• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

迈向基于基因组的真菌学。

Toward genome-enabled mycology.

机构信息

Biology Department, Clark University, Worcester, Massachusetts 01610.

出版信息

Mycologia. 2013 Nov-Dec;105(6):1339-49. doi: 10.3852/13-196. Epub 2013 Aug 8.

DOI:10.3852/13-196
PMID:23928422
Abstract

Genome-enabled mycology is a rapidly expanding field that is characterized by the pervasive use of genome-scale data and associated computational tools in all aspects of fungal biology. Genome-enabled mycology is integrative and often requires teams of researchers with diverse skills in organismal mycology, bioinformatics and molecular biology. This issue of Mycologia presents the first complete fungal genomes in the history of the journal, reflecting the ongoing transformation of mycology into a genome-enabled science. Here, we consider the prospects for genome-enabled mycology and the technical and social challenges that will need to be overcome to grow the database of complete fungal genomes and enable all fungal biologists to make use of the new data.

摘要

基因组真菌学是一个快速发展的领域,其特点是在真菌生物学的各个方面广泛使用基因组规模的数据和相关的计算工具。基因组真菌学是综合性的,通常需要具有不同技能的研究团队,包括有机真菌学、生物信息学和分子生物学。本期《Mycologia》发表了该杂志历史上的第一批完整真菌基因组,反映了真菌学向基因组真菌学科学的持续转变。在这里,我们考虑了基因组真菌学的前景,以及为了扩大完整真菌基因组数据库并使所有真菌生物学家能够利用新数据,需要克服的技术和社会挑战。

相似文献

1
Toward genome-enabled mycology.迈向基于基因组的真菌学。
Mycologia. 2013 Nov-Dec;105(6):1339-49. doi: 10.3852/13-196. Epub 2013 Aug 8.
2
A Festschrift in Honor of Meredith Blackwell.献给梅雷迪思·布莱克韦尔的纪念文集。
Mycologia. 2018 Jan-Feb;110(1):1-3. doi: 10.1080/00275514.2018.1466586.
3
Fungal Genomes and Insights into the Evolution of the Kingdom.真菌基因组与对王国进化的洞察。
Microbiol Spectr. 2017 Jul;5(4). doi: 10.1128/microbiolspec.FUNK-0055-2016.
4
Advances in Fungal Phylogenomics and Their Impact on Fungal Systematics.真菌系统发育基因组学的进展及其对真菌分类学的影响。
Adv Genet. 2017;100:309-328. doi: 10.1016/bs.adgen.2017.09.004. Epub 2017 Oct 20.
5
Comparative genomics of fungal allergens and epitopes shows widespread distribution of closely related allergen and epitope orthologues.真菌过敏原和表位的比较基因组学表明密切相关的过敏原和表位直系同源物广泛分布。
BMC Genomics. 2006 Oct 9;7:251. doi: 10.1186/1471-2164-7-251.
6
Fungal Phylogeny in the Age of Genomics: Insights Into Phylogenetic Inference From Genome-Scale Datasets.基因组时代的真菌系统发育:从基因组规模数据集推断系统发育的见解。
Adv Genet. 2017;100:49-72. doi: 10.1016/bs.adgen.2017.09.008. Epub 2017 Oct 20.
7
The fungal genome initiative and lessons learned from genome sequencing.真菌基因组计划及从基因组测序中获得的经验教训。
Methods Enzymol. 2010;470:833-55. doi: 10.1016/S0076-6879(10)70034-3. Epub 2010 Mar 1.
8
[Recent progress in the study of fungal virulence factors and identification of new targets of anti-fungal drug using proteomic and transcriptomic analysis].[利用蛋白质组学和转录组学分析研究真菌毒力因子及鉴定抗真菌药物新靶点的最新进展]
Nihon Rinsho. 2008 Dec;66(12):2255-60.
9
The origins of multicellularity: a multi-taxon genome initiative.多细胞生物的起源:一项多分类群基因组计划。
Trends Genet. 2007 Mar;23(3):113-8. doi: 10.1016/j.tig.2007.01.005. Epub 2007 Feb 1.
10
Resources for medical mycology on the World Wide Web.万维网上的医学真菌学资源。
Clin Infect Dis. 2005 Feb 1;40(3):437-50. doi: 10.1086/427218. Epub 2005 Jan 10.

引用本文的文献

1
Comparative genomics and stable isotope analysis reveal the saprotrophic-pathogenic lifestyle of a neotropical fungus.比较基因组学和稳定同位素分析揭示了一种新热带真菌的腐生-致病生活方式。
mBio. 2024 Aug 14;15(8):e0142324. doi: 10.1128/mbio.01423-24. Epub 2024 Jul 16.
2
Changes in fungal taxonomy: mycological rationale and clinical implications.真菌分类学的变化: mycological 原理和临床意义。
Clin Microbiol Rev. 2023 Dec 20;36(4):e0009922. doi: 10.1128/cmr.00099-22. Epub 2023 Nov 6.
3
OMICS and Other Advanced Technologies in Mycological Applications.
组学及其他先进技术在真菌学应用中的研究
J Fungi (Basel). 2023 Jun 19;9(6):688. doi: 10.3390/jof9060688.
4
Freshwater Fungi as a Source of Chemical Diversity: A Review.淡水真菌作为化学多样性的来源:综述。
J Nat Prod. 2021 Mar 26;84(3):898-916. doi: 10.1021/acs.jnatprod.0c01340. Epub 2021 Mar 4.
5
Investigating the Smuts: Common Cues, Signaling Pathways, and the Role of in Dimorphic Switching and Pathogenesis.探究黑粉菌:常见线索、信号通路以及(此处原文缺失成分)在双态转换和致病过程中的作用
J Fungi (Basel). 2020 Dec 16;6(4):368. doi: 10.3390/jof6040368.
6
Model Choice, Missing Data, and Taxon Sampling Impact Phylogenomic Inference of Deep Basidiomycota Relationships.模型选择、缺失数据和分类群采样对深担子菌系统发育关系的基因组推断的影响。
Syst Biol. 2020 Jan 1;69(1):17-37. doi: 10.1093/sysbio/syz029.
7
Fungal Genomes and Insights into the Evolution of the Kingdom.真菌基因组与对王国进化的洞察。
Microbiol Spectr. 2017 Jul;5(4). doi: 10.1128/microbiolspec.FUNK-0055-2016.
8
Scaling up discovery of hidden diversity in fungi: impacts of barcoding approaches.扩大真菌中隐藏多样性的发现:条形码技术的影响
Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 2016 Sep 5;371(1702). doi: 10.1098/rstb.2015.0336.
9
Finding needles in haystacks: linking scientific names, reference specimens and molecular data for Fungi.大海捞针:为真菌关联学名、参考标本和分子数据
Database (Oxford). 2014 Jun 30;2014. doi: 10.1093/database/bau061. Print 2014.