBe:欧洲蛋白质数据库。
Nucleic Acids Res. 2010 Jan;38(Database issue):D308-17. doi: 10.1093/nar/gkp916. Epub 2009 Oct 25.
7
The Genomes On Line Database (GOLD) in 2009: status of genomic and metagenomic projects and their associated metadata.《基因组在线数据库(GOLD)》2009 年报告:基因组和宏基因组项目及其相关元数据的现状。
Nucleic Acids Res. 2010 Jan;38(Database issue):D346-54. doi: 10.1093/nar/gkp848. Epub 2009 Nov 13.
8
GWIDD: Genome-wide protein docking database.GWIDD:全基因组蛋白质对接数据库。
Nucleic Acids Res. 2010 Jan;38(Database issue):D513-7. doi: 10.1093/nar/gkp944. Epub 2009 Nov 9.
9
The distribution and query systems of the RCSB Protein Data Bank.RCSB蛋白质数据库的分布与查询系统。
Nucleic Acids Res. 2004 Jan 1;32(Database issue):D223-5. doi: 10.1093/nar/gkh096.
10
FunSimMat update: new features for exploring functional similarity.FunSimMat 更新:探索功能相似性的新功能。
Nucleic Acids Res. 2010 Jan;38(Database issue):D244-8. doi: 10.1093/nar/gkp979. Epub 2009 Nov 18.

引用本文的文献

1
Labelizer: systematic selection of protein residues for covalent fluorophore labeling.标记器:用于共价荧光团标记的蛋白质残基的系统选择。
Nat Commun. 2025 May 4;16(1):4147. doi: 10.1038/s41467-025-58602-y.
2
General features of transmembrane beta barrels from a large database.从大型数据库中提取的跨膜β桶的一般特征。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2023 Jul 18;120(29):e2220762120. doi: 10.1073/pnas.2220762120. Epub 2023 Jul 11.
3
The Analytical Flory Random Coil Is a Simple-to-Use Reference Model for Unfolded and Disordered Proteins.

本文引用的文献

1
A generalized affine gap model significantly improves protein sequence alignment accuracy.广义仿射间隙模型显著提高了蛋白质序列比对的准确性。
Proteins. 2005 Feb 1;58(2):329-38. doi: 10.1002/prot.20299.
2
The ASTRAL Compendium in 2004.2004年的《星盘汇编》。
Nucleic Acids Res. 2004 Jan 1;32(Database issue):D189-92. doi: 10.1093/nar/gkh034.
3
Do aligned sequences share the same fold?比对后的序列具有相同的折叠结构吗?
解析 Flory 无规线团是一种用于展开和无序蛋白质的简单参考模型。
J Phys Chem B. 2023 Jun 1;127(21):4746-4760. doi: 10.1021/acs.jpcb.3c01619. Epub 2023 May 18.
4
RNA-NRD: a non-redundant RNA structural dataset for benchmarking and functional analysis.RNA-NRD:用于基准测试和功能分析的非冗余RNA结构数据集。
NAR Genom Bioinform. 2023 Apr 26;5(2):lqad040. doi: 10.1093/nargab/lqad040. eCollection 2023 Jun.
5
The analytical Flory random coil is a simple-to-use reference model for unfolded and disordered proteins.解析型弗洛里无规线团是一种用于未折叠和无序蛋白质的易于使用的参考模型。
bioRxiv. 2023 Mar 13:2023.03.12.531990. doi: 10.1101/2023.03.12.531990.
6
AlloMAPS 2: allosteric fingerprints of the AlphaFold and Pfam-trRosetta predicted structures for engineering and design.AlloMAPS 2:用于工程和设计的 AlphaFold 和 Pfam-trRosetta 预测结构的变构指纹。
Nucleic Acids Res. 2023 Jan 6;51(D1):D345-D351. doi: 10.1093/nar/gkac828.
7
Origin of Increased Solvent Accessibility of Peptide Bonds in Mutual Synergetic Folding Proteins.协同折叠蛋白质中肽键溶剂可及性增加的起源。
Int J Mol Sci. 2021 Dec 14;22(24):13404. doi: 10.3390/ijms222413404.
8
Random sampling of the Protein Data Bank: RaSPDB.随机抽样蛋白数据库:RaSPDB。
Sci Rep. 2021 Dec 17;11(1):24178. doi: 10.1038/s41598-021-03615-y.
9
The importance of residue-level filtering and the Top2018 best-parts dataset of high-quality protein residues.残基水平过滤的重要性和高质量蛋白质残基的 Top2018 最佳部分数据集。
Protein Sci. 2022 Jan;31(1):290-300. doi: 10.1002/pro.4239. Epub 2021 Nov 29.
10
Accurate Representation of Protein-Ligand Structural Diversity in the Protein Data Bank (PDB).准确表示蛋白质数据库(PDB)中的蛋白质-配体结构多样性。
Int J Mol Sci. 2020 Mar 24;21(6):2243. doi: 10.3390/ijms21062243.
J Mol Biol. 1997 Oct 17;273(1):355-68. doi: 10.1006/jmbi.1997.1287.
4
The PDBFINDER database: a summary of PDB, DSSP and HSSP information with added value.PDBFINDER数据库:PDB、DSSP和HSSP信息汇总及附加价值
Comput Appl Biosci. 1996 Dec;12(6):525-9. doi: 10.1093/bioinformatics/12.6.525.
5
Errors in protein structures.蛋白质结构中的错误。
Nature. 1996 May 23;381(6580):272. doi: 10.1038/381272a0.
6
Enlarged representative set of protein structures.扩大的蛋白质结构代表性集合。
Protein Sci. 1994 Mar;3(3):522-4. doi: 10.1002/pro.5560030317.
7
Identification of common molecular subsequences.常见分子子序列的鉴定
J Mol Biol. 1981 Mar 25;147(1):195-7. doi: 10.1016/0022-2836(81)90087-5.
8
Database of homology-derived protein structures and the structural meaning of sequence alignment.同源性衍生蛋白质结构数据库及序列比对的结构意义
Proteins. 1991;9(1):56-68. doi: 10.1002/prot.340090107.
9
Selection of representative protein data sets.代表性蛋白质数据集的选择。
Protein Sci. 1992 Mar;1(3):409-17. doi: 10.1002/pro.5560010313.