• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

NIGMS 沙盒:一个学习平台,旨在为生物医学研究普及云计算。

NIGMS Sandbox: a learning platform toward democratizing cloud computing for biomedical research.

机构信息

National Institute of General Medical Sciences, National Institutes of Health, 9000 Rockville Pike, Bethesda, Marylnd 20892, USA.

Center for Information Technology, National Institutes of Health, 9000 Rockville Pike, Bethesda, Marylnd 20892, USA.

出版信息

Brief Bioinform. 2024 Jul 23;25(Supplement_1). doi: 10.1093/bib/bbae478.

DOI:10.1093/bib/bbae478
PMID:39376084
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11458913/
Abstract

Biomedical data are growing exponentially in both volume and levels of complexity, due to the rapid advancement of technologies and research methodologies. Analyzing these large datasets, referred to collectively as "big data," has become an integral component of research that guides experimentation-driven discovery and a new engine of discovery itself as it uncovers previously unknown connections through mining of existing data. To fully realize the potential of big data, biomedical researchers need access to high-performance-computing (HPC) resources. However, supporting on-premises infrastructure that keeps up with these consistently expanding research needs presents persistent financial and staffing challenges, even for well-resourced institutions. For other institutions, including primarily undergraduate institutions and minority serving institutions, that educate a large portion of the future workforce in the USA, this challenge presents an insurmountable barrier. Therefore, new approaches are needed to provide broad and equitable access to HPC resources to biomedical researchers and students who will advance biomedical research in the future.

摘要

生物医学数据的数量和复杂程度都呈指数级增长,这是由于技术和研究方法的快速进步。分析这些大型数据集,通常称为“大数据”,已成为研究的一个组成部分,指导实验驱动的发现,并通过挖掘现有数据发现以前未知的联系,成为新的发现引擎。为了充分挖掘大数据的潜力,生物医学研究人员需要访问高性能计算 (HPC) 资源。然而,支持能够跟上这些不断扩展的研究需求的本地基础设施,即使对于资源充足的机构来说,也存在持续的财务和人员配置方面的挑战。对于其他机构,包括主要的本科生机构和少数族裔服务机构,它们在美国培养了很大一部分未来的劳动力,这一挑战构成了难以逾越的障碍。因此,需要新的方法来为未来将推动生物医学研究的生物医学研究人员和学生提供广泛和公平的 HPC 资源访问。

相似文献

1
NIGMS Sandbox: a learning platform toward democratizing cloud computing for biomedical research.NIGMS 沙盒:一个学习平台,旨在为生物医学研究普及云计算。
Brief Bioinform. 2024 Jul 23;25(Supplement_1). doi: 10.1093/bib/bbae478.
2
Cloud-based introduction to BASH programming for biologists.基于云的生物学 BASH 编程入门。
Brief Bioinform. 2024 Jul 23;25(Supplement_1). doi: 10.1093/bib/bbae244.
3
Identifying and training deep learning neural networks on biomedical-related datasets.在生物医学相关数据集上识别和训练深度学习神经网络。
Brief Bioinform. 2024 Jul 23;25(Supplement_1). doi: 10.1093/bib/bbae232.
4
CCPA: cloud-based, self-learning modules for consensus pathway analysis using GO, KEGG and Reactome.CCPA:基于云的、使用 GO、KEGG 和 Reactome 的自学习共识途径分析模块。
Brief Bioinform. 2024 Jul 23;25(Supplement_1). doi: 10.1093/bib/bbae222.
5
Whole-genome bisulfite sequencing data analysis learning module on Google Cloud Platform.基于谷歌云平台的全基因组亚硫酸氢盐测序数据分析学习模块。
Brief Bioinform. 2024 Jul 23;25(Supplement_1). doi: 10.1093/bib/bbae236.
6
A cloud-based training module for efficient de novo transcriptome assembly using Nextflow and Google cloud.基于云的训练模块,用于使用 Nextflow 和谷歌云进行高效从头转录组组装。
Brief Bioinform. 2024 May 23;25(4). doi: 10.1093/bib/bbae313.
7
A cloud-based learning module for biomarker discovery.基于云的生物标志物发现学习模块。
Brief Bioinform. 2024 Jul 23;25(Supplement_1). doi: 10.1093/bib/bbae126.
8
Understanding proteome quantification in an interactive learning module on Google Cloud Platform.理解蛋白质组定量在 Google Cloud Platform 上的交互式学习模块中的应用。
Brief Bioinform. 2024 Jul 23;25(Supplement_1). doi: 10.1093/bib/bbae235.
9
Transcriptomics and epigenetic data integration learning module on Google Cloud.转录组学和表观遗传学数据集成学习模块在谷歌云上。
Brief Bioinform. 2024 Jul 23;25(Supplement_1). doi: 10.1093/bib/bbae352.
10
Reusable tutorials for using cloud-based computing environments for the analysis of bacterial gene expression data from bulk RNA sequencing.可重复使用的教程,用于使用基于云的计算环境分析来自批量 RNA 测序的细菌基因表达数据。
Brief Bioinform. 2024 May 23;25(4). doi: 10.1093/bib/bbae301.

本文引用的文献

1
Biofilm marker discovery with cloud-based dockerized metagenomics analysis of microbial communities.基于云的微生物群落宏基因组分析的生物膜标志物发现。
Brief Bioinform. 2024 Jul 23;25(Supplement_1). doi: 10.1093/bib/bbae429.
2
Transcriptomics and epigenetic data integration learning module on Google Cloud.转录组学和表观遗传学数据集成学习模块在谷歌云上。
Brief Bioinform. 2024 Jul 23;25(Supplement_1). doi: 10.1093/bib/bbae352.
3
CCPA: cloud-based, self-learning modules for consensus pathway analysis using GO, KEGG and Reactome.CCPA:基于云的、使用 GO、KEGG 和 Reactome 的自学习共识途径分析模块。
Brief Bioinform. 2024 Jul 23;25(Supplement_1). doi: 10.1093/bib/bbae222.
4
Identifying and training deep learning neural networks on biomedical-related datasets.在生物医学相关数据集上识别和训练深度学习神经网络。
Brief Bioinform. 2024 Jul 23;25(Supplement_1). doi: 10.1093/bib/bbae232.
5
Understanding proteome quantification in an interactive learning module on Google Cloud Platform.理解蛋白质组定量在 Google Cloud Platform 上的交互式学习模块中的应用。
Brief Bioinform. 2024 Jul 23;25(Supplement_1). doi: 10.1093/bib/bbae235.
6
Whole-genome bisulfite sequencing data analysis learning module on Google Cloud Platform.基于谷歌云平台的全基因组亚硫酸氢盐测序数据分析学习模块。
Brief Bioinform. 2024 Jul 23;25(Supplement_1). doi: 10.1093/bib/bbae236.
7
A cloud-based learning module for biomarker discovery.基于云的生物标志物发现学习模块。
Brief Bioinform. 2024 Jul 23;25(Supplement_1). doi: 10.1093/bib/bbae126.
8
Cloud-based introduction to BASH programming for biologists.基于云的生物学 BASH 编程入门。
Brief Bioinform. 2024 Jul 23;25(Supplement_1). doi: 10.1093/bib/bbae244.
9
CloudATAC: a cloud-based framework for ATAC-Seq data analysis.CloudATAC:一个基于云的 ATAC-Seq 数据分析框架。
Brief Bioinform. 2024 Jul 23;25(Supplement_1). doi: 10.1093/bib/bbae090.
10
Reusable tutorials for using cloud-based computing environments for the analysis of bacterial gene expression data from bulk RNA sequencing.可重复使用的教程,用于使用基于云的计算环境分析来自批量 RNA 测序的细菌基因表达数据。
Brief Bioinform. 2024 May 23;25(4). doi: 10.1093/bib/bbae301.