Division of Clinical Pharmacology, Department of Medicine, Vanderbilt University Medical Center, Nashville, TN, USA.
Department of Biomedical Informatics, Vanderbilt University Medical Center, Nashville, TN, USA.
J Hum Genet. 2017 Oct;62(10):895-901. doi: 10.1038/jhg.2017.55. Epub 2017 May 25.
Circulating lipid concentrations are among the strongest modifiable risk factors for coronary artery disease (CAD). Most genetic studies have focused on Caucasian populations with little information available for populations of African ancestry. Using a cohort of ~2800 African-Americans (AAs) from a biobank at Vanderbilt University (BioVU), we sought to trans-ethnically replicate genetic variants reported by the Global Lipids Genetics Consortium to be associated with lipid traits in Caucasians, followed by fine-mapping those loci using all available variants on the MetaboChip. In AAs, we replicated one of 56 SNPs for total cholesterol (TC) (rs6511720 in LDLR, P=2.15 × 10), one of 63 SNPs for high-density lipoprotein cholesterol (HDL-C) (rs3764261 in CETP, P=1.13 × 10), two of 46 SNPs for low-density lipoprotein cholesterol (LDL-C) (rs629301 in CELSR2/SORT1, P=1.11 × 10 and rs6511720 in LDLR, P=2.47 × 10) and one of 34 SNPs for TG (rs645040 in MSL2L1, P=4.29 × 10). Using all available variants on MetaboChip for fine mapping, we identified additional variants associated with TC (APOE), HDL-C (LPL and CETP) and LDL-C (APOE). Furthermore, we identified two loci significantly associated with non-HDL-C: APOE/APOC1/TOMM40 and PCSK9. In conclusion, the genetic architecture of lipid traits in AAs differs substantially from that in Caucasians and it remains poorly characterized.
循环脂质浓度是冠心病（CAD）最强的可调节危险因素之一。大多数遗传研究都集中在白种人群体上，而对于非洲裔人群体的信息很少。我们利用范德比尔特大学生物库中的一个约 2800 名非裔美国人（AA）的队列（BioVU），试图在非裔美国人中跨种族复制全球脂质遗传学联合会报告的与白种人脂质特征相关的遗传变异，然后使用 MetaboChip 上所有可用的变异对这些基因座进行精细映射。在 AA 中，我们复制了 56 个与总胆固醇（TC）相关的 SNP 中的一个（LDLR 中的 rs6511720，P=2.15×10），63 个与高密度脂蛋白胆固醇（HDL-C）相关的 SNP 中的一个（CETP 中的 rs3764261，P=1.13×10），46 个与低密度脂蛋白胆固醇（LDL-C）相关的 SNP 中的两个（CELSR2/SORT1 中的 rs629301，P=1.11×10 和 LDLR 中的 rs6511720，P=2.47×10）和 34 个与 TG 相关的 SNP 中的一个（MSL2L1 中的 rs645040，P=4.29×10）。使用 MetaboChip 上所有可用的变异进行精细映射，我们确定了与 TC（APOE）、HDL-C（LPL 和 CETP）和 LDL-C（APOE）相关的其他变异。此外，我们确定了两个与非 HDL-C 显著相关的基因座：APOE/APOC1/TOMM40 和 PCSK9。总之，AA 中脂质特征的遗传结构与白种人有很大的不同，而且其特征仍未得到很好的描述。
