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利用 cBioPortal 进行复杂癌症基因组学和临床特征的综合分析

Integrative analysis of complex cancer genomics and clinical profiles using the cBioPortal.

机构信息

Computational Biology Center, Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, New York, NY 10065, USA.

出版信息

Sci Signal. 2013 Apr 2;6(269):pl1. doi: 10.1126/scisignal.2004088.

DOI:10.1126/scisignal.2004088
PMID:23550210
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4160307/
Abstract

The cBioPortal for Cancer Genomics (http://cbioportal.org) provides a Web resource for exploring, visualizing, and analyzing multidimensional cancer genomics data. The portal reduces molecular profiling data from cancer tissues and cell lines into readily understandable genetic, epigenetic, gene expression, and proteomic events. The query interface combined with customized data storage enables researchers to interactively explore genetic alterations across samples, genes, and pathways and, when available in the underlying data, to link these to clinical outcomes. The portal provides graphical summaries of gene-level data from multiple platforms, network visualization and analysis, survival analysis, patient-centric queries, and software programmatic access. The intuitive Web interface of the portal makes complex cancer genomics profiles accessible to researchers and clinicians without requiring bioinformatics expertise, thus facilitating biological discoveries. Here, we provide a practical guide to the analysis and visualization features of the cBioPortal for Cancer Genomics.

摘要

癌症基因组学的 cBioPortal（http://cbioportal.org）提供了一个用于探索、可视化和分析多维癌症基因组学数据的网络资源。该门户将来自癌症组织和细胞系的分子分析数据转化为易于理解的遗传、表观遗传、基因表达和蛋白质组学事件。查询界面与定制的数据存储相结合，使研究人员能够在样本、基因和途径上交互式地探索基因改变，并在基础数据中可用时，将这些改变与临床结果联系起来。该门户提供了来自多个平台的基因水平数据的图形摘要、网络可视化和分析、生存分析、以患者为中心的查询以及软件编程访问。门户直观的网络界面使复杂的癌症基因组学图谱可供研究人员和临床医生使用，而无需具备生物信息学专业知识，从而促进了生物学发现。在这里，我们提供了癌症基因组学的 cBioPortal 的分析和可视化功能的实用指南。

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