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通过植物(宏)转录组数据挖掘,三倍扩大了 blunerviruses 的遗传多样性。

Three-fold expansion of the genetic diversity of blunerviruses through plant (meta)transcriptome data-mining.

机构信息

ICFRE-Institute of Forest Biodiversity, Hyderabad, India.

ICFRE-Institute of Forest Biodiversity, Hyderabad, India.

出版信息

Virology. 2024 Nov;599:110210. doi: 10.1016/j.virol.2024.110210. Epub 2024 Aug 29.

DOI:10.1016/j.virol.2024.110210
PMID:39213990
Abstract

Kitaviruses are plant-infecting, non-systemic disease-causing viruses with multipartite single-stranded RNA genomes. Despite their importance, knowledge on kitaviruses is limited in comparison with other plant virus groups, mainly because of the lesser number of identified and characterized kitaviruses and their isolates. In the present study, we explored plant (meta)transcriptome data available in public domain and identified genome sequences of eighteen putative novel blunerviruses in eighteen plant species, including four gymnosperm and four monocot species. Four RNA segments (RNAs 1-4) of eleven identified viruses were recovered, whilst at least two RNA segments were recovered for the remaining viruses. Phylogenetic analysis grouped the identified viruses with known blunerviruses. Based on genome organization, sequence identities of encoded proteins with known blunerviruses and phylogeny, the identified viruses are regarded as new members of the genus Blunervirus. The study paves way for initiating further studies on understanding biological properties, economic importance and geographical distribution of identified blunerviruses.

摘要

基特病毒是一类感染植物、非系统性、致病的多组分单链 RNA 病毒。尽管它们很重要,但与其他植物病毒群相比,基特病毒的知识有限,主要是因为已鉴定和特征描述的基特病毒及其分离株较少。在本研究中,我们探索了公共领域可用的植物(宏)转录组数据,并在 18 种植物物种中鉴定出了 18 种推定的新型布伦纳病毒的基因组序列,包括 4 种裸子植物和 4 种单子叶植物。我们从 11 种已鉴定的病毒中回收了 4 个 RNA 片段(RNAs 1-4),而对于其余的病毒,至少回收了 2 个 RNA 片段。系统发育分析将鉴定出的病毒与已知的布伦纳病毒聚类在一起。基于基因组组织、与已知布伦纳病毒编码蛋白的序列同一性以及系统发育,鉴定出的病毒被视为布伦纳病毒属的新成员。该研究为进一步研究鉴定出的布伦纳病毒的生物学特性、经济重要性和地理分布奠定了基础。

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