使用 3D FISH 分析人类癌细胞系中基因结构域特异性染色质重塑。

3D FISH to analyse gene domain-specific chromatin re-modeling in human cancer cell lines.

机构信息

Laboratoire de Biologie Moléculaire Eucaryote (LBME), Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université de Toulouse, CNRS, Toulouse, France; Institut des Technologies Avancées du Vivant (ITAV), Université de Toulouse, CNRS, UPS, INSA, France.

Laboratoire de Biologie Moléculaire Eucaryote (LBME), Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université de Toulouse, CNRS, Toulouse, France.

出版信息

Methods. 2018 Jun 1;142:3-15. doi: 10.1016/j.ymeth.2018.02.013. Epub 2018 Mar 1.

DOI:10.1016/j.ymeth.2018.02.013

PMID:29501423

Abstract

Fluorescence in situ hybridization (FISH) is a common technique used to label DNA and/or RNA for detection of a genomic region of interest. However, the technique can be challenging, in particular when applied to single genes in human cancer cells. Here, we provide a step-by-step protocol for analysis of short (35 kb-300 kb) genomic regions in three dimensions (3D). We discuss the experimental design and provide practical considerations for 3D imaging and data analysis to determine chromatin folding. We demonstrate that 3D FISH using BACs (Bacterial Artificial Chromosomes) or fosmids can provide detailed information of the architecture of gene domains. More specifically, we show that mapping of specific chromatin landscapes informs on changes associated with estrogen stimulated gene activity in human breast cancer cell lines.

摘要

荧光原位杂交（FISH）是一种常用的技术，用于标记 DNA 和/或 RNA 以检测感兴趣的基因组区域。然而，该技术具有一定的挑战性，特别是在应用于人类癌细胞中的单个基因时。在这里，我们提供了一个用于分析三维（3D）中短（35kb-300kb）基因组区域的分步协议。我们讨论了实验设计，并提供了 3D 成像和数据分析的实用注意事项，以确定染色质折叠。我们证明，使用 BAC（细菌人工染色体）或 fosmid 的 3D FISH 可以提供基因结构域结构的详细信息。更具体地说，我们表明，特定染色质景观的映射提供了与人类乳腺癌细胞系中雌激素刺激基因活性相关的变化的信息。