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利用高通量测序技术描绘感染过程中抗体库的发展:以 HIV-1 为例。

Using High-Throughput Sequencing to Characterize the Development of the Antibody Repertoire During Infections: A Case Study of HIV-1.

机构信息

Department of Biological Sciences, Simon Fraser University, Burnaby, BC, Canada.

Department of Biochemistry and Molecular Genetics, University of Louisville School of Medicine, Louisville, KY, USA.

出版信息

Adv Exp Med Biol. 2017;1053:245-263. doi: 10.1007/978-3-319-72077-7_12.

DOI:10.1007/978-3-319-72077-7_12
PMID:29549643
Abstract

High throughput sequencing (HTS) approaches have only recently been applied to describing the antibody/B-cell repertoire in fine detail, but these data sets have already become critical to the design of vaccines and therapeutics, and monitoring of cancer immunotherapy. As a case study, we describe the potential and present limitations of HTS studies of the Ab repertoire during infection with HIV-1. Most of the present studies restrict their analyses to lineages of specific bnAbs. We discuss future initiatives to expand this type of analysis to more complete repertoires and to improve comparing and sharing of these Ab repertoire data across studies and institutions.

摘要

高通量测序(HTS)方法最近才被应用于详细描述抗体/B 细胞受体库,但这些数据集对于疫苗和治疗药物的设计以及癌症免疫疗法的监测已经变得至关重要。作为一个案例研究,我们描述了在 HIV-1 感染期间使用 HTS 研究 Ab 受体库的潜力和当前的局限性。目前大多数研究将其分析仅限于特定 bnAb 的谱系。我们讨论了未来的举措,旨在将这种分析扩展到更完整的受体库,并改善不同研究和机构之间这些 Ab 受体库数据的比较和共享。

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