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重组基因组数据库:生物数据库联盟的一个模型。

Restructuring the genome data base: a model for a federation of biological databases.

作者信息

Fasman K H

机构信息

Division of Biomedical Information Sciences, Johns Hopkins University, Baltimore, MD 21205, USA.

出版信息

J Comput Biol. 1994 Summer;1(2):165-71. doi: 10.1089/cmb.1994.1.165.

DOI:10.1089/cmb.1994.1.165
PMID:8790462
Abstract

The creation of a federation of public biological databases has been proposed. Formerly independent systems will need to be modified to interoperate better within this federation. This will enable the federated system to provide biologists with an integrated view of biological data. The GDB Human Genome Data Base is being restructured to participate in the proposed federation. GDB itself will be organized into a collection of related data sets in support of human gene mapping. The techniques that will be used to link these data sets will be applicable to the federation as a whole. Links will be based on stable accession numbers that have no inherent information content and are guaranteed always to be recognized. Improvements will be made in the links between GDB and the nucleotide sequence databases to test this approach further.

摘要

有人提议创建一个公共生物数据库联盟。以前独立的系统需要进行修改,以便在这个联盟中更好地实现互操作。这将使联合系统能够为生物学家提供生物数据的综合视图。GDB人类基因组数据库正在进行重组,以参与拟议的联盟。GDB本身将被组织成一组相关的数据集,以支持人类基因图谱绘制。用于链接这些数据集的技术将适用于整个联盟。链接将基于稳定的登录号,这些登录号没有内在的信息内容,并保证始终能被识别。将改进GDB与核苷酸序列数据库之间的链接,以进一步测试这种方法。

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引用本文的文献

1
DWARF--a data warehouse system for analyzing protein families.DWARF——一个用于分析蛋白质家族的数据仓库系统。
BMC Bioinformatics. 2006 Nov 9;7:495. doi: 10.1186/1471-2105-7-495.