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使用 NMR 光谱进行碎片筛选的方案。

Protocol to perform fragment screening using NMR spectroscopy.

机构信息

Experimental Drug Development Centre (EDDC), Agency for Science, Technology and Research (A∗STAR), Singapore 138670, Singapore.

Experimental Drug Development Centre (EDDC), Agency for Science, Technology and Research (A∗STAR), Singapore 138670, Singapore.

出版信息

STAR Protoc. 2024 Sep 20;5(3):103278. doi: 10.1016/j.xpro.2024.103278. Epub 2024 Aug 22.

DOI:10.1016/j.xpro.2024.103278
PMID:39178109
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11388578/
Abstract

Fragment-based drug design plays an important role in drug discovery. Protein-observed NMR experiments with isotopically labeled samples are used to probe target-ligand interactions and map the ligand-binding sites. Here, we present a protocol to perform fragment screening using NMR spectroscopy. We describe steps for producing N-labeled Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog (KRAS) G12D protein, fragment screening using H-N-heteronuclear single quantum coherence (HSQC) experiment, fragment deconvolution, determining binding affinities, and mapping the fragment-binding site. This protocol provides a strategy in fragment screening.

摘要

基于片段的药物设计在药物发现中起着重要作用。使用同位素标记样品的蛋白质观察 NMR 实验可用于探测靶标-配体相互作用并绘制配体结合位点。在此，我们提供了一种使用 NMR 光谱进行片段筛选的方案。我们描述了制备 N 标记的 Kirsten 大鼠肉瘤病毒致癌基因同源物（KRAS）G12D 蛋白、使用 H-N 异核单量子相干（HSQC）实验进行片段筛选、片段解析、确定结合亲和力和绘制片段结合位点的步骤。该方案为片段筛选提供了一种策略。

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