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在功能和结构蛋白质注释的背景下分析蛋白质组学鉴定结果:使用PICR、DAS和BioMart整合注释信息。

Analysing proteomics identifications in the context of functional and structural protein annotation: integrating annotation using PICR, DAS, and BioMart.

作者信息

Jones Philip

机构信息

European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute, Cambridge, UK.

出版信息

Methods Mol Biol. 2011;696:107-21. doi: 10.1007/978-1-60761-987-1_7.

DOI:10.1007/978-1-60761-987-1_7
PMID:21063944
Abstract

For many species, there is a wealth of detailed annotation of individual proteins available to the proteomics researcher. Accessing and making the best use of this annotation can be problematic in the absence of suitable bioinformatics support. This chapter explores some of the technologies and tools that allow protein annotation to be accessed and collated from multiple sources. The intended audience is the proteomics scientist who has limited or no access to bioinformatics/programming support and wishes to make the best use of existing resources to annotate sets of protein identifications derived from mass spectrometry and related techniques.

摘要

对于许多物种而言,蛋白质组学研究人员可以获取大量关于单个蛋白质的详细注释。在缺乏合适的生物信息学支持的情况下,获取并充分利用这些注释可能会遇到问题。本章探讨了一些技术和工具,这些技术和工具可使我们从多个来源获取并整理蛋白质注释。目标读者是那些获得生物信息学/编程支持有限或根本没有此类支持,但希望充分利用现有资源来注释源自质谱分析及相关技术的蛋白质鉴定集的蛋白质组学科学家。

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