SP-Designer：一个用户友好的程序，用于从 DNA 序列比对中设计物种特异性引物对。
SP-Designer: a user-friendly program for designing species-specific primer pairs from DNA sequence alignments.
机构信息
Institut Universitaire de Technologie de Perpignan, Département STID, Traitement des Données Génomiques, Domaine Universitaire d'Auriac, Carcassonne, France.
出版信息
Mol Ecol Resour. 2013 Jul;13(4):755-8. doi: 10.1111/1755-0998.12116. Epub 2013 May 2.
SP-Designer is an open-source program providing a user-friendly tool for the design of specific PCR primer pairs from a DNA sequence alignment containing sequences from various taxa. SP-Designer selects PCR primer pairs for the amplification of DNA from a target species on the basis of several criteria: (i) primer specificity, as assessed by interspecific sequence polymorphism in the annealing regions, (ii) the biochemical characteristics of the primers and (iii) the intended PCR conditions. SP-Designer generates tables, detailing the primer pair and PCR characteristics, and a FASTA file locating the primer sequences in the original sequence alignment. SP-Designer is Windows-compatible and freely available from http://www2.sophia.inra.fr/urih/sophia_mart/sp_designer/info_sp_designer.php.
SP-Designer 是一个开源程序，提供了一个用户友好的工具，用于从包含来自各种分类群的序列的 DNA 序列比对中设计特定的 PCR 引物对。SP-Designer 根据几个标准选择用于扩增目标物种 DNA 的 PCR 引物对：（i）引物特异性，通过退火区域的种间序列多态性评估，（ii）引物的生化特性，和（iii）预期的 PCR 条件。SP-Designer 生成详细说明引物对和 PCR 特性的表格，以及一个 FASTA 文件，其中定位原始序列比对中引物序列。SP-Designer 与 Windows 兼容，可从 http://www2.sophia.inra.fr/urih/sophia_mart/sp_designer/info_sp_designer.php 免费获得。
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