全基因组关联研究鉴定出肾细胞癌的两个易感性位点，位于 2p21 和 11q13.3。
Genome-wide association study of renal cell carcinoma identifies two susceptibility loci on 2p21 and 11q13.3.
机构信息
Division of Cancer Epidemiology and Genetics, National Cancer Institute, National Institutes of Health, Department Health and Human Services, Bethesda, Maryland, USA.
出版信息
Nat Genet. 2011 Jan;43(1):60-5. doi: 10.1038/ng.723. Epub 2010 Dec 5.
We conducted a two-stage genome-wide association study of renal cell carcinoma (RCC) in 3,772 affected individuals (cases) and 8,505 controls of European background from 11 studies and followed up 6 SNPs in 3 replication studies of 2,198 cases and 4,918 controls. Two loci on the regions of 2p21 and 11q13.3 were associated with RCC susceptibility below genome-wide significance. Two correlated variants (r² = 0.99 in controls), rs11894252 (P = 1.8 × 10⁻⁸) and rs7579899 (P = 2.3 × 10⁻⁹), map to EPAS1 on 2p21, which encodes hypoxia-inducible-factor-2 alpha, a transcription factor previously implicated in RCC. The second locus, rs7105934, at 11q13.3, contains no characterized genes (P = 7.8 × 10⁻¹⁴). In addition, we observed a promising association on 12q24.31 for rs4765623, which maps to SCARB1, the scavenger receptor class B, member 1 gene (P = 2.6 × 10⁻⁸). Our study reports previously unidentified genomic regions associated with RCC risk that may lead to new etiological insights.
我们进行了两阶段的全基因组关联研究肾细胞癌（RCC）在 3772 名受影响的个体（病例）和 11 项研究中的 8505 名欧洲背景对照者中，并对 6 个 SNP 进行了 3 个复制研究，共 2198 例病例和 4918 例对照。在全基因组范围内，两个位于 2p21 和 11q13.3 区域的位点与 RCC 易感性相关，但未达到显著水平。两个相关的变异体（在对照中 r²=0.99），rs11894252（P=1.8×10⁻⁸）和 rs7579899（P=2.3×10⁻⁹），映射到 2p21 上的 EPAS1，该基因编码缺氧诱导因子-2α，一种先前被认为与 RCC 有关的转录因子。第二个位于 11q13.3 的位点 rs7105934 不包含已鉴定的基因（P=7.8×10⁻¹⁴）。此外，我们在 12q24.31 上观察到 rs4765623 的一个很有前途的关联，该基因位于 SCARB1，即清道夫受体 B 型，成员 1 基因（P=2.6×10⁻⁸）。我们的研究报告了以前与 RCC 风险相关的未被识别的基因组区域，这可能导致新的病因学见解。
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