• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

随机诱变 MAPPIT 分析鉴定了 APOBEC3G 的两个胞嘧啶脱氨酶结构域中 Vif 和 Gag 的结合位点。

Random mutagenesis MAPPIT analysis identifies binding sites for Vif and Gag in both cytidine deaminase domains of Apobec3G.

机构信息

Department of Medical Protein Research, VIB, Ghent, Belgium.

出版信息

PLoS One. 2012;7(9):e44143. doi: 10.1371/journal.pone.0044143. Epub 2012 Sep 10.

DOI:10.1371/journal.pone.0044143
PMID:22970171
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3438196/
Abstract

The mammalian two-hybrid system MAPPIT allows the detection of protein-protein interactions in intact human cells. We developed a random mutagenesis screening strategy based on MAPPIT to detect mutations that disrupt the interaction of one protein with multiple protein interactors simultaneously. The strategy was used to detect residues of the human cytidine deaminase Apobec3G that are important for its homodimerization and its interaction with the HIV-1 Gag and Vif proteins. The strategy is able to identify the previously described head-to-head homodimerization interface in the N-terminal domain of Apobec3G. Our analysis further detects two new potential interaction surfaces in the N-and C-terminal domain of Apobec3G for interaction with Vif and Gag or for Apobec3G dimerization.

摘要

哺乳动物双杂交系统 MAPPIT 允许在完整的人类细胞中检测蛋白质-蛋白质相互作用。我们开发了一种基于 MAPPIT 的随机诱变筛选策略,以检测同时破坏一种蛋白质与多个蛋白质相互作用子相互作用的突变。该策略用于检测人胞苷脱氨酶 Apobec3G 的重要残基,这些残基对于其同源二聚体化及其与 HIV-1 Gag 和 Vif 蛋白的相互作用至关重要。该策略能够识别 Apobec3G N 端结构域中先前描述的头对头同源二聚化界面。我们的分析进一步检测到 Apobec3G 的 N 和 C 端结构域中的两个新的潜在相互作用表面,用于与 Vif 和 Gag 相互作用或用于 Apobec3G 二聚化。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/582e/3438196/02fe65c9727f/pone.0044143.g007.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/582e/3438196/9f45f6a2b3b9/pone.0044143.g001.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/582e/3438196/f0b31d60f37f/pone.0044143.g002.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/582e/3438196/c06ee6585f8d/pone.0044143.g003.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/582e/3438196/ec175adaace9/pone.0044143.g004.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/582e/3438196/3017ced315cd/pone.0044143.g005.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/582e/3438196/f918e2de4e9a/pone.0044143.g006.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/582e/3438196/02fe65c9727f/pone.0044143.g007.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/582e/3438196/9f45f6a2b3b9/pone.0044143.g001.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/582e/3438196/f0b31d60f37f/pone.0044143.g002.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/582e/3438196/c06ee6585f8d/pone.0044143.g003.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/582e/3438196/ec175adaace9/pone.0044143.g004.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/582e/3438196/3017ced315cd/pone.0044143.g005.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/582e/3438196/f918e2de4e9a/pone.0044143.g006.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/582e/3438196/02fe65c9727f/pone.0044143.g007.jpg

相似文献

1
Random mutagenesis MAPPIT analysis identifies binding sites for Vif and Gag in both cytidine deaminase domains of Apobec3G.随机诱变 MAPPIT 分析鉴定了 APOBEC3G 的两个胞嘧啶脱氨酶结构域中 Vif 和 Gag 的结合位点。
PLoS One. 2012;7(9):e44143. doi: 10.1371/journal.pone.0044143. Epub 2012 Sep 10.
2
Definition of the interacting interfaces of Apobec3G and HIV-1 Vif using MAPPIT mutagenesis analysis.使用 MAPPIT 诱变分析定义 APOBEC3G 和 HIV-1 Vif 的相互作用界面。
Nucleic Acids Res. 2010 Apr;38(6):1902-12. doi: 10.1093/nar/gkp1154. Epub 2009 Dec 16.
3
Structure of the Vif-binding domain of the antiviral enzyme APOBEC3G.抗病毒酶载脂蛋白B mRNA编辑酶催化多肽样蛋白3G(APOBEC3G)的Vif结合结构域的结构
Nat Struct Mol Biol. 2015 Jun;22(6):485-91. doi: 10.1038/nsmb.3033. Epub 2015 May 18.
4
Identification of an APOBEC3G binding site in human immunodeficiency virus type 1 Vif and inhibitors of Vif-APOBEC3G binding.在人类免疫缺陷病毒1型Vif中鉴定APOBEC3G结合位点以及Vif-APOBEC3G结合抑制剂
J Virol. 2007 Dec;81(23):13235-41. doi: 10.1128/JVI.00204-07. Epub 2007 Sep 26.
5
HIV-1 Vif-mediated ubiquitination/degradation of APOBEC3G involves four critical lysine residues in its C-terminal domain.HIV-1 Vif介导的APOBEC3G泛素化/降解涉及其C末端结构域中的四个关键赖氨酸残基。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 Nov 17;106(46):19539-44. doi: 10.1073/pnas.0906652106. Epub 2009 Nov 3.
6
Structure, interaction and real-time monitoring of the enzymatic reaction of wild-type APOBEC3G.野生型载脂蛋白B编辑酶催化多肽样蛋白3G的酶促反应的结构、相互作用及实时监测
EMBO J. 2009 Feb 18;28(4):440-51. doi: 10.1038/emboj.2008.290. Epub 2009 Jan 15.
7
Differential anti-APOBEC3G activity of HIV-1 Vif proteins derived from different subtypes.不同 HIV-1 亚型 Vif 蛋白对 APOBEC3G 的拮抗活性存在差异。
J Biol Chem. 2010 Nov 12;285(46):35350-8. doi: 10.1074/jbc.M110.173286. Epub 2010 Sep 10.
8
Characterization of conserved motifs in HIV-1 Vif required for APOBEC3G and APOBEC3F interaction.APOBEC3G和APOBEC3F相互作用所需的HIV-1 Vif中保守基序的特征分析。
J Mol Biol. 2008 Sep 12;381(4):1000-11. doi: 10.1016/j.jmb.2008.06.061. Epub 2008 Jun 28.
9
Distinct domains within APOBEC3G and APOBEC3F interact with separate regions of human immunodeficiency virus type 1 Vif.载脂蛋白B mRNA编辑酶催化多肽样蛋白3G(APOBEC3G)和载脂蛋白B mRNA编辑酶催化多肽样蛋白3F(APOBEC3F)内的不同结构域与1型人类免疫缺陷病毒(HIV-1)Vif的不同区域相互作用。
J Virol. 2009 Feb;83(4):1992-2003. doi: 10.1128/JVI.01621-08. Epub 2008 Nov 26.
10
Simian Immunodeficiency Virus Vif and Human APOBEC3B Interactions Resemble Those between HIV-1 Vif and Human APOBEC3G.猿猴免疫缺陷病毒 Vif 与人 APOBEC3B 的相互作用类似于 HIV-1 Vif 与人 APOBEC3G 的相互作用。
J Virol. 2018 May 29;92(12). doi: 10.1128/JVI.00447-18. Print 2018 Jun 15.

引用本文的文献

1
Deep mutational scanning of proteins in mammalian cells.哺乳动物细胞中蛋白质的深度突变扫描。
Cell Rep Methods. 2023 Nov 20;3(11):100641. doi: 10.1016/j.crmeth.2023.100641. Epub 2023 Nov 13.
2
Characterization of an A3G-Vif-CRL5-CBFβ Structure Using a Cross-linking Mass Spectrometry Pipeline for Integrative Modeling of Host-Pathogen Complexes.使用交联质谱分析管道对宿主-病原体复合物进行综合建模,对 A3G-Vif-CRL5-CBFβ 结构进行了表征。
Mol Cell Proteomics. 2021;20:100132. doi: 10.1016/j.mcpro.2021.100132. Epub 2021 Aug 11.
3
Structural Determinants of the APOBEC3G N-Terminal Domain for HIV-1 RNA Association.

本文引用的文献

1
One- plus two-hybrid system for the efficient selection of missense mutant alleles defective in protein-protein interactions.用于高效筛选蛋白质-蛋白质相互作用中缺陷型错义突变等位基因的一加二杂交系统。
Methods Mol Biol. 2012;812:209-23. doi: 10.1007/978-1-61779-455-1_12.
2
A method for multi-codon scanning mutagenesis of proteins based on asymmetric transposons.基于不对称转座子的蛋白质多位点同时突变方法。
Protein Eng Des Sel. 2012 Feb;25(2):67-72. doi: 10.1093/protein/gzr060. Epub 2011 Dec 18.
3
DARPins recognizing the tumor-associated antigen EpCAM selected by phage and ribosome display and engineered for multivalency.
APOBEC3G 氨基端结构域与 HIV-1 RNA 结合的结构决定因素。
Front Cell Infect Microbiol. 2019 May 21;9:129. doi: 10.3389/fcimb.2019.00129. eCollection 2019.
4
Straightforward Protein-Protein Interaction Interface Mapping via Random Mutagenesis and Mammalian Protein Protein Interaction Trap (MAPPIT).通过随机诱变和哺乳动物蛋白质相互作用陷阱(MAPPIT)进行直接的蛋白质-蛋白质相互作用界面作图。
Int J Mol Sci. 2019 Apr 26;20(9):2058. doi: 10.3390/ijms20092058.
5
Error-prone PCR mutagenesis and reverse bacterial two-hybrid screening identify a mutation in asparagine 53 of the Staphylococcus aureus ESAT6-like component EsxB that perturbs interaction with EsxD.易错PCR诱变和反向细菌双杂交筛选鉴定出金黄色葡萄球菌ESAT6样成分EsxB的天冬酰胺53位发生突变,该突变扰乱了与EsxD的相互作用。
Folia Microbiol (Praha). 2018 Jul;63(4):483-492. doi: 10.1007/s12223-018-0591-6. Epub 2018 Feb 22.
6
RNF41 interacts with the VPS52 subunit of the GARP and EARP complexes.RNF41与GARP和EARP复合物的VPS52亚基相互作用。
PLoS One. 2017 May 22;12(5):e0178132. doi: 10.1371/journal.pone.0178132. eCollection 2017.
7
Identification of binding sites for myeloid differentiation primary response gene 88 (MyD88) and Toll-like receptor 4 in MyD88 adapter-like (Mal).鉴定髓样分化初级反应基因 88(MyD88)和 Toll 样受体 4 在 MyD88 衔接蛋白样(Mal)中的结合位点。
J Biol Chem. 2013 Apr 26;288(17):12054-66. doi: 10.1074/jbc.M112.415810. Epub 2013 Mar 4.
8
HIV-1 viral infectivity factor (Vif) alters processive single-stranded DNA scanning of the retroviral restriction factor APOBEC3G.HIV-1 病毒感染因子 (Vif) 改变了逆转录病毒限制因子 APOBEC3G 的连续单链 DNA 扫描过程。
J Biol Chem. 2013 Mar 1;288(9):6083-94. doi: 10.1074/jbc.M112.421875. Epub 2013 Jan 11.
通过噬菌体展示和核糖体展示选择的、针对肿瘤相关抗原 EpCAM 的 DARPins,并进行多价工程改造。
J Mol Biol. 2011 Nov 4;413(4):826-43. doi: 10.1016/j.jmb.2011.09.016. Epub 2011 Sep 21.
4
Cryo-electron tomography: gaining insight into cellular processes by structural approaches.冷冻电镜断层成像技术:通过结构方法深入了解细胞过程。
Curr Opin Struct Biol. 2011 Oct;21(5):670-7. doi: 10.1016/j.sbi.2011.07.004. Epub 2011 Aug 2.
5
Selection of STOP-free sequences from random mutagenesis for 'loss of interaction' two-hybrid studies.从随机诱变中选择无 STOP 序列用于“相互作用丧失”双杂交研究。
Yeast. 2011 Jul;28(7):535-45. doi: 10.1002/yea.1856. Epub 2011 May 18.
6
Three-dimensional modeling of protein interactions and complexes is going 'omics.蛋白质相互作用和复合物的三维建模正在进入“组学”时代。
Curr Opin Struct Biol. 2011 Apr;21(2):200-8. doi: 10.1016/j.sbi.2011.01.005. Epub 2011 Feb 12.
7
Atomic force microscopy studies provide direct evidence for dimerization of the HIV restriction factor APOBEC3G.原子力显微镜研究为 HIV 限制因子 APOBEC3G 的二聚化提供了直接证据。
J Biol Chem. 2011 Feb 4;286(5):3387-95. doi: 10.1074/jbc.M110.195685. Epub 2010 Dec 1.
8
Blind predictions of protein interfaces by docking calculations in CAPRI.通过 CAPRI 中的对接计算对蛋白质界面进行盲预测。
Proteins. 2010 Nov 15;78(15):3085-95. doi: 10.1002/prot.22850.
9
Protein-protein docking tested in blind predictions: the CAPRI experiment.在盲预测中测试的蛋白质-蛋白质对接:CAPRI实验。
Mol Biosyst. 2010 Dec;6(12):2351-62. doi: 10.1039/c005060c. Epub 2010 Aug 19.
10
Strengths and weaknesses of data-driven docking in critical assessment of prediction of interactions.数据驱动对接在预测相互作用的关键评估中的优势和劣势。
Proteins. 2010 Nov 15;78(15):3242-9. doi: 10.1002/prot.22814.