• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

《指数族嵌入及其在单细胞RNA测序数据细胞发育轨迹中的应用》讨论

Discussion of "Exponential-family Embedding with Application to Cell Developmental Trajectories for Single-cell RNA-seq Data".

作者信息

Ji Zhicheng, Ji Hongkai

机构信息

Department of Biostatistics and Bioinformatics, Duke University School of Medicine, Durham, North Carolina 27710, United States.

Department of Biostatistics, Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health, Baltimore, Maryland 21205, United States.

出版信息

J Am Stat Assoc. 2021;116(534):471-474. doi: 10.1080/01621459.2021.1880920. Epub 2021 Jun 8.

DOI:10.1080/01621459.2021.1880920
PMID:34744216
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8570643/
Abstract

Exponential-family singular value decomposition (eSVD) is a new approach for embedding multivariate data into a lower-dimensional space. It provides an elegant dimension reduction framework with flexibility to handle one-parameter exponential family distributions and proven consistency. This approach adds a valuable new tool to the toolbox of data analysts. Here we discuss a number of open problems and challenges that remain to be addressed in the future in order to unleash the full potential of eSVD and other similar approaches.

摘要

指数族奇异值分解(eSVD)是一种将多变量数据嵌入低维空间的新方法。它提供了一个优雅的降维框架,能够灵活处理单参数指数族分布且具有已证明的一致性。这种方法为数据分析人员的工具库增添了一个有价值的新工具。在此,我们讨论了一些未来仍有待解决的开放问题和挑战,以便充分发挥eSVD及其他类似方法的全部潜力。

相似文献

1
Discussion of "Exponential-family Embedding with Application to Cell Developmental Trajectories for Single-cell RNA-seq Data".《指数族嵌入及其在单细胞RNA测序数据细胞发育轨迹中的应用》讨论
J Am Stat Assoc. 2021;116(534):471-474. doi: 10.1080/01621459.2021.1880920. Epub 2021 Jun 8.
2
Exponential-Family Embedding With Application to Cell Developmental Trajectories for Single-Cell RNA-Seq Data.用于单细胞RNA测序数据细胞发育轨迹的指数族嵌入
J Am Stat Assoc. 2021;116(534):457-470. doi: 10.1080/01621459.2021.1886106. Epub 2021 Feb 8.
3
eSVD-DE: Cohort-wide differential expression in single-cell RNA-seq data using exponential-family embeddings.eSVD-DE:使用指数族嵌入的单细胞RNA测序数据中的全队列差异表达
bioRxiv. 2024 Mar 1:2023.11.22.568369. doi: 10.1101/2023.11.22.568369.
4
Visualization of Single Cell RNA-Seq Data Using t-SNE in R.使用 R 中的 t-SNE 可视化单细胞 RNA-Seq 数据。
Methods Mol Biol. 2020;2117:159-167. doi: 10.1007/978-1-0716-0301-7_8.
5
Exploring dimension-reduced embeddings with Sleepwalk.使用 Sleepwalk 探索降维嵌入。
Genome Res. 2020 May;30(5):749-756. doi: 10.1101/gr.251447.119. Epub 2020 May 19.
6
Embedding Dimension Selection for Adaptive Singular Spectrum Analysis of EEG Signal.脑电信号自适应奇异谱分析的嵌入维数选择。
Sensors (Basel). 2018 Feb 26;18(3):697. doi: 10.3390/s18030697.
7
Network embedding-based representation learning for single cell RNA-seq data.基于网络嵌入的单细胞RNA测序数据表示学习
Nucleic Acids Res. 2017 Nov 2;45(19):e166. doi: 10.1093/nar/gkx750.
8
ScCAEs: deep clustering of single-cell RNA-seq via convolutional autoencoder embedding and soft K-means.ScCAEs:基于卷积自动编码器嵌入和软 K-means 的单细胞 RNA-seq 深度聚类。
Brief Bioinform. 2022 Jan 17;23(1). doi: 10.1093/bib/bbab321.
9
A General Exponential Framework for Dimensionality Reduction.一种通用的降维指数框架。
IEEE Trans Image Process. 2014 Feb;23(2):920-30. doi: 10.1109/TIP.2013.2297020.
10
Sparse Exponential Family Principal Component Analysis.稀疏指数族主成分分析
Pattern Recognit. 2016 Dec;60:681-691. doi: 10.1016/j.patcog.2016.05.024. Epub 2016 May 21.

本文引用的文献

1
Exponential-Family Embedding With Application to Cell Developmental Trajectories for Single-Cell RNA-Seq Data.用于单细胞RNA测序数据细胞发育轨迹的指数族嵌入
J Am Stat Assoc. 2021;116(534):457-470. doi: 10.1080/01621459.2021.1886106. Epub 2021 Feb 8.
2
Multi-Omics Resolves a Sharp Disease-State Shift between Mild and Moderate COVID-19.多组学解析轻度和中度 COVID-19 之间明显的疾病状态转变。
Cell. 2020 Dec 10;183(6):1479-1495.e20. doi: 10.1016/j.cell.2020.10.037. Epub 2020 Oct 28.
3
Comprehensive Integration of Single-Cell Data.单细胞数据的综合整合。
Cell. 2019 Jun 13;177(7):1888-1902.e21. doi: 10.1016/j.cell.2019.05.031. Epub 2019 Jun 6.
4
A Single-Cell Atlas of In Vivo Mammalian Chromatin Accessibility.体内哺乳动物染色质可及性的单细胞图谱
Cell. 2018 Aug 23;174(5):1309-1324.e18. doi: 10.1016/j.cell.2018.06.052. Epub 2018 Aug 2.
5
The Human Cell Atlas.人类细胞图谱
Elife. 2017 Dec 5;6:e27041. doi: 10.7554/eLife.27041.
6
Massively parallel digital transcriptional profiling of single cells.大规模平行数字化单细胞转录组分析。
Nat Commun. 2017 Jan 16;8:14049. doi: 10.1038/ncomms14049.