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利用短发夹RNA进行基因下调以及通过哺乳动物细胞中的诱导性拯救验证特异性。

Gene down-regulation with short hairpin RNAs and validation of specificity by inducible rescue in mammalian cells.

作者信息

Ma Hoi Tang, Poon Randy Y C

机构信息

Division of Life Science, Hong Kong University of Science and Technology, Clear Water Bay, Hong Kong.

出版信息

Curr Protoc Cell Biol. 2010 Dec;Chapter 27:Unit 27.2. doi: 10.1002/0471143030.cb2702s49.

DOI:10.1002/0471143030.cb2702s49
PMID:21154550
Abstract

The principal problem with RNA interference (RNAi) experiments is off-target effects. The most vigorous demonstration of the specificity is the rescue of the RNAi effects with an RNAi-resistant target gene. By combining the expression of short hairpin RNA (shRNA) and rescue cDNA in the same vector, both the validation of shRNA specificity and the generation of shRNA-expressing cell lines can easily be accomplished. If the compensatory cDNA is under the control of an inducible promoter, stable shRNA-expressing cells can be generated before the knockdown phenotypes are studied, by conditionally turning off the rescue protein. The use of model systems is detailed in these protocols.

摘要

RNA干扰(RNAi)实验的主要问题是脱靶效应。特异性的最有力证明是用RNAi抗性靶基因挽救RNAi效应。通过在同一载体中组合短发夹RNA(shRNA)和挽救cDNA的表达,可以轻松完成shRNA特异性的验证以及产生表达shRNA的细胞系。如果补偿性cDNA受诱导型启动子控制,则可以在研究敲低表型之前,通过有条件地关闭挽救蛋白来产生稳定表达shRNA的细胞。这些方案中详细介绍了模型系统的使用。

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引用本文的文献

1
Attenuated protein expression vectors for use in siRNA rescue experiments.用于小干扰RNA拯救实验的减毒蛋白质表达载体。
Biotechniques. 2012 Aug;0(0):1-5. doi: 10.2144/000113909.