• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

CABS-dock 独立版：用于灵活蛋白质-肽对接的工具箱。

CABS-dock standalone: a toolbox for flexible protein-peptide docking.

机构信息

Biological and Chemical Research Centre, Faculty of Chemistry, University of Warsaw, Warsaw, Poland.

Faculty of Physics, University of Warsaw, Warsaw, Poland.

出版信息

Bioinformatics. 2019 Oct 15;35(20):4170-4172. doi: 10.1093/bioinformatics/btz185.

DOI:10.1093/bioinformatics/btz185
PMID:30865258
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC6792116/
Abstract

SUMMARY

CABS-dock standalone is a multiplatform Python package for protein-peptide docking with backbone flexibility. The main feature of the CABS-dock method is its ability to simulate significant backbone flexibility of the entire protein-peptide system in a reasonable computational time. In the default mode, the package runs a simulation of fully flexible peptide searching for a binding site on the surface of a flexible protein receptor. The flexibility level of the molecules may be defined by the user. Furthermore, the CABS-dock standalone application provides users with full control over the docking simulation from the initial setup to the analysis of results. The standalone version is an upgrade of the original web server implementation-it introduces a number of customizable options, provides support for large-sized systems and offers a framework for deeper analysis of docking results.

AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION

CABS-dock standalone is distributed under the MIT licence, which is free for academic and non-profit users. It is implemented in Python and Fortran. The CABS-dock standalone source code, wiki with documentation and examples of use and installation instructions for Linux, macOS and Windows are available in the CABS-dock standalone repository at https://bitbucket.org/lcbio/cabsdock.

摘要

摘要

CABS-dock standalone 是一个用于蛋白质-肽对接的跨平台 Python 包，具有 backbone flexibility。CABS-dock 方法的主要特点是能够在合理的计算时间内模拟整个蛋白质-肽系统的显著 backbone flexibility。在默认模式下，该软件包运行一个完整柔性肽的模拟搜索柔性蛋白受体表面上的结合位点。分子的柔性水平可以由用户定义。此外，CABS-dock standalone 应用程序为用户提供了对 docking 模拟从初始设置到结果分析的完全控制。独立版本是原始网络服务器实现的升级——它引入了许多可定制的选项，为大型系统提供支持，并为对接结果的深入分析提供了一个框架。

可用性和实现

CABS-dock standalone 在 MIT 许可证下发布，学术和非营利用户均可免费使用。它是用 Python 和 Fortran 实现的。CABS-dock standalone 的源代码、带有文档和使用示例的 wiki 以及适用于 Linux、macOS 和 Windows 的安装说明可在 CABS-dock standalone 存储库中获得，网址为 https://bitbucket.org/lcbio/cabsdock。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/fa8e/6792116/5de0b9766654/btz185f1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/fa8e/6792116/5de0b9766654/btz185f1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/fa8e/6792116/5de0b9766654/btz185f1.jpg

相似文献

1
CABS-dock standalone: a toolbox for flexible protein-peptide docking.CABS-dock 独立版：用于灵活蛋白质-肽对接的工具箱。
Bioinformatics. 2019 Oct 15;35(20):4170-4172. doi: 10.1093/bioinformatics/btz185.
2
Aggrescan3D standalone package for structure-based prediction of protein aggregation properties.Aggrescan3D 独立套件，用于基于结构的蛋白质聚集性质预测。
Bioinformatics. 2019 Oct 1;35(19):3834-3835. doi: 10.1093/bioinformatics/btz143.
3
CABS-flex standalone: a simulation environment for fast modeling of protein flexibility.CABS-flex 独立版：用于快速建模蛋白质柔性的模拟环境。
Bioinformatics. 2019 Feb 15;35(4):694-695. doi: 10.1093/bioinformatics/bty685.
4
Modeling of protein-peptide interactions using the CABS-dock web server for binding site search and flexible docking.使用CABS-dock网络服务器进行结合位点搜索和柔性对接对蛋白质-肽相互作用进行建模。
Methods. 2016 Jan 15;93:72-83. doi: 10.1016/j.ymeth.2015.07.004. Epub 2015 Jul 10.
5
Flexible docking of peptides to proteins using CABS-dock.使用 CABS-dock 对蛋白质进行灵活的肽对接。
Protein Sci. 2020 Jan;29(1):211-222. doi: 10.1002/pro.3771. Epub 2019 Nov 11.
6
Highly Flexible Protein-Peptide Docking Using CABS-Dock.使用CABS-Dock进行高度灵活的蛋白质-肽对接
Methods Mol Biol. 2017;1561:69-94. doi: 10.1007/978-1-4939-6798-8_6.
7
CABS-dock web server for the flexible docking of peptides to proteins without prior knowledge of the binding site.CABS-dock网络服务器，用于在无需事先了解结合位点的情况下将肽与蛋白质进行柔性对接。
Nucleic Acids Res. 2015 Jul 1;43(W1):W419-24. doi: 10.1093/nar/gkv456. Epub 2015 May 5.
8
Protein-peptide docking using CABS-dock and contact information.使用 CABS-dock 和接触信息进行蛋白质-肽对接。
Brief Bioinform. 2019 Nov 27;20(6):2299-2305. doi: 10.1093/bib/bby080.
9
A protocol for CABS-dock protein-peptide docking driven by side-chain contact information.一种由侧链接触信息驱动的CABS-dock蛋白质-肽对接协议。
Biomed Eng Online. 2017 Aug 18;16(Suppl 1):73. doi: 10.1186/s12938-017-0363-6.
10
Docking of peptides to GPCRs using a combination of CABS-dock with FlexPepDock refinement.使用 CABS-dock 与 FlexPepDock 精修相结合对 GPCR 进行肽对接。
Brief Bioinform. 2021 May 20;22(3). doi: 10.1093/bib/bbaa109.

引用本文的文献

1
Flexible Docking of Cyclic Peptides to Proteins Using CABS-dock.使用CABS-dock实现环肽与蛋白质的柔性对接。
J Chem Theory Comput. 2025 Sep 9;21(17):8249-8254. doi: 10.1021/acs.jctc.5c00995. Epub 2025 Aug 24.
2
The HER2 target for designing novel multi-peptide vaccine against breast cancer using immunoinformatics and molecular dynamic simulation.利用免疫信息学和分子动力学模拟设计新型抗乳腺癌多肽疫苗的HER2靶点。
Biochem Biophys Rep. 2025 Jul 4;43:102135. doi: 10.1016/j.bbrep.2025.102135. eCollection 2025 Sep.
3
Development of a multi-neoepitope vaccine targeting non-small cell lung cancer through reverse vaccinology and bioinformatics approaches.

本文引用的文献

1
Protein-peptide docking using CABS-dock and contact information.使用 CABS-dock 和接触信息进行蛋白质-肽对接。
Brief Bioinform. 2019 Nov 27;20(6):2299-2305. doi: 10.1093/bib/bby080.
2
CABS-flex standalone: a simulation environment for fast modeling of protein flexibility.CABS-flex 独立版：用于快速建模蛋白质柔性的模拟环境。
Bioinformatics. 2019 Feb 15;35(4):694-695. doi: 10.1093/bioinformatics/bty685.
3
Protein-peptide docking: opportunities and challenges.蛋白质-肽对接：机遇与挑战。
通过反向疫苗学和生物信息学方法开发一种针对非小细胞肺癌的多新抗原疫苗。
Front Immunol. 2025 May 16;16:1521700. doi: 10.3389/fimmu.2025.1521700. eCollection 2025.
4
Mechanistic insights into Alpha-Synuclein binding to P2RX7: A molecular dynamic and docking study.α-突触核蛋白与P2RX7结合的机制洞察：一项分子动力学和对接研究。
PLoS One. 2025 May 2;20(5):e0319098. doi: 10.1371/journal.pone.0319098. eCollection 2025.
5
Molecular Modelling in Bioactive Peptide Discovery and Characterisation.生物活性肽发现与表征中的分子建模
Biomolecules. 2025 Apr 3;15(4):524. doi: 10.3390/biom15040524.
6
Repression of apelin Furin cleavage sites provides antimetastatic strategy in colorectal cancer.抑制apelin弗林蛋白酶切割位点为结直肠癌提供了抗转移策略。
EMBO Mol Med. 2025 Mar;17(3):504-534. doi: 10.1038/s44321-025-00196-5. Epub 2025 Feb 17.
7
Evaluation of predictions of disordered binding regions in the CAID2 experiment.CAID2实验中无序结合区域预测的评估。
Comput Struct Biotechnol J. 2024 Dec 17;27:78-88. doi: 10.1016/j.csbj.2024.12.009. eCollection 2025.
8
The identification of a SARs-CoV2 S2 protein derived peptide with super-antigen-like stimulatory properties on T-cells.鉴定一种对T细胞具有超抗原样刺激特性的严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）S2蛋白衍生肽。
Commun Biol. 2025 Jan 6;8(1):14. doi: 10.1038/s42003-024-07350-8.
9
AbAMPdb: a database of Acinetobacter baumannii specific antimicrobial peptides.AbAMPdb：鲍曼不动杆菌特定抗菌肽数据库。
Database (Oxford). 2024 Oct 12;2024. doi: 10.1093/database/baae096.
10
Dissecting the neuroprotective interaction between the BH4 domain of BCL-w and the IP3 receptor.解析 BCL-w 的 BH4 结构域与 IP3 受体之间的神经保护相互作用。
Cell Chem Biol. 2024 Oct 17;31(10):1815-1826.e5. doi: 10.1016/j.chembiol.2024.06.016. Epub 2024 Jul 26.
Drug Discov Today. 2018 Aug;23(8):1530-1537. doi: 10.1016/j.drudis.2018.05.006. Epub 2018 May 4.
4
Modeling EphB4-EphrinB2 protein-protein interaction using flexible docking of a short linear motif.利用短线性基序的柔性对接对EphB4-EphrinB2蛋白-蛋白相互作用进行建模。
Biomed Eng Online. 2017 Aug 18;16(Suppl 1):71. doi: 10.1186/s12938-017-0362-7.
5
Information-Driven, Ensemble Flexible Peptide Docking Using HADDOCK.使用HADDOCK进行信息驱动的、灵活的肽对接集成方法。
Methods Mol Biol. 2017;1561:109-138. doi: 10.1007/978-1-4939-6798-8_8.
6
Highly Flexible Protein-Peptide Docking Using CABS-Dock.使用CABS-Dock进行高度灵活的蛋白质-肽对接
Methods Mol Biol. 2017;1561:69-94. doi: 10.1007/978-1-4939-6798-8_6.
7
Protein-peptide molecular docking with large-scale conformational changes: the p53-MDM2 interaction.具有大规模构象变化的蛋白质-肽分子对接：p53-MDM2 相互作用。
Sci Rep. 2016 Dec 1;6:37532. doi: 10.1038/srep37532.
8
Lessons from (co-)evolution in the docking of proteins and peptides for CAPRI Rounds 28-35.蛋白质与肽对接中（共同）进化给CAPRI第28 - 35轮带来的启示。
Proteins. 2017 Mar;85(3):378-390. doi: 10.1002/prot.25180. Epub 2016 Oct 24.
9
Coarse-Grained Protein Models and Their Applications.粗粒度蛋白质模型及其应用。
Chem Rev. 2016 Jul 27;116(14):7898-936. doi: 10.1021/acs.chemrev.6b00163. Epub 2016 Jun 22.
10
Modeling of protein-peptide interactions using the CABS-dock web server for binding site search and flexible docking.使用CABS-dock网络服务器进行结合位点搜索和柔性对接对蛋白质-肽相互作用进行建模。
Methods. 2016 Jan 15;93:72-83. doi: 10.1016/j.ymeth.2015.07.004. Epub 2015 Jul 10.