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MetaABC——一个用于数据调整、分类和聚类的集成宏基因组学平台。

MetaABC--an integrated metagenomics platform for data adjustment, binning and clustering.

机构信息

Institute of Information Science, Academia Sinica, Taipei 115, Taiwan.

出版信息

Bioinformatics. 2011 Aug 15;27(16):2298-9. doi: 10.1093/bioinformatics/btr376. Epub 2011 Jun 22.

DOI:10.1093/bioinformatics/btr376
PMID:21697124
Abstract

SUMMARY

MetaABC is a metagenomic platform that integrates several binning tools coupled with methods for removing artifacts, analyzing unassigned reads and controlling sampling biases. It allows users to arrive at a better interpretation via series of distinct combinations of analysis tools. After execution, MetaABC provides outputs in various visual formats such as tables, pie and bar charts as well as clustering result diagrams.

AVAILABILITY

MetaABC source code and documentation are available at http://bits2.iis.sinica.edu.tw/MetaABC/ CONTACT: dywang@gate.sinica.edu.tw; hktsai@iis.sinica.edu.tw

SUPPLEMENTARY INFORMATION

Supplementary data are available at Bioinformatics online.

摘要

摘要

MetaABC 是一个宏基因组平台，它集成了几种分箱工具，并结合了去除伪影、分析未分配读取和控制采样偏差的方法。它允许用户通过一系列不同的分析工具组合来获得更好的解释。执行后，MetaABC 以各种可视化格式（如表格、饼图和条形图）以及聚类结果图提供输出。

可用性

MetaABC 的源代码和文档可在 http://bits2.iis.sinica.edu.tw/MetaABC/ 获得。

联系人

dywang@gate.sinica.edu.tw; hktsai@iis.sinica.edu.tw

补充信息

补充数据可在 Bioinformatics 在线获得。

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