• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

使用 ROSIE 对 P2X7 受体进行完全柔性配体对接。

Fully Flexible Ligand Docking for the P2X7 Receptor Using ROSIE.

机构信息

Department of Chemistry, College of Science, University of Baghdad, Baghdad, Iraq.

Department of Molecular and Cell Biology, University of Leicester, Leicester, UK.

出版信息

Methods Mol Biol. 2022;2510:65-75. doi: 10.1007/978-1-0716-2384-8_4.

DOI:10.1007/978-1-0716-2384-8_4
PMID:35776320
Abstract

The availability of P2X7 receptor structures with allosteric antagonists bound enables us to predict specific interactions between receptor and antagonists at atomistic detail. In this chapter we outline how modern ligand docking techniques can be employed by the nonexpert to predict putative binding modes for known or hypothetical allosteric P2X7 antagonists.

摘要

与变构拮抗剂结合的 P2X7 受体结构的可用性使我们能够在原子细节上预测受体和拮抗剂之间的特定相互作用。在本章中,我们概述了非专业人员如何使用现代配体对接技术来预测已知或假设的变构 P2X7 拮抗剂的可能结合模式。

相似文献

1
Fully Flexible Ligand Docking for the P2X7 Receptor Using ROSIE.使用 ROSIE 对 P2X7 受体进行完全柔性配体对接。
Methods Mol Biol. 2022;2510:65-75. doi: 10.1007/978-1-0716-2384-8_4.
2
Mapping the Site of Action of Human P2X7 Receptor Antagonists AZ11645373, Brilliant Blue G, KN-62, Calmidazolium, and ZINC58368839 to the Intersubunit Allosteric Pocket.将人 P2X7 受体拮抗剂 AZ11645373、亮蓝 G、KN-62、钙调蛋白和 ZINC58368839 的作用位点映射到亚基间变构口袋。
Mol Pharmacol. 2019 Sep;96(3):355-363. doi: 10.1124/mol.119.116715. Epub 2019 Jul 1.
3
Agonists, Antagonists, and Modulators of P2X7 Receptors.P2X7 受体的激动剂、拮抗剂和调节剂。
Methods Mol Biol. 2022;2510:31-52. doi: 10.1007/978-1-0716-2384-8_2.
4
Identification of novel P2X7R antagonists by using structure-based virtual screening and cell-based assays.通过基于结构的虚拟筛选和细胞实验鉴定新型P2X7R拮抗剂。
Chem Biol Drug Des. 2021 Jul;98(1):192-205. doi: 10.1111/cbdd.13867. Epub 2021 Jun 3.
5
Constructing an atomic-resolution model of human P2X7 receptor followed by pharmacophore modeling to identify potential inhibitors.构建人类P2X7受体的原子分辨率模型,随后进行药效团建模以识别潜在抑制剂。
J Mol Graph Model. 2015 Sep;61:243-61. doi: 10.1016/j.jmgm.2015.08.005. Epub 2015 Aug 13.
6
Dihydrotanshinone, a Natural Diterpenoid, Preserves Blood-Retinal Barrier Integrity via P2X7 Receptor.二氢丹参酮,一种天然二萜,通过 P2X7 受体保护血视网膜屏障完整性。
Int J Mol Sci. 2020 Dec 6;21(23):9305. doi: 10.3390/ijms21239305.
7
P2X7 receptor antagonism: Implications in diabetic retinopathy.P2X7受体拮抗作用:对糖尿病视网膜病变的影响
Biochem Pharmacol. 2017 Aug 15;138:130-139. doi: 10.1016/j.bcp.2017.05.001. Epub 2017 May 4.
8
8-Hydroxy-2-(1H-1,2,3-triazol-1-yl)-1,4-naphtoquinone derivatives inhibited P2X7 Receptor-Induced dye uptake into murine Macrophages.8-羟基-2-(1H-1,2,3-三唑-1-基)-1,4-萘醌衍生物抑制 P2X7 受体诱导的小鼠巨噬细胞染料摄取。
Bioorg Med Chem. 2019 Apr 15;27(8):1449-1455. doi: 10.1016/j.bmc.2018.11.036. Epub 2018 Nov 27.
9
The P2X7 purinergic receptor: a potential therapeutic target for lung cancer.P2X7 嘌呤能受体:肺癌的潜在治疗靶点。
J Cancer Res Clin Oncol. 2020 Nov;146(11):2731-2741. doi: 10.1007/s00432-020-03379-4. Epub 2020 Sep 5.
10
P2X7 Receptor as a Therapeutic Target.P2X7受体作为一种治疗靶点。
Adv Protein Chem Struct Biol. 2016;104:39-79. doi: 10.1016/bs.apcsb.2015.11.004. Epub 2016 Jan 4.

本文引用的文献

1
Rapid, accurate, precise and reproducible ligand-protein binding free energy prediction.快速、准确、精确且可重复的配体-蛋白质结合自由能预测。
Interface Focus. 2020 Dec 6;10(6):20200007. doi: 10.1098/rsfs.2020.0007. Epub 2020 Oct 16.
2
Discovery and Structure Relationships of Salicylanilide Derivatives as Potent, Non-acidic P2X1 Receptor Antagonists.发现并构建水杨酰苯胺衍生物作为强效、非酸性 P2X1 受体拮抗剂的结构关系。
J Med Chem. 2020 Jun 11;63(11):6164-6178. doi: 10.1021/acs.jmedchem.0c00435. Epub 2020 May 27.
3
An Allosteric Inhibitory Site Conserved in the Ectodomain of P2X Receptor Channels.
P2X受体通道胞外域中保守的变构抑制位点。
Front Cell Neurosci. 2019 Apr 9;13:121. doi: 10.3389/fncel.2019.00121. eCollection 2019.
4
PubChem 2019 update: improved access to chemical data.PubChem 2019 年更新:改善化学数据获取。
Nucleic Acids Res. 2019 Jan 8;47(D1):D1102-D1109. doi: 10.1093/nar/gky1033.
5
Mapping the Allosteric Action of Antagonists A740003 and A438079 Reveals a Role for the Left Flipper in Ligand Sensitivity at P2X7 Receptors.解析激动型配体门控型 P2X7 受体变构拮抗剂 A740003 和 A438079 的变构作用,揭示了左侧发夹在配体敏感性中的作用。
Mol Pharmacol. 2018 May;93(5):553-562. doi: 10.1124/mol.117.111021. Epub 2018 Mar 13.
6
Exploring the Stability of Ligand Binding Modes to Proteins by Molecular Dynamics Simulations: A Cross-docking Study.通过分子动力学模拟探索配体与蛋白质结合模式的稳定性:一项交叉对接研究。
J Chem Inf Model. 2017 Oct 23;57(10):2514-2522. doi: 10.1021/acs.jcim.7b00412. Epub 2017 Sep 29.
7
Unique residues in the ATP gated human P2X7 receptor define a novel allosteric binding pocket for the selective antagonist AZ10606120.在 ATP 门控的人类 P2X7 受体中独特的残基定义了一个新型的变构结合口袋,用于选择性拮抗剂 AZ10606120。
Sci Rep. 2017 Apr 7;7(1):725. doi: 10.1038/s41598-017-00732-5.
8
Structural basis for subtype-specific inhibition of the P2X7 receptor.P2X7受体亚型特异性抑制的结构基础。
Elife. 2016 Dec 9;5:e22153. doi: 10.7554/eLife.22153.
9
ZINC 15--Ligand Discovery for Everyone.锌15——面向大众的配体发现平台。
J Chem Inf Model. 2015 Nov 23;55(11):2324-37. doi: 10.1021/acs.jcim.5b00559. Epub 2015 Nov 9.
10
Fully Flexible Docking of Medium Sized Ligand Libraries with RosettaLigand.利用 RosettaLigand 对中等规模配体库进行完全柔性对接。
PLoS One. 2015 Jul 24;10(7):e0132508. doi: 10.1371/journal.pone.0132508. eCollection 2015.