• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

用于单颗粒冷冻电子显微镜分析的 RNA 聚合酶复合物的制备。

Preparation of RNA Polymerase Complexes for Their Analysis by Single-Particle Cryo-Electron Microscopy.

机构信息

Regensburg Center for Biochemistry (RCB), University of Regensburg, Regensburg, Germany.

出版信息

Methods Mol Biol. 2022;2533:81-96. doi: 10.1007/978-1-0716-2501-9_6.

DOI:10.1007/978-1-0716-2501-9_6
PMID:35796984
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9761500/
Abstract

Recent technological progress revealed new prospects of high-resolution structure determination of macromolecular complexes using cryo-electron microscopy (cryo-EM) . In the field of RNA polymerase (Pol) I research, a number of cryo-EM studies contributed to understanding the highly specialized mechanisms underlying the transcription of ribosomal RNA genes . Despite a broad applicability of the cryo-EM method itself, preparation of samples for high-resolution data collection can be challenging. Here, we describe strategies for the purification and stabilization of Pol I complexes, exemplarily considering advantages and disadvantages of the methodology. We further provide an easy-to-implement protocol for the coating of EM-grids with self-made carbon support films. In sum, we present an efficient workflow for cryo-grid preparation and optimization, including early stage cryo-EM screening that can be adapted to a wide range of soluble samples for high-resolution structure determination .

摘要

最近的技术进步揭示了使用冷冻电镜(cryo-EM)确定大分子复合物高分辨率结构的新前景。在 RNA 聚合酶(Pol)I 研究领域,许多 cryo-EM 研究有助于理解核糖体 RNA 基因转录的高度专业化机制。尽管 cryo-EM 方法本身具有广泛的适用性,但为高分辨率数据收集准备样品可能具有挑战性。在这里,我们描述了用于 Pol I 复合物的纯化和稳定化的策略,特别考虑了该方法的优缺点。我们进一步提供了一种易于实施的方案,用于用自制的碳支撑膜涂覆 EM 网格。总之,我们提出了一种用于 cryo-grid 制备和优化的有效工作流程,包括早期的 cryo-EM 筛选,该筛选可以适应广泛的可溶性样品,以确定高分辨率结构。

相似文献

1
Preparation of RNA Polymerase Complexes for Their Analysis by Single-Particle Cryo-Electron Microscopy.用于单颗粒冷冻电子显微镜分析的 RNA 聚合酶复合物的制备。
Methods Mol Biol. 2022;2533:81-96. doi: 10.1007/978-1-0716-2501-9_6.
2
Preparation of macromolecular complexes for cryo-electron microscopy.用于冷冻电子显微镜的大分子复合物的制备。
Nat Protoc. 2007;2(12):3239-46. doi: 10.1038/nprot.2007.452.
3
Approaches to altering particle distributions in cryo-electron microscopy sample preparation.改变冷冻电子显微镜样品制备中颗粒分布的方法。
Acta Crystallogr D Struct Biol. 2018 Jun 1;74(Pt 6):560-571. doi: 10.1107/S2059798318006496. Epub 2018 May 18.
4
Antibody-based affinity cryo-EM grid.基于抗体的亲和冷冻电镜网格。
Methods. 2016 May 1;100:16-24. doi: 10.1016/j.ymeth.2016.01.010. Epub 2016 Jan 21.
5
Polyelectrolyte coating of cryo-EM grids improves lateral distribution and prevents aggregation of macromolecules.聚电解质涂层可改善 cryo-EM 网格的横向分布并防止大分子聚集。
Acta Crystallogr D Struct Biol. 2022 Nov 1;78(Pt 11):1337-1346. doi: 10.1107/S2059798322009299. Epub 2022 Oct 20.
6
Sample preparation of biological macromolecular assemblies for the determination of high-resolution structures by cryo-electron microscopy.用于通过冷冻电子显微镜测定高分辨率结构的生物大分子组装体的样品制备。
Microscopy (Oxf). 2016 Feb;65(1):23-34. doi: 10.1093/jmicro/dfv367. Epub 2015 Dec 15.
7
GraFix: stabilization of fragile macromolecular complexes for single particle cryo-EM.GraFix:用于单颗粒冷冻电镜的脆弱大分子复合物的稳定化
Methods Enzymol. 2010;481:109-26. doi: 10.1016/S0076-6879(10)81005-5.
8
Methods for Preparing Cryo-EM Grids of Large Macromolecular Complexes.制备大型大分子复合物冷冻电镜网格的方法。
Methods Mol Biol. 2018;1844:209-215. doi: 10.1007/978-1-4939-8706-1_14.
9
Sample Preparation for Electron Cryo-Microscopy of Macromolecular Machines.用于大分子机器的电子冷冻显微镜样品制备。
Adv Exp Med Biol. 2024;3234:173-190. doi: 10.1007/978-3-031-52193-5_12.
10
Single-particle cryo-electron microscopy of macromolecular complexes.大分子复合物的单颗粒冷冻电子显微镜技术
Microscopy (Oxf). 2016 Feb;65(1):9-22. doi: 10.1093/jmicro/dfv366. Epub 2015 Nov 25.

引用本文的文献

1
Structural basis of archaeal RNA polymerase transcription elongation and Spt4/5 recruitment.古菌 RNA 聚合酶转录延伸和 Spt4/5 募集的结构基础。
Nucleic Acids Res. 2024 Jun 10;52(10):6017-6035. doi: 10.1093/nar/gkae282.
2
The human RNA polymerase I structure reveals an HMG-like docking domain specific to metazoans.人类 RNA 聚合酶 I 结构揭示了一种仅存在于后生动物中的 HMG 样对接结构域。
Life Sci Alliance. 2022 Sep 1;5(11). doi: 10.26508/lsa.202201568. Print 2022 Nov.

本文引用的文献

1
Conserved strategies of RNA polymerase I hibernation and activation.RNA 聚合酶 I 休眠和激活的保守策略。
Nat Commun. 2021 Feb 3;12(1):758. doi: 10.1038/s41467-021-21031-8.
2
Structural basis of RNA polymerase I pre-initiation complex formation and promoter melting.RNA 聚合酶 I 起始前复合物形成和启动子解链的结构基础。
Nat Commun. 2020 Mar 5;11(1):1206. doi: 10.1038/s41467-020-15052-y.
3
Real-time cryo-electron microscopy data preprocessing with Warp.使用 Warp 进行实时低温电子显微镜数据预处理。
Nat Methods. 2019 Nov;16(11):1146-1152. doi: 10.1038/s41592-019-0580-y. Epub 2019 Oct 7.
4
SPHIRE-crYOLO is a fast and accurate fully automated particle picker for cryo-EM.SPHIRE-crYOLO 是一款快速、准确的全自动 cryo-EM 粒子挑选器。
Commun Biol. 2019 Jun 19;2:218. doi: 10.1038/s42003-019-0437-z. eCollection 2019.
5
Software tools for automated transmission electron microscopy.用于自动透射电子显微镜的软件工具。
Nat Methods. 2019 Jun;16(6):471-477. doi: 10.1038/s41592-019-0396-9. Epub 2019 May 13.
6
Protein denaturation at the air-water interface and how to prevent it.蛋白质在气液界面的变性及其预防。
Elife. 2019 Apr 1;8:e42747. doi: 10.7554/eLife.42747.
7
Challenges and opportunities in cryo-EM single-particle analysis.冷冻电镜单颗粒分析的挑战与机遇。
J Biol Chem. 2019 Mar 29;294(13):5181-5197. doi: 10.1074/jbc.REV118.005602. Epub 2019 Feb 25.
8
How Good Can Single-Particle Cryo-EM Become? What Remains Before It Approaches Its Physical Limits?单颗粒 cryo-EM 能有多好?在接近其物理极限之前还有哪些需要突破?
Annu Rev Biophys. 2019 May 6;48:45-61. doi: 10.1146/annurev-biophys-070317-032828. Epub 2019 Feb 20.
9
New tools for automated high-resolution cryo-EM structure determination in RELION-3.用于 RELION-3 中自动化高分辨率冷冻电镜结构测定的新工具。
Elife. 2018 Nov 9;7:e42166. doi: 10.7554/eLife.42166.
10
Structural basis of RNA polymerase I stalling at UV light-induced DNA damage.RNA 聚合酶 I 在 UV 光诱导的 DNA 损伤处停滞的结构基础。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2018 Sep 4;115(36):8972-8977. doi: 10.1073/pnas.1802626115. Epub 2018 Aug 20.