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2021 年 7 月至 8 月，波兰出现了一种带有 872 个核苷酸缺失的 SARS-CoV-2 Delta 变体，该缺失覆盖了 、 和 。

Expansion of a SARS-CoV-2 Delta variant with an 872 nt deletion encompassing , and , Poland, July to August 2021.

机构信息

Virogenetics Laboratory of Virology, Malopolska Centre of Biotechnology, Jagiellonian University, Krakow, Poland.

Laboratory of Recombinant Vaccines, Intercollegiate Faculty of Biotechnology of University of Gdansk and Medical University of Gdansk, Gdansk, Poland.

出版信息

Euro Surveill. 2021 Sep;26(39). doi: 10.2807/1560-7917.ES.2021.26.39.2100902.

DOI:10.2807/1560-7917.ES.2021.26.39.2100902
PMID:34596017
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8485581/
Abstract

Routine genomic surveillance on samples from COVID-19 patients collected in Poland during summer 2021 revealed the emergence of a SARS-CoV-2 Delta variant with a large 872 nt deletion. This change, confirmed by Sanger and deep sequencing, causes complete loss of , , and genes. The index case carrying the deletion is unknown. The standard pipeline for sequencing may mask this deletion with a long stretch of N's. Effects of this deletion on phenotype or immune evasion needs further study.

摘要

2021 年夏季在波兰采集的 COVID-19 患者样本的常规基因组监测显示，出现了一种带有 872 个核苷酸缺失的 SARS-CoV-2 Delta 变异株。这一变化通过 Sanger 测序和深度测序得到了证实，导致 、 和 基因完全缺失。携带缺失的首例病例尚不清楚。测序的标准流程可能会用一长串 N 掩盖这种缺失。这种缺失对表型或免疫逃逸的影响需要进一步研究。

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