• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

1753年收录的（茜草科）田茜的基因组序列。

The genome sequence of field madder, L., 1753 (Rubiaceae).

作者信息

Christenhusz Maarten J M

机构信息

Royal Botanic Gardens Kew, Richmond, England, UK.

Curtin University, Perth, Western Australia, Australia.

出版信息

Wellcome Open Res. 2024 Mar 1;9:126. doi: 10.12688/wellcomeopenres.21027.1. eCollection 2024.

DOI:10.12688/wellcomeopenres.21027.1
PMID:39139616
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11320180/
Abstract

We present a genome assembly from an individual (field madder; Tracheophyta; Magnoliopsida; Gentianales; Rubiaceae). The genome sequence is 440.9 megabases in span. Most of the assembly is scaffolded into 11 chromosomal pseudomolecules. The mitochondrial and plastid genome assemblies have lengths of 203.98 kilobases and 152.73 kilobases in length, respectively.

摘要

我们展示了一个来自个体（田基黄；维管植物；木兰纲；龙胆目；茜草科）的基因组组装。基因组序列跨度为440.9兆碱基。大部分组装序列被构建成11条染色体假分子。线粒体和质体基因组组装长度分别为203.98千碱基和152.73千碱基。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/8f31/11320180/5c649bda819b/wellcomeopenres-9-23263-g0004.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/8f31/11320180/8e535a30f0ae/wellcomeopenres-9-23263-g0000.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/8f31/11320180/7df2a09baf23/wellcomeopenres-9-23263-g0001.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/8f31/11320180/feb4cce9d8c7/wellcomeopenres-9-23263-g0002.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/8f31/11320180/536e45d71ac2/wellcomeopenres-9-23263-g0003.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/8f31/11320180/5c649bda819b/wellcomeopenres-9-23263-g0004.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/8f31/11320180/8e535a30f0ae/wellcomeopenres-9-23263-g0000.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/8f31/11320180/7df2a09baf23/wellcomeopenres-9-23263-g0001.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/8f31/11320180/feb4cce9d8c7/wellcomeopenres-9-23263-g0002.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/8f31/11320180/536e45d71ac2/wellcomeopenres-9-23263-g0003.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/8f31/11320180/5c649bda819b/wellcomeopenres-9-23263-g0004.jpg

相似文献

1
The genome sequence of field madder, L., 1753 (Rubiaceae).1753年收录的（茜草科）田茜的基因组序列。
Wellcome Open Res. 2024 Mar 1;9:126. doi: 10.12688/wellcomeopenres.21027.1. eCollection 2024.
2
The genome sequence of rosebay willowherb (L.) Scop., 1771 (syn. L., 1753) (Onagraceae).柳叶菜（L.）斯科波，1771年（同物异名：L.，1753年）（柳叶菜科）的基因组序列。
Wellcome Open Res. 2024 Mar 20;9:163. doi: 10.12688/wellcomeopenres.21163.1. eCollection 2024.
3
The genome sequence of spotted medick, ca (L.) Huds. (Fabaceae).斑点苜蓿（Medicago arabica (L.) Huds.）（豆科）的基因组序列。
Wellcome Open Res. 2024 Nov 4;9:116. doi: 10.12688/wellcomeopenres.20996.2. eCollection 2024.
4
The genome sequence of the Lesser Skullcap, Huds., 1762 (Lamiaceae).小头黄芩（Huds.，1762）（唇形科）的基因组序列。
Wellcome Open Res. 2024 Mar 20;9:165. doi: 10.12688/wellcomeopenres.21164.1. eCollection 2024.
5
The genome sequence of purple glasswort, Woods (Amaranthaceae).盐角草（藜科）伍兹氏变种的基因组序列。
Wellcome Open Res. 2024 May 15;9:257. doi: 10.12688/wellcomeopenres.21552.1. eCollection 2024.
6
The genome sequence of great wood-rush, (Huds) Gaudin.大羊胡子草（Luzula sylvatica (Huds.) Gaudin）的基因组序列。
Wellcome Open Res. 2024 Mar 1;9:124. doi: 10.12688/wellcomeopenres.20997.1. eCollection 2024.
7
The genome sequence of lesser burdock, (Hill) Bernh. (Asteraceae).牛蒡（Hill）Bernh.（菊科）的基因组序列。
Wellcome Open Res. 2024 Oct 15;9:589. doi: 10.12688/wellcomeopenres.23160.1. eCollection 2024.
8
The genome sequence of common fleabane, (L.) Bernh. (Asteraceae).小飞蓬（Conyza canadensis (L.) Cronquist）（菊科）的基因组序列。 （注：原英文中的属名表述有误，正确的小飞蓬属名是Conyza，种加词是canadensis ，这里按照正确内容翻译并补充完整了拉丁学名）
Wellcome Open Res. 2023 Oct 12;8:447. doi: 10.12688/wellcomeopenres.20003.1. eCollection 2023.
9
The genome sequence of black poplar, L., 1753 (Salicaceae).黑杨（Populus nigra L.，1753）（杨柳科）的基因组序列。
Wellcome Open Res. 2024 Apr 24;9:228. doi: 10.12688/wellcomeopenres.21300.1. eCollection 2024.
10
The genome sequence of common knotgrass, L. (Polygonaceae).萹蓄（蓼科）的基因组序列。
Wellcome Open Res. 2024 Mar 1;9:112. doi: 10.12688/wellcomeopenres.21001.1. eCollection 2024.

本文引用的文献

1
MitoHiFi: a python pipeline for mitochondrial genome assembly from PacBio high fidelity reads.MitoHiFi：一个从 PacBio 高保真reads 组装线粒体基因组的 Python 分析流程
BMC Bioinformatics. 2023 Jul 18;24(1):288. doi: 10.1186/s12859-023-05385-y.
2
YaHS: yet another Hi-C scaffolding tool.YaHS：另一个 Hi-C 支架工具。
Bioinformatics. 2023 Jan 1;39(1). doi: 10.1093/bioinformatics/btac808.
3
BUSCO Update: Novel and Streamlined Workflows along with Broader and Deeper Phylogenetic Coverage for Scoring of Eukaryotic, Prokaryotic, and Viral Genomes.
BUSCO 更新：用于真核生物、原核生物和病毒基因组评分的新颖且简化的工作流程以及更广泛和更深的系统发育覆盖范围。
Mol Biol Evol. 2021 Sep 27;38(10):4647-4654. doi: 10.1093/molbev/msab199.
4
Towards complete and error-free genome assemblies of all vertebrate species.致力于完成所有脊椎动物物种的完整且无错误的基因组组装。
Nature. 2021 Apr;592(7856):737-746. doi: 10.1038/s41586-021-03451-0. Epub 2021 Apr 28.
5
Haplotype-resolved de novo assembly using phased assembly graphs with hifiasm.使用带有 hifiasm 的相定装配图进行单体型解析从头组装。
Nat Methods. 2021 Feb;18(2):170-175. doi: 10.1038/s41592-020-01056-5. Epub 2021 Feb 1.
6
Significantly improving the quality of genome assemblies through curation.通过编辑显著提高基因组组装的质量。
Gigascience. 2021 Jan 9;10(1). doi: 10.1093/gigascience/giaa153.
7
The Application of Flow Cytometry for Estimating Genome Size, Ploidy Level Endopolyploidy, and Reproductive Modes in Plants.流式细胞术在植物基因组大小估计、倍性水平、内多倍体和繁殖方式中的应用。
Methods Mol Biol. 2021;2222:325-361. doi: 10.1007/978-1-0716-0997-2_17.
8
Merqury: reference-free quality, completeness, and phasing assessment for genome assemblies.Merqury：基因组组装的无参考质量、完整性和相位评估。
Genome Biol. 2020 Sep 14;21(1):245. doi: 10.1186/s13059-020-02134-9.
9
BlobToolKit - Interactive Quality Assessment of Genome Assemblies.BlobToolKit - 基因组组装的交互式质量评估。
G3 (Bethesda). 2020 Apr 9;10(4):1361-1374. doi: 10.1534/g3.119.400908.
10
Identifying and removing haplotypic duplication in primary genome assemblies.鉴定和去除初级基因组组装中的单倍型重复。
Bioinformatics. 2020 May 1;36(9):2896-2898. doi: 10.1093/bioinformatics/btaa025.