• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

FANTOM5 数据集,一个支撑不同细胞类型的哺乳动物转录组图谱的数据集系列。

The FANTOM5 collection, a data series underpinning mammalian transcriptome atlases in diverse cell types.

机构信息

RIKEN Preventive Medicine and Diagnosis Innovation Program, Wako, Saitama 351-0198, Japan.

RIKEN Advanced Center for Computing and Communication, Preventive Medicine and Applied Genomics Unit, Yokohama, Kanagawa 230-0045, Japan.

出版信息

Sci Data. 2017 Aug 29;4:170113. doi: 10.1038/sdata.2017.113.

DOI:10.1038/sdata.2017.113
PMID:28850107
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC5574373/
Abstract

The latest project from the FANTOM consortium, an international collaborative effort initiated by RIKEN, generated atlases of transcriptomes, in particular promoters, transcribed enhancers, and long-noncoding RNAs, across a diverse set of mammalian cell types. Here, we introduce the FANTOM5 collection, bringing together data descriptors, articles and analyses of FANTOM5 data published across the Nature Research journals. Associated data are openly available for reuse by all.

摘要

FANTOM 联盟的最新项目是由日本理化学研究所发起的一项国际合作,生成了跨多种哺乳动物细胞类型的转录组图谱,特别是启动子、转录增强子和长非编码 RNA。在这里,我们介绍 FANTOM5 数据集,它汇集了发表在《自然》研究期刊上的 FANTOM5 数据的描述符、文章和分析。相关数据可公开获取,供所有人重复使用。

相似文献

1
The FANTOM5 collection, a data series underpinning mammalian transcriptome atlases in diverse cell types.FANTOM5 数据集,一个支撑不同细胞类型的哺乳动物转录组图谱的数据集系列。
Sci Data. 2017 Aug 29;4:170113. doi: 10.1038/sdata.2017.113.
2
FANTOM enters 20th year: expansion of transcriptomic atlases and functional annotation of non-coding RNAs.FANTOM 进入第 20 个年头:转录组图谱的扩展和非编码 RNA 的功能注释。
Nucleic Acids Res. 2021 Jan 8;49(D1):D892-D898. doi: 10.1093/nar/gkaa1054.
3
Update of the FANTOM web resource: expansion to provide additional transcriptome atlases.FANTOM 网站资源更新:扩展提供更多转录组图谱。
Nucleic Acids Res. 2019 Jan 8;47(D1):D752-D758. doi: 10.1093/nar/gky1099.
4
The FANTOM5 Computation Ecosystem: Genomic Information Hub for Promoters and Active Enhancers.FANTOM5计算生态系统:启动子和活性增强子的基因组信息中心。
Methods Mol Biol. 2017;1611:199-217. doi: 10.1007/978-1-4939-7015-5_15.
5
Gateways to the FANTOM5 promoter level mammalian expression atlas.通向FANTOM5启动子水平哺乳动物表达图谱的途径。
Genome Biol. 2015 Jan 5;16(1):22. doi: 10.1186/s13059-014-0560-6.
6
FANTOM5 transcriptome catalog of cellular states based on Semantic MediaWiki.基于语义媒体维基的FANTOM5细胞状态转录组目录。
Database (Oxford). 2016 Jul 9;2016. doi: 10.1093/database/baw105. Print 2016.
7
Expression Specificity of Disease-Associated lncRNAs: Toward Personalized Medicine.疾病相关长链非编码RNA的表达特异性:迈向个性化医疗
Curr Top Microbiol Immunol. 2016;394:237-58. doi: 10.1007/82_2015_464.
8
Identification of the macrophage-specific promoter signature in FANTOM5 mouse embryo developmental time course data.鉴定 FANTOM5 小鼠胚胎发育时间过程数据中巨噬细胞特异性启动子特征。
J Leukoc Biol. 2017 Oct;102(4):1081-1092. doi: 10.1189/jlb.1A0417-150RR. Epub 2017 Jul 27.
9
Paradigm shifts in genomics through the FANTOM projects.通过FANTOM项目实现的基因组学范式转变。
Mamm Genome. 2015 Oct;26(9-10):391-402. doi: 10.1007/s00335-015-9593-8. Epub 2015 Aug 8.
10
Update of the FANTOM web resource: high resolution transcriptome of diverse cell types in mammals.FANTOM网络资源更新:哺乳动物多种细胞类型的高分辨率转录组
Nucleic Acids Res. 2017 Jan 4;45(D1):D737-D743. doi: 10.1093/nar/gkw995. Epub 2016 Oct 27.

引用本文的文献

1
NAP-seq for full-length noncapped RNA sequencing.用于全长无帽RNA测序的NAP-seq
Nat Protoc. 2025 Sep 17. doi: 10.1038/s41596-025-01261-6.
2
Empowering bioinformatics communities with Nextflow and nf-core.借助Nextflow和nf-core助力生物信息学社区。
Genome Biol. 2025 Jul 29;26(1):228. doi: 10.1186/s13059-025-03673-9.
3
Etiological basis for chronic pain genetic variation in brain and dorsal root ganglia cell types.大脑和背根神经节细胞类型中慢性疼痛遗传变异的病因学基础。
medRxiv. 2025 Jul 5:2025.07.03.25330832. doi: 10.1101/2025.07.03.25330832.
4
A macrophage gene-regulatory network linked to clinical severity of coronary artery disease : The STARNET and NGS-PREDICT primary blood macrophage studies.与冠状动脉疾病临床严重程度相关的巨噬细胞基因调控网络:STARNET和NGS-PREDICT原发性血液巨噬细胞研究
Basic Res Cardiol. 2025 Jul 1. doi: 10.1007/s00395-025-01105-0.
5
Latent space arithmetic on data embeddings from healthy multi-tissue human RNA-seq decodes disease modules.来自健康多组织人类RNA测序数据嵌入的潜在空间算法可解码疾病模块。
Patterns (N Y). 2024 Oct 31;5(11):101093. doi: 10.1016/j.patter.2024.101093. eCollection 2024 Nov 8.
6
Disrupting the RNA polymerase II transcription cycle through CDK7 inhibition ameliorates inflammatory arthritis.通过抑制 CDK7 来打断 RNA 聚合酶 II 转录周期可改善炎症性关节炎。
Sci Transl Med. 2024 Nov 20;16(774):eadq5091. doi: 10.1126/scitranslmed.adq5091.
7
Mechanisms of epigenomic and functional convergence between glucocorticoid- and IL4-driven macrophage programming.糖皮质激素和 IL4 驱动的巨噬细胞编程中表观基因组和功能趋同的机制。
Nat Commun. 2024 Oct 18;15(1):9000. doi: 10.1038/s41467-024-52942-x.
8
Perspectives in the investigation of Cockayne syndrome group B neurological disease: the utility of patient-derived brain organoid models.探讨 Cockayne 综合征 B 型神经疾病的新视角:患者来源的脑类器官模型的应用。
J Zhejiang Univ Sci B. 2024 Oct 2;25(10):878-889. doi: 10.1631/jzus.B2300712.
9
Decoding bioactive signals of the RNA secretome: the cell-free messenger RNA catalogue.解码 RNA 分泌组的生物活性信号:无细胞信使 RNA 目录。
Expert Rev Mol Med. 2024 Apr 29;26:e12. doi: 10.1017/erm.2024.12.
10
Mechanisms of Epigenomic and Functional Convergence Between Glucocorticoid- and IL4-Driven Macrophage Programming.糖皮质激素和白细胞介素4驱动的巨噬细胞编程之间的表观基因组和功能趋同机制
bioRxiv. 2024 Feb 18:2024.02.16.580560. doi: 10.1101/2024.02.16.580560.

本文引用的文献

1
An integrated expression atlas of miRNAs and their promoters in human and mouse.人类和小鼠中miRNA及其启动子的综合表达图谱。
Nat Biotechnol. 2017 Sep;35(9):872-878. doi: 10.1038/nbt.3947. Epub 2017 Aug 21.
2
An atlas of human long non-coding RNAs with accurate 5' ends.具有精确5'端的人类长链非编码RNA图谱。
Nature. 2017 Mar 9;543(7644):199-204. doi: 10.1038/nature21374. Epub 2017 Mar 1.
3
Single-molecule decoding of combinatorially modified nucleosomes.组合修饰核小体的单分子解码
Science. 2016 May 6;352(6286):717-21. doi: 10.1126/science.aad7701.
4
Gateways to the FANTOM5 promoter level mammalian expression atlas.通向FANTOM5启动子水平哺乳动物表达图谱的途径。
Genome Biol. 2015 Jan 5;16(1):22. doi: 10.1186/s13059-014-0560-6.
5
Transcribed enhancers lead waves of coordinated transcription in transitioning mammalian cells.转录增强子在哺乳动物细胞的转变过程中引发协调转录的波。
Science. 2015 Feb 27;347(6225):1010-4. doi: 10.1126/science.1259418. Epub 2015 Feb 12.
6
Comparison of CAGE and RNA-seq transcriptome profiling using clonally amplified and single-molecule next-generation sequencing.使用克隆扩增和单分子下一代测序对CAGE和RNA测序转录组分析进行比较。
Genome Res. 2014 Apr;24(4):708-17. doi: 10.1101/gr.156232.113. Epub 2014 Mar 27.
7
A promoter-level mammalian expression atlas.一个启动子水平的哺乳动物表达图谱。
Nature. 2014 Mar 27;507(7493):462-70. doi: 10.1038/nature13182.
8
An atlas of active enhancers across human cell types and tissues.人类细胞类型和组织中活跃增强子图谱。
Nature. 2014 Mar 27;507(7493):455-461. doi: 10.1038/nature12787.
9
Linking promoters to functional transcripts in small samples with nanoCAGE and CAGEscan.利用 nanoCAGE 和 CAGEscan 在小样本中连接启动子和功能转录本。
Nat Methods. 2010 Jul;7(7):528-34. doi: 10.1038/nmeth.1470. Epub 2010 Jun 13.
10
An atlas of combinatorial transcriptional regulation in mouse and man.《小鼠和人类组合转录调控图谱》
Cell. 2010 Mar 5;140(5):744-52. doi: 10.1016/j.cell.2010.01.044.