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RDAVIDWebService:一个功能多样的 DAVID R 接口。

RDAVIDWebService: a versatile R interface to DAVID.

机构信息

CONICET, Buenos Aires and BioScience Data Mining Group, Catholic University of Córdoba, Córdoba, Argentina.

出版信息

Bioinformatics. 2013 Nov 1;29(21):2810-1. doi: 10.1093/bioinformatics/btt487. Epub 2013 Aug 19.

Abstract

SUMMARY

The RDAVIDWebService package provides a class-based interface from R programs/scripts to fully access/control the database for annotation, visualization and integrated discovery, without the need for human interaction on its Web site (http://david.abcc.ncifcrf.gov). The library enhances the database for annotation, visualization and integrated discovery capabilities for Gene Ontology analysis by means of GOstats-based direct acyclic graph conversion methods, in addition to the usual many-genes-to-many-terms visualization.

AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION

RDAVIDWebService is available as an R package from the Bioconductor project (www.bioconductor.org) and on the authors' Web site (www.bdmg.com.ar) under GPL-2 license, subjected to the terms of use of DAVID (http://david.abcc.ncifcrf.gov/content.jsp?file=WS.html).

CONTACT

cfresno@bdmg.com.ar or efernandez@bdmg.com.ar.

摘要

摘要

RDAVIDWebService 包提供了一种基于类的接口,使 R 程序/脚本能够完全访问/控制数据库,进行注释、可视化和综合发现,而无需在其网站(http://david.abcc.ncifcrf.gov)上进行人工交互。该库通过基于 GOstats 的有向无环图转换方法增强了数据库的注释、可视化和综合发现功能,用于基因本体论分析,除了常用的许多基因到多个术语的可视化。

可用性和实现

RDAVIDWebService 作为 Bioconductor 项目(www.bioconductor.org)中的一个 R 包提供,并在作者的网站(www.bdmg.com.ar)上根据 GPL-2 许可证提供,受 DAVID 的使用条款的约束(http://david.abcc.ncifcrf.gov/content.jsp?file=WS.html)。

联系人

cfresno@bdmg.com.arefernandez@bdmg.com.ar

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