Van Tung Nguyen, Lien Nguyen Thi Kim, Huan Le Duc, Phuong Pham Cam, Mai Bui Bich, Mai Nguyen Thi Hoa, Huong Tran Thi Thanh, Huyen Phung Thi, Van Chu Nguyen, Van Dung Tran, Huy Luu Hong, Kien Dong Chi, Manh Dang Van, Long Duong Minh, Lan Nguyen Ngoc, Hien Nguyen Thanh, Hanh Ha Hong, Hoang Nguyen Huy
Institute of Biology, Vietnam Academy of Science and Technology, Hanoi 100000, Vietnam.
Faculty of Biology, Graduate University of Science and Technology, Vietnam Academy of Science and Technology, Hanoi 100000, Vietnam.
Diagnostics (Basel). 2025 Aug 28;15(17):2187. doi: 10.3390/diagnostics15172187.
Breast cancer (BC) is the most common cancer and the leading cause of cancer death in women. Hereditary BC risk accounts for 25% of all cases. Pathological variants in known BC precursor genes explain only about 30% of hereditary BC cases, while the underlying genetic factors in most families remain unknown. Identifying hereditary cancer risk factors will help improve genetic counseling, cancer prevention, and cancer care. Here, we used whole-exome sequencing (WES) to identify genetic variants in 105 Vietnamese patients with BC and 50 healthy women. BC-associated variants were screened by the Franklin software and the criteria of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) and evaluated based on in silico analysis. In total, 56 variants were identified in 37 genes associated with BC, including , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , , and in 41 patients. Among them, 12 variants were novel, and 10 variants were assessed as pathogenic/likely pathogenic by ACMG and ClinVar. Variants of uncertain significance (VUS) were evaluated using in silico prediction software to predict whether they are likely to cause the disease in patients. This is the first WES study to identify BC-associated genetic variants in Vietnamese patients, providing a comprehensive database of BC susceptibility gene variants. We suggest using WES as a tool to identify genetic variants in BC patients for risk prediction and treatment guidance.
乳腺癌（BC）是女性中最常见的癌症，也是癌症死亡的主要原因。遗传性BC风险占所有病例的25%。已知BC前体基因的病理性变异仅解释了约30%的遗传性BC病例，而大多数家族中潜在的遗传因素仍不清楚。识别遗传性癌症风险因素将有助于改善遗传咨询、癌症预防和癌症治疗。在此，我们使用全外显子组测序（WES）来识别105名越南BC患者和50名健康女性中的基因变异。通过Franklin软件以及美国医学遗传学与基因组学学会（ACMG）的标准筛选与BC相关的变异，并基于计算机分析进行评估。总共在与BC相关的37个基因中鉴定出56个变异，包括 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 、 当文中出现多个未明确给出具体内容的 时，保留原文形式 ，在41名患者中。其中，12个变异是新发现的，10个变异被ACMG和ClinVar评估为致病/可能致病。意义未明的变异（VUS）使用计算机预测软件进行评估，以预测它们是否可能在患者中导致疾病。这是第一项在越南患者中识别与BC相关基因变异的WES研究，提供了一个BC易感性基因变异的综合数据库。我们建议使用WES作为一种工具，来识别BC患者中的基因变异，用于风险预测和治疗指导。
