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DeGeCI 1.1：一个用于线粒体基因组基因注释的网络平台。

DeGeCI 1.1: a web platform for gene annotation of mitochondrial genomes.

作者信息

Fiedler Lisa, Bernt Matthias, Middendorf Martin

机构信息

Department of Computer Science, Leipzig University, Leipzig, Saxony, 04109, Germany.

Department of Molecular Systems Biology, Environmental Research-UFZ, Leipzig, Saxony, 04318, Germany.

出版信息

Bioinform Adv. 2024 May 13;4(1):vbae072. doi: 10.1093/bioadv/vbae072. eCollection 2024.

DOI:10.1093/bioadv/vbae072
PMID:38799704
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11116735/
Abstract

SUMMARY

DeGeCI is a command line tool that generates fully automated gene predictions from mitochondrial nucleotide sequences by using a reference database of annotated mitogenomes which is represented as a de Bruijn graph. The input genome is mapped to this graph, creating a subgraph, which is then post-processed by a clustering routine. Version 1.1 of DeGeCI offers a web front-end for GUI-based input. It also introduces a new taxonomic filter pipeline that allows the species in the reference database to be restricted to a user-specified taxonomic classification and allows for gene boundary optimization when providing the translation table of the input genome.

AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION

The web platform is accessible at https://degeci.informatik.uni-leipzig.de. Source code is freely available at https://git.informatik.uni-leipzig.de/lfiedler/degeci.

摘要

摘要

DeGeCI是一个命令行工具，它通过使用以德布鲁因图表示的带注释的有丝分裂基因组参考数据库，从线粒体核苷酸序列生成全自动基因预测。输入的基因组映射到该图上，创建一个子图，然后通过聚类程序进行后处理。DeGeCI 1.1版本提供了基于图形用户界面的网络前端输入方式。它还引入了一个新的分类过滤管道，该管道允许将参考数据库中的物种限制为用户指定的分类类别，并在提供输入基因组的翻译表时允许进行基因边界优化。

可用性和实现方式

网络平台可通过https://degeci.informatik.uni-leipzig.de访问。源代码可在https://git.informatik.uni-leipzig.de/lfiedler/degeci上免费获取。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/c852/11116735/05a620d09d65/vbae072f2.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/c852/11116735/caeb5ffe3c38/vbae072f1.jpg
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