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Parametric and inverse-parametric sequence alignment with XPARAL.

作者信息

Gusfield D, Stelling P

机构信息

Computer Science Department, University of California, Davis 95616, USA.

出版信息

Methods Enzymol. 1996;266:481-94. doi: 10.1016/s0076-6879(96)66030-3.

DOI:10.1016/s0076-6879(96)66030-3
PMID:8743701
Abstract
摘要

相似文献

1
Parametric and inverse-parametric sequence alignment with XPARAL.使用XPARAL进行参数化和逆参数化序列比对。
Methods Enzymol. 1996;266:481-94. doi: 10.1016/s0076-6879(96)66030-3.
2
Combined DNA and protein alignment.DNA与蛋白质联合比对。
Methods Enzymol. 1996;266:402-18. doi: 10.1016/s0076-6879(96)66025-x.
3
Local alignment statistics.局部比对统计
Methods Enzymol. 1996;266:460-80. doi: 10.1016/s0076-6879(96)66029-7.
4
Entrez: molecular biology database and retrieval system.Entrez：分子生物学数据库与检索系统。
Methods Enzymol. 1996;266:141-62. doi: 10.1016/s0076-6879(96)66012-1.
5
Using the FASTA program to search protein and DNA sequence databases.使用FASTA程序搜索蛋白质和DNA序列数据库。
Methods Mol Biol. 1994;25:365-89. doi: 10.1385/0-89603-276-0:365.
6
Identification of functional residues and secondary structure from protein multiple sequence alignment.从蛋白质多序列比对中识别功能残基和二级结构。
Methods Enzymol. 1996;266:497-512. doi: 10.1016/s0076-6879(96)66031-5.
7
Multiple protein sequence alignment: algorithms and gap insertion.多序列比对：算法与空位插入
Methods Enzymol. 1996;266:343-67. doi: 10.1016/s0076-6879(96)66022-4.
8
Optimizing Smith-Waterman alignments.优化史密斯-沃特曼比对
Pac Symp Biocomput. 1999:302-13. doi: 10.1142/9789814447300_0030.
9
PHD: predicting one-dimensional protein structure by profile-based neural networks.PHD：基于轮廓的神经网络预测一维蛋白质结构
Methods Enzymol. 1996;266:525-39. doi: 10.1016/s0076-6879(96)66033-9.
10
Maximum entropy weighting of aligned sequences of proteins or DNA.蛋白质或DNA比对序列的最大熵加权
Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol. 1995;3:215-21.

引用本文的文献

1
Parameters for accurate genome alignment.基因组精确比对的参数。
BMC Bioinformatics. 2010 Feb 9;11:80. doi: 10.1186/1471-2105-11-80.
2
Support vector training of protein alignment models.蛋白质比对模型的支持向量训练
J Comput Biol. 2008 Sep;15(7):867-80. doi: 10.1089/cmb.2007.0152.
3
Parametric alignment of Drosophila genomes.果蝇基因组的参数比对
PLoS Comput Biol. 2006 Jun 23;2(6):e73. doi: 10.1371/journal.pcbi.0020073.
4
Parametric inference for biological sequence analysis.生物序列分析的参数推断
Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Nov 16;101(46):16138-43. doi: 10.1073/pnas.0406011101. Epub 2004 Nov 8.