• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

用不准确的距离数据解决分子距离几何问题。

Solving the molecular distance geometry problem with inaccurate distance data.

机构信息

Department of Statistics and Applied Mathematics, Federal University of Ceará, Ceará, 60455-760, Brazil.

出版信息

BMC Bioinformatics. 2013;14 Suppl 9(Suppl 9):S7. doi: 10.1186/1471-2105-14-S9-S7. Epub 2013 Jun 28.

DOI:10.1186/1471-2105-14-S9-S7
PMID:23901894
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3698034/
Abstract

We present a new iterative algorithm for the molecular distance geometry problem with inaccurate and sparse data, which is based on the solution of linear systems, maximum cliques, and a minimization of nonlinear least-squares function. Computational results with real protein structures are presented in order to validate our approach.

摘要

我们提出了一种新的迭代算法,用于解决存在不准确和稀疏数据的分子距离几何问题,该算法基于线性系统的求解、最大团的求解和非线性最小二乘函数的最小化。为了验证我们的方法,我们给出了使用真实蛋白质结构的计算结果。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/f7b9/3698034/912b8eb91a4b/1471-2105-14-S9-S7-1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/f7b9/3698034/912b8eb91a4b/1471-2105-14-S9-S7-1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/f7b9/3698034/912b8eb91a4b/1471-2105-14-S9-S7-1.jpg

相似文献

1
Solving the molecular distance geometry problem with inaccurate distance data.用不准确的距离数据解决分子距离几何问题。
BMC Bioinformatics. 2013;14 Suppl 9(Suppl 9):S7. doi: 10.1186/1471-2105-14-S9-S7. Epub 2013 Jun 28.
2
A geometric buildup algorithm for the solution of the distance geometry problem using least-squares approximation.基于最小二乘法逼近的距离几何问题解的几何构造算法。
Bull Math Biol. 2009 Nov;71(8):1914-33. doi: 10.1007/s11538-009-9431-9. Epub 2009 Jun 17.
3
Solving a generalized distance geometry problem for protein structure determination.解决蛋白质结构测定的广义距离几何问题。
Bull Math Biol. 2011 Dec;73(12):2809-36. doi: 10.1007/s11538-011-9644-6. Epub 2011 Mar 18.
4
An algorithm to enumerate all possible protein conformations verifying a set of distance constraints.一种用于枚举所有满足一组距离约束的可能蛋白质构象的算法。
BMC Bioinformatics. 2015 Jan 28;16:23. doi: 10.1186/s12859-015-0451-1.
5
Multiple methods for protein side chain packing using maximum weight cliques.使用最大权团进行蛋白质侧链堆积的多种方法。
Genome Inform. 2006;17(1):3-12.
6
Distance geometry and protein loop modeling.距离几何与蛋白质环建模。
J Comput Chem. 2022 Feb 15;43(5):349-358. doi: 10.1002/jcc.26796. Epub 2021 Dec 14.
7
Modeling tricks and fitting techniques for multiresolution structures.多分辨率结构的建模技巧与拟合技术
Structure. 2001 Sep;9(9):779-88. doi: 10.1016/s0969-2126(01)00648-7.
8
When the lowest energy does not induce native structures: parallel minimization of multi-energy values by hybridizing searching intelligences.当最低能量不能诱导天然结构时:通过混合搜索智能来并行最小化多能量值。
PLoS One. 2012;7(9):e44967. doi: 10.1371/journal.pone.0044967. Epub 2012 Sep 28.
9
An algebraic geometry approach to protein structure determination from NMR data.一种基于核磁共振数据确定蛋白质结构的代数几何方法。
Proc IEEE Comput Syst Bioinform Conf. 2005:235-46. doi: 10.1109/csb.2005.11.
10
Regularized Least Squares Cancer classifiers from DNA microarray data.基于DNA微阵列数据的正则化最小二乘癌症分类器。
BMC Bioinformatics. 2005 Dec 1;6 Suppl 4(Suppl 4):S2. doi: 10.1186/1471-2105-6-S4-S2.

引用本文的文献

1
Minimal NMR distance information for rigidity of protein graphs.用于蛋白质图谱刚性的最小核磁共振距离信息。
Discrete Appl Math. 2019 Mar 15;256:91-104. doi: 10.1016/j.dam.2018.03.071. Epub 2018 Apr 26.

本文引用的文献

1
A geometric buildup algorithm for the solution of the distance geometry problem using least-squares approximation.基于最小二乘法逼近的距离几何问题解的几何构造算法。
Bull Math Biol. 2009 Nov;71(8):1914-33. doi: 10.1007/s11538-009-9431-9. Epub 2009 Jun 17.
2
The Protein Data Bank.蛋白质数据库。
Nucleic Acids Res. 2000 Jan 1;28(1):235-42. doi: 10.1093/nar/28.1.235.
3
Structure of the gene V protein of bacteriophage f1 determined by multiwavelength x-ray diffraction on the selenomethionyl protein.通过对硒代甲硫氨酸标记蛋白进行多波长X射线衍射确定噬菌体f1基因V蛋白的结构
Proc Natl Acad Sci U S A. 1994 Mar 15;91(6):2071-5. doi: 10.1073/pnas.91.6.2071.
4
Crystal structures of Y41H and Y41F mutants of gene V protein from Ff phage suggest possible protein-protein interactions in the GVP-ssDNA complex.来自丝状噬菌体(Ff phage)的基因V蛋白的Y41H和Y41F突变体的晶体结构表明,在GVP-ssDNA复合物中可能存在蛋白质-蛋白质相互作用。
Biochemistry. 1994 Jun 28;33(25):7768-78.