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基于单分子 FRET 技术研究金属化诱导的 DNA 不均匀动力学。

Metallation-Induced Heterogeneous Dynamics of DNA Revealed by Single-Molecule FRET.

机构信息

School of Chemistry, University of Glasgow, University Avenue, Glasgow, G12 8QQ, UK.

Department of Chemistry, University of Warwick, Gibbet Hill, Coventry, CV4 7AL, UK.

出版信息

Chemistry. 2020 Apr 16;26(22):4980-4987. doi: 10.1002/chem.202000458. Epub 2020 Mar 9.

DOI:10.1002/chem.202000458
PMID:31999015
Abstract

The metallation of nucleic acids is key to wide-ranging applications, from anticancer medicine to nanomaterials, yet there is a lack of understanding of the molecular-level effects of metallation. Here, we apply single-molecule fluorescence methods to study the reaction of an organo-osmium anticancer complex and DNA. Individual metallated DNA hairpins are characterised using Förster resonance energy transfer (FRET). Although ensemble measurements suggest a simple two-state system, single-molecule experiments reveal an underlying heterogeneity in the oligonucleotide dynamics, attributable to different degrees of metallation of the GC-rich hairpin stem. Metallated hairpins display fast two-state transitions with a two-fold increase in the opening rate to ≈2 s , relative to the unmodified hairpin, and relatively static conformations with long-lived open (and closed) states of 5 to ≥50 s. These studies show that a single-molecule approach can provide new insight into metallation-induced changes in DNA structure and dynamics.

摘要

金属化核酸在从抗癌药物到纳米材料的广泛应用中是关键,但对金属化的分子水平影响缺乏了解。在这里,我们应用单分子荧光方法来研究有机锇抗癌配合物与 DNA 的反应。使用Förster 共振能量转移(FRET)来表征单个金属化 DNA 发夹。尽管整体测量表明是一个简单的两态系统,但单分子实验揭示了寡核苷酸动力学中的潜在异质性,这归因于富含 GC 的发夹茎部的不同程度的金属化。金属化发夹显示快速的两态转变,与未修饰的发夹相比,打开率增加了两倍,达到 ≈2 s,并且具有相对静态的构象,其开放(和关闭)状态的寿命为 5 到 ≥50 s。这些研究表明,单分子方法可以为金属化引起的 DNA 结构和动力学变化提供新的见解。

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