• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

EvalMSA：一个用于评估多序列比对并检测异常值的程序。

EvalMSA: A Program to Evaluate Multiple Sequence Alignments and Detect Outliers.

作者信息

Chiner-Oms Alvaro, González-Candelas Fernando

机构信息

Joint Research Unit "Infection and Public Health" FISABIO, Cavanilles Institute for Biodiversity and Evolutionary Biology, University of Valencia, Paterna, Valencia, Spain.; CIBER in Epidemiology and Public Health, Madrid, Spain.

出版信息

Evol Bioinform Online. 2016 Nov 28;12:277-284. doi: 10.4137/EBO.S40583. eCollection 2016.

DOI:10.4137/EBO.S40583
PMID:27920488
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC5127606/
Abstract

We present EvalMSA, a software tool for evaluating and detecting outliers in multiple sequence alignments (MSAs). This tool allows the identification of divergent sequences in MSAs by scoring the contribution of each row in the alignment to its quality using a sum-of-pair-based method and additional analyses. Our main goal is to provide users with objective data in order to take informed decisions about the relevance and/or pertinence of including/retaining a particular sequence in an MSA. EvalMSA is written in standard Perl and also uses some routines from the statistical language R. Therefore, it is necessary to install the R-base package in order to get full functionality. Binary packages are freely available from http://sourceforge.net/projects/evalmsa/for Linux and Windows.

摘要

我们展示了EvalMSA，这是一种用于评估和检测多序列比对（MSA）中异常值的软件工具。该工具通过使用基于成对求和的方法及其他分析，对比对中每行对其质量的贡献进行评分，从而识别MSA中的差异序列。我们的主要目标是为用户提供客观数据，以便就将特定序列纳入/保留在MSA中的相关性和/或适用性做出明智决策。EvalMSA是用标准Perl编写的，还使用了统计语言R中的一些例程。因此，有必要安装R-base包以获得完整功能。二进制包可从http://sourceforge.net/projects/evalmsa/免费获取，适用于Linux和Windows。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2bcd/5127606/bd07185cca54/ebo-12-2016-277f3.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2bcd/5127606/6e4f836bc53a/ebo-12-2016-277f1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2bcd/5127606/fa0005568f57/ebo-12-2016-277f2.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2bcd/5127606/bd07185cca54/ebo-12-2016-277f3.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2bcd/5127606/6e4f836bc53a/ebo-12-2016-277f1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2bcd/5127606/fa0005568f57/ebo-12-2016-277f2.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2bcd/5127606/bd07185cca54/ebo-12-2016-277f3.jpg

相似文献

1
EvalMSA: A Program to Evaluate Multiple Sequence Alignments and Detect Outliers.EvalMSA：一个用于评估多序列比对并检测异常值的程序。
Evol Bioinform Online. 2016 Nov 28;12:277-284. doi: 10.4137/EBO.S40583. eCollection 2016.
2
OD-seq: outlier detection in multiple sequence alignments.OD-seq：多序列比对中的异常值检测。
BMC Bioinformatics. 2015 Aug 25;16:269. doi: 10.1186/s12859-015-0702-1.
3
Protein multiple sequence alignment benchmarking through secondary structure prediction.通过二级结构预测进行蛋白质多序列比对基准测试。
Bioinformatics. 2017 May 1;33(9):1331-1337. doi: 10.1093/bioinformatics/btw840.
4
DivA: detection of non-homologous and very divergent regions in protein sequence alignments.DivA：蛋白质序列比对中检测非同源和高度分化区域。
BMC Res Notes. 2014 Nov 18;7:806. doi: 10.1186/1756-0500-7-806.
5
LMAP_S: Lightweight Multigene Alignment and Phylogeny eStimation.LMAP_S：轻量级多基因对齐与系统发育估算。
BMC Bioinformatics. 2019 Dec 30;20(1):739. doi: 10.1186/s12859-019-3292-5.
6
A non-independent energy-based multiple sequence alignment improves prediction of transcription factor binding sites.基于能量的非独立多重序列比对可提高转录因子结合位点预测。
Bioinformatics. 2013 Nov 1;29(21):2699-704. doi: 10.1093/bioinformatics/btt463. Epub 2013 Aug 28.
7
Measuring the distance between multiple sequence alignments.测量多个序列比对之间的距离。
Bioinformatics. 2012 Feb 15;28(4):495-502. doi: 10.1093/bioinformatics/btr701. Epub 2011 Dec 23.
8
Sim4db and Leaff: utilities for fast batch spliced alignment and sequence indexing.Sim4db 和 Leaff：用于快速批量拼接比对和序列索引的实用程序。
Bioinformatics. 2011 Jul 1;27(13):1869-70. doi: 10.1093/bioinformatics/btr285. Epub 2011 May 6.
9
CIAlign: A highly customisable command line tool to clean, interpret and visualise multiple sequence alignments.CIAlign：一款高度可定制的命令行工具，用于清理、解读和可视化多序列比对。
PeerJ. 2022 Mar 15;10:e12983. doi: 10.7717/peerj.12983. eCollection 2022.
10
NX4: a web-based visualization of large multiple sequence alignments.NX4：一个基于网络的大型多重序列比对可视化工具。
Bioinformatics. 2019 Nov 1;35(22):4800-4802. doi: 10.1093/bioinformatics/btz457.

引用本文的文献

1
Seqrutinator: scrutiny of large protein superfamily sequence datasets for the identification and elimination of non-functional homologues.Seqrutinator：对大型蛋白质超家族序列数据集进行仔细检查，以识别和消除非功能同源物。
Genome Biol. 2024 Aug 26;25(1):230. doi: 10.1186/s13059-024-03371-y.
2
Structure modelling of odorant receptor from and identification of potential repellent molecules.来自[具体来源]的气味受体结构建模及潜在驱避分子的鉴定。
Comput Struct Biotechnol J. 2023 Mar 6;21:2204-2214. doi: 10.1016/j.csbj.2023.03.005. eCollection 2023.
3
Using the Evolutionary History of Proteins to Engineer Insertion-Deletion Mutants from Robust, Ancestral Templates Using Graphical Representation of Ancestral Sequence Predictions (GRASP).

本文引用的文献

1
OD-seq: outlier detection in multiple sequence alignments.OD-seq：多序列比对中的异常值检测。
BMC Bioinformatics. 2015 Aug 25;16:269. doi: 10.1186/s12859-015-0702-1.
2
Current Methods for Automated Filtering of Multiple Sequence Alignments Frequently Worsen Single-Gene Phylogenetic Inference.当前用于多序列比对自动过滤的方法常常会使单基因系统发育推断变差。
Syst Biol. 2015 Sep;64(5):778-91. doi: 10.1093/sysbio/syv033. Epub 2015 Jun 1.
3
Pfam: the protein families database.Pfam：蛋白质家族数据库。
利用蛋白质的进化历史，通过祖先序列预测的图形表示法（GRASP）从稳健的祖先模板构建插入-缺失突变体。
Methods Mol Biol. 2022;2397:85-110. doi: 10.1007/978-1-0716-1826-4_6.
4
Inhibiting Type VI Secretion System Activity with a Biomimetic Peptide Designed To Target the Baseplate Wedge Complex.用设计用于靶向基板楔形复合物的仿生肽抑制 VI 型分泌系统活性。
mBio. 2021 Aug 31;12(4):e0134821. doi: 10.1128/mBio.01348-21. Epub 2021 Aug 10.
5
LMAP_S: Lightweight Multigene Alignment and Phylogeny eStimation.LMAP_S：轻量级多基因对齐与系统发育估算。
BMC Bioinformatics. 2019 Dec 30;20(1):739. doi: 10.1186/s12859-019-3292-5.
Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D222-30. doi: 10.1093/nar/gkt1223. Epub 2013 Nov 27.
4
MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0.MEGA6：分子进化遗传学分析版本 6.0。
Mol Biol Evol. 2013 Dec;30(12):2725-9. doi: 10.1093/molbev/mst197. Epub 2013 Oct 16.
5
Measuring guide-tree dependency of inferred gaps in progressive aligners.测量渐进比对器中推断间隙的引导树依赖性。
Bioinformatics. 2013 Apr 15;29(8):1011-7. doi: 10.1093/bioinformatics/btt095. Epub 2013 Feb 23.
6
Using gaps and gap penalties to optimize pairwise sequence alignments.使用空位和空位罚分来优化成对序列比对。
CSH Protoc. 2008 Jun 1;2008:pdb.top40. doi: 10.1101/pdb.top40.
7
Multiple sequence alignment: a major challenge to large-scale phylogenetics.多序列比对：大规模系统发育学面临的一项重大挑战。
PLoS Curr. 2010 Nov 19;2:RRN1198. doi: 10.1371/currents.RRN1198.
8
Quantifying the impact of dependent evolution among sites in phylogenetic inference.量化系统发育推断中位点间相依进化的影响。
Syst Biol. 2011 Jan;60(1):60-73. doi: 10.1093/sysbio/syq074. Epub 2010 Nov 15.
9
An alignment confidence score capturing robustness to guide tree uncertainty.一种对齐置信度评分，可捕捉对引导树不确定性的稳健性。
Mol Biol Evol. 2010 Aug;27(8):1759-67. doi: 10.1093/molbev/msq066. Epub 2010 Mar 5.
10
trimAl: a tool for automated alignment trimming in large-scale phylogenetic analyses.trimal：一种用于大规模系统发育分析中自动对齐修剪的工具。
Bioinformatics. 2009 Aug 1;25(15):1972-3. doi: 10.1093/bioinformatics/btp348. Epub 2009 Jun 8.