Omicron 亚谱系（BA.1.1.529 + BA.*）在厄瓜多尔的现状。
Omicron Sub-Lineages (BA.1.1.529 + BA.*) Current Status in Ecuador.
机构信息
Instituto Nacional de Investigación en Salud Pública "Leopoldo Izquieta Pérez", Centro de Referencia Nacional de Genómica, Secuenciación y Bioinformática, Quito 170136, Ecuador.
Instituto Nacional de Investigación en Salud Pública "Leopoldo Izquieta Pérez", Coordinación Zonal 9, Quito 170136, Ecuador.
出版信息
Viruses. 2022 May 28;14(6):1177. doi: 10.3390/v14061177.
The Omicron variant of SARS-CoV-2 is the latest pandemic lineage causing COVID-19. Despite having a vaccination rate ≥85%, Ecuador recorded a high incidence of Omicron from December 2021 to March 2022. Since Omicron emerged, it has evolved into multiple sub-lineages with distinct prevalence in different regions. In this work, we use all Omicron sequences from Ecuador available at GISAID until March 2022 and the software Nextclade and Pangolin to identify which lineages circulate in this country. We detected 12 different sub-lineages (BA.1, BA.1.1, BA.1.1.1, BA.1.1.14, BA.1.1.2, BA.1.14, BA.1.15, BA.1.16, BA.1.17, BA.1.6, BA.2, BA.2.3), which have been reported in Africa, America, Europe, and Asia, suggesting multiple introduction events. Sub-lineages BA.1 and BA.1.1 were the most prevalent. Genomic surveillance must continue to evaluate the dynamics of current sub-lineages, the early introduction of new ones and vaccine efficacy against evolving SARS-CoV-2.
新冠病毒奥密克戎变异株是引发 COVID-19 大流行的最新谱系。尽管厄瓜多尔的疫苗接种率≥85%，但 2021 年 12 月至 2022 年 3 月期间仍记录到奥密克戎的高发病率。自奥密克戎出现以来，它已进化成多个亚谱系，在不同地区的流行程度不同。在这项工作中，我们使用了截至 2022 年 3 月在 GISAID 上可获得的厄瓜多尔所有奥密克戎序列，并使用 Nextclade 和 Pangolin 软件来识别在该国传播的谱系。我们检测到 12 个不同的亚谱系（BA.1、BA.1.1、BA.1.1.1、BA.1.1.14、BA.1.1.2、BA.1.14、BA.1.15、BA.1.16、BA.1.17、BA.1.6、BA.2、BA.2.3），这些亚谱系已在非洲、美洲、欧洲和亚洲报告过，提示存在多次传入事件。亚谱系 BA.1 和 BA.1.1 最为流行。必须继续进行基因组监测，以评估当前亚谱系的动态、新亚谱系的早期传入以及针对不断进化的 SARS-CoV-2 的疫苗效力。
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