PopDrowser：种群果蝇浏览器。
PopDrowser: the Population Drosophila Browser.
机构信息
Institut de Biotecnologia i de Biomedicina and Departament de Genètica i de Microbiologia, Universitat Autònoma de Barcelona, 08193 Bellaterra, Barcelona, Spain.
出版信息
Bioinformatics. 2012 Feb 15;28(4):595-6. doi: 10.1093/bioinformatics/btr691. Epub 2011 Dec 15.
MOTIVATION
The completion of 168 genome sequences from a single population of Drosophila melanogaster provides a global view of genomic variation and an understanding of the evolutionary forces shaping the patterns of DNA polymorphism and divergence along the genome.
RESULTS
We present the 'Population Drosophila Browser' (PopDrowser), a new genome browser specially designed for the automatic analysis and representation of genetic variation across the D. melanogaster genome sequence. PopDrowser allows estimating and visualizing the values of a number of DNA polymorphism and divergence summary statistics, linkage disequilibrium parameters and several neutrality tests. PopDrowser also allows performing custom analyses on-the-fly using user-selected parameters.
AVAILABILITY
PopDrowser is freely available from http://PopDrowser.uab.cat.
动机
从一个黑腹果蝇种群中完成的 168 个基因组序列提供了基因组变异的全貌，并了解了塑造 DNA 多态性和基因组上分歧模式的进化力量。
结果
我们展示了“种群果蝇浏览器”（PopDrowser），这是一个专门为自动分析和表示黑腹果蝇基因组序列中遗传变异而设计的新基因组浏览器。PopDrowser 允许估计和可视化许多 DNA 多态性和分歧汇总统计、连锁不平衡参数和几种中性检验的值。PopDrowser 还允许使用用户选择的参数即时执行自定义分析。
可用性
PopDrowser 可从 http://PopDrowser.uab.cat 免费获得。
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