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系统生物学标记语言（SBML）：第3级版本1核心的语言规范

The Systems Biology Markup Language (SBML): Language Specification for Level 3 Version 1 Core.

作者信息

Hucka Michael, Bergmann Frank T, Hoops Stefan, Keating Sarah M, Sahle Sven, Schaff James C, Smith Lucian P, Wilkinson Darren J

出版信息

J Integr Bioinform. 2015 Sep 4;12(2):266. doi: 10.2390/biecoll-jib-2015-266.

DOI:10.2390/biecoll-jib-2015-266
PMID:26528564
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC5451324/
Abstract

Computational models can help researchers to interpret data, understand biological function, and make quantitative predictions. The Systems Biology Markup Language (SBML) is a file format for representing computational models in a declarative form that can be exchanged between different software systems. SBML is oriented towards describing biological processes of the sort common in research on a number of topics, including metabolic pathways, cell signaling pathways, and many others. By supporting SBML as an input/output format, different tools can all operate on an identical representation of a model, removing opportunities for translation errors and assuring a common starting point for analyses and simulations. This document provides the specification for Version 1 of SBML Level 3 Core. The specification defines the data structures prescribed by SBML as well as their encoding in XML, the eXtensible Markup Language. This specification also defines validation rules that determine the validity of an SBML document, and provides many examples of models in SBML form. Other materials and software are available from the SBML project web site, http://sbml.org/.

摘要

计算模型可以帮助研究人员解释数据、理解生物学功能并进行定量预测。系统生物学标记语言（SBML）是一种文件格式，用于以声明形式表示计算模型，这种形式可以在不同软件系统之间交换。SBML旨在描述许多研究主题中常见的生物过程，包括代谢途径、细胞信号通路等。通过支持将SBML作为输入/输出格式，不同的工具可以对模型的相同表示进行操作，消除翻译错误的可能性，并确保分析和模拟有一个共同的起点。本文档提供了SBML Level 3核心版本1的规范。该规范定义了SBML规定的数据结构及其在可扩展标记语言XML中的编码。本规范还定义了确定SBML文档有效性的验证规则，并提供了许多SBML形式的模型示例。其他材料和软件可从SBML项目网站http://sbml.org/获取。

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