• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

使用3dRNA/DNA进行RNA和DNA三维结构预测与评估。

Using 3dRNA/DNA for RNA and DNA 3D Structure Prediction and Evaluation.

作者信息

Xiong Yiduo, Zhang Yi, Wang Jian, Xiao Yi

机构信息

Institute of Biophysics, School of Physics, Huazhong University of Science and Technology, Wuhan, Hubei, China.

出版信息

Curr Protoc. 2023 May;3(5):e770. doi: 10.1002/cpz1.770.

DOI:10.1002/cpz1.770
PMID:37166266
Abstract

This article describes how to use 3dRNA/DNA to predict RNA and DNA 3D structures from their sequences and secondary (2D) structures. The predicted RNA and DNA 3D structures can be used to predict or understand their functions and can also be used to find the interactions between the RNA/DNA and other molecules. © 2023 Wiley Periodicals LLC. Basic Protocol: RNA/DNA 3D structure prediction using 3dRNA/DNA web server Alternate Protocol: Using 3dRNA/DNA and 3dRNAscore locally Support Protocol: Installing NSP.

摘要

本文介绍了如何使用3dRNA/DNA从RNA和DNA的序列及二级(二维)结构预测其三维结构。预测得到的RNA和DNA三维结构可用于预测或理解其功能,还可用于发现RNA/DNA与其他分子之间的相互作用。© 2023威利期刊有限责任公司。基本方案:使用3dRNA/DNA网络服务器进行RNA/DNA三维结构预测 替代方案:在本地使用3dRNA/DNA和3dRNAscore 支持方案:安装NSP。

相似文献

1
Using 3dRNA/DNA for RNA and DNA 3D Structure Prediction and Evaluation.使用3dRNA/DNA进行RNA和DNA三维结构预测与评估。
Curr Protoc. 2023 May;3(5):e770. doi: 10.1002/cpz1.770.
2
Using 3dRNA for RNA 3-D Structure Prediction and Evaluation.使用3dRNA进行RNA三维结构预测与评估。
Curr Protoc Bioinformatics. 2017 May 2;57:5.9.1-5.9.12. doi: 10.1002/cpbi.21.
3
3dRNA v2.0: An Updated Web Server for RNA 3D Structure Prediction.3dRNA v2.0:一个更新的 RNA 三维结构预测网络服务器。
Int J Mol Sci. 2019 Aug 23;20(17):4116. doi: 10.3390/ijms20174116.
4
3dRNA: 3D Structure Prediction from Linear to Circular RNAs.3dRNA:从线性 RNA 到环状 RNA 的三维结构预测。
J Mol Biol. 2022 Jun 15;434(11):167452. doi: 10.1016/j.jmb.2022.167452. Epub 2022 Jan 13.
5
3dRNA/DNA: 3D Structure Prediction from RNA to DNA.3dRNA/DNA:从 RNA 到 DNA 的三维结构预测。
J Mol Biol. 2024 Sep 1;436(17):168742. doi: 10.1016/j.jmb.2024.168742. Epub 2024 Aug 7.
6
3dRNA: Building RNA 3D structure with improved template library.3dRNA:利用改进的模板库构建RNA三维结构
Comput Struct Biotechnol J. 2020 Aug 28;18:2416-2423. doi: 10.1016/j.csbj.2020.08.017. eCollection 2020.
7
Vfold-Pipeline: a web server for RNA 3D structure prediction from sequences.Vfold-Pipeline:一个从序列预测 RNA 三维结构的网络服务器。
Bioinformatics. 2022 Aug 10;38(16):4042-4043. doi: 10.1093/bioinformatics/btac426.
8
Optimization of RNA 3D structure prediction using evolutionary restraints of nucleotide-nucleotide interactions from direct coupling analysis.利用直接耦合分析中核苷酸-核苷酸相互作用的进化约束优化RNA三维结构预测。
Nucleic Acids Res. 2017 Jun 20;45(11):6299-6309. doi: 10.1093/nar/gkx386.
9
HNADOCK: a nucleic acid docking server for modeling RNA/DNA-RNA/DNA 3D complex structures.HNADOCK:一种用于建模 RNA/DNA-RNA/DNA 三维复合物结构的核酸对接服务器。
Nucleic Acids Res. 2019 Jul 2;47(W1):W35-W42. doi: 10.1093/nar/gkz412.
10
RNAstructure: Web servers for RNA secondary structure prediction and analysis.RNAstructure:用于 RNA 二级结构预测和分析的网络服务器。
Nucleic Acids Res. 2013 Jul;41(Web Server issue):W471-4. doi: 10.1093/nar/gkt290. Epub 2013 Apr 24.

引用本文的文献

1
3D structure and stability prediction of DNA with multi-way junctions in ionic solutions.离子溶液中具有多向连接的DNA的三维结构与稳定性预测
PLoS Comput Biol. 2025 Aug 18;21(8):e1013346. doi: 10.1371/journal.pcbi.1013346. eCollection 2025 Aug.
2
Development of a candidate mRNA vaccine based on Multi-Peptide targeting VP4 of rotavirus A: an immunoinformatics and molecular dynamics approach.基于多肽靶向A组轮状病毒VP4的候选mRNA疫苗的研发:免疫信息学与分子动力学方法
Sci Rep. 2025 Jul 2;15(1):22610. doi: 10.1038/s41598-025-07433-4.
3
Unlocking the potential of circular RNA vaccines: a bioinformatics and computational biology perspective.
解锁环状RNA疫苗的潜力:生物信息学与计算生物学视角
EBioMedicine. 2025 Apr;114:105638. doi: 10.1016/j.ebiom.2025.105638. Epub 2025 Mar 19.
4
Systematic benchmarking of deep-learning methods for tertiary RNA structure prediction.用于三级RNA结构预测的深度学习方法的系统基准测试。
PLoS Comput Biol. 2024 Dec 30;20(12):e1012715. doi: 10.1371/journal.pcbi.1012715. eCollection 2024 Dec.