• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

通过时间分辨晶体学分析核糖核酸酶T1的一种缓慢循环硫代磷酸酯底物的水解。

Hydrolysis of a slow cyclic thiophosphate substrate of RNase T1 analyzed by time-resolved crystallography.

作者信息

Zegers I, Loris R, Dehollander G, Fattah Haikal A, Poortmans F, Steyaert J, Wyns L

机构信息

Laboratorium voor Ultrastructuur, Vlaams Interuniversitair Instituut voor Biotechnologie, Vrije Universiteit Brussel, Belgium.

出版信息

Nat Struct Biol. 1998 Apr;5(4):280-3. doi: 10.1038/nsb0498-280.

DOI:10.1038/nsb0498-280
PMID:9546218
Abstract

Here we present a time-resolved crystallographic analysis of the hydrolysis of exo (Sp) guanosine 2',3'-cyclophosphorothioate by RNase T1. The use of a slow substrate and fast crystallization methods made it possible to perform the study with conventional data-collection techniques. The results support the idea that the hydrolysis reaction proceeds through a mechanism that is the inverse of the transesterification reaction. In addition, the structures provide an explanation for the differential behavior of RNase T1 towards exo- and endo-cyclic thiophosphates.

摘要

在此,我们展示了核糖核酸酶T1对外切(Sp)鸟苷2',3'-环硫代磷酸酯水解的时间分辨晶体学分析。使用缓慢底物和快速结晶方法使得利用传统数据收集技术进行该研究成为可能。结果支持了水解反应通过与酯交换反应相反的机制进行的观点。此外,这些结构为核糖核酸酶T1对外环和内环硫代磷酸酯的不同行为提供了解释。

相似文献

1
Hydrolysis of a slow cyclic thiophosphate substrate of RNase T1 analyzed by time-resolved crystallography.通过时间分辨晶体学分析核糖核酸酶T1的一种缓慢循环硫代磷酸酯底物的水解。
Nat Struct Biol. 1998 Apr;5(4):280-3. doi: 10.1038/nsb0498-280.
2
Crystal structure of RNase T1 with 3'-guanylic acid and guanosine.核糖核酸酶T1与3'-鸟苷酸和鸟苷的晶体结构。
J Biol Chem. 1994 Jan 7;269(1):127-33.
3
Analysis of internal motions of RNase T1 complexed with a productive substrate involving 15N NMR relaxation measurements.通过15N核磁共振弛豫测量分析与活性底物复合的核糖核酸酶T1的内部运动。
J Biochem. 2006 Jul;140(1):43-8. doi: 10.1093/jb/mvj123.
4
Complex of ribonuclease Sa with a cyclic nucleotide and a proposed model for the reaction intermediate.
Eur J Biochem. 1993 Aug 15;216(1):301-5. doi: 10.1111/j.1432-1033.1993.tb18145.x.
5
Three-dimensional structure of ribonuclease T1 complexed with an isosteric phosphonate substrate analogue of GpU: alternate substrate binding modes and catalysis.核糖核酸酶T1与GpU的等排膦酸酯底物类似物复合的三维结构:交替的底物结合模式与催化作用
Biochemistry. 1999 Feb 23;38(8):2452-61. doi: 10.1021/bi982612q.
6
Computer modeling studies of ribonuclease T1-guanosine monophosphate complexes.核糖核酸酶T1-鸟苷单磷酸复合物的计算机建模研究。
Biopolymers. 1990;30(3-4):257-72. doi: 10.1002/bip.360300304.
7
Structural analysis of an RNase T1 variant with an altered guanine binding segment.鸟嘌呤结合片段发生改变的核糖核酸酶T1变体的结构分析
J Mol Biol. 1999 Dec 17;294(5):1231-8. doi: 10.1006/jmbi.1999.3324.
8
X-ray analysis of cubic crystals of the complex formed between ribonuclease T1 and guanosine-3',5'-bisphosphate.核糖核酸酶T1与3',5'-二磷酸鸟苷形成的复合物立方晶体的X射线分析。
Acta Crystallogr B. 1991 Aug 1;47 ( Pt 4):521-7. doi: 10.1107/s0108768191001684.
9
RNase T1 variant RV cleaves single-stranded RNA after purines due to specific recognition by the Asn46 side chain amide.核糖核酸酶T1变体RV由于天冬酰胺46侧链酰胺的特异性识别,在嘌呤之后切割单链RNA。
Biochemistry. 2004 Mar 16;43(10):2854-62. doi: 10.1021/bi035961f.
10
Crystallographic study of Glu58Ala RNase T1 x 2'-guanosine monophosphate at 1.9-A resolution.分辨率为1.9埃的Glu58Ala核糖核酸酶T1 x 2'-鸟苷单磷酸的晶体学研究。
Biochemistry. 1994 Feb 22;33(7):1654-62. doi: 10.1021/bi00173a006.

引用本文的文献

1
New Catalytic Residues and Catalytic Mechanism of the RNase T1 Family.核糖核酸酶T1家族的新催化残基与催化机制
ACS Bio Med Chem Au. 2024 Sep 20;4(5):257-267. doi: 10.1021/acsbiomedchemau.4c00046. eCollection 2024 Oct 16.
2
The time revolution in macromolecular crystallography.大分子晶体学中的时间革命。
Struct Dyn. 2024 Apr 12;11(2):020901. doi: 10.1063/4.0000247. eCollection 2024 Mar.
3
RNA Cleavage Properties of Nucleobase-Specific RNase MC1 and Cusativin Are Determined by the Dinucleotide-Binding Interactions in the Enzyme-Active Site.
核碱基特异性 RNase MC1 和 Cusativin 的 RNA 切割特性由酶活性位点中的二核苷酸结合相互作用决定。
Int J Mol Sci. 2022 Jun 24;23(13):7021. doi: 10.3390/ijms23137021.
4
Not making the cut: Techniques to prevent RNA cleavage in structural studies of RNase-RNA complexes.未达标准:在核糖核酸酶 - 核糖核酸复合物结构研究中防止RNA裂解的技术。
J Struct Biol X. 2022 Mar 11;6:100066. doi: 10.1016/j.yjsbx.2022.100066. eCollection 2022.
5
Substrate specificity and mutational analysis of Kluyveromyces lactis gamma-toxin, a eukaryal tRNA anticodon nuclease.克鲁维酵母γ-毒素的底物特异性和突变分析,一种真核 tRNA 反密码子核酸内切酶。
RNA. 2011 Jul;17(7):1336-43. doi: 10.1261/rna.2722711. Epub 2011 May 24.
6
Determinants of eukaryal cell killing by the bacterial ribotoxin PrrC.细菌核糖核酸酶 PrrC 诱导真核细胞死亡的决定因素。
Nucleic Acids Res. 2011 Jan;39(2):687-700. doi: 10.1093/nar/gkq831. Epub 2010 Sep 19.
7
Nucleases: diversity of structure, function and mechanism.核酸酶:结构、功能和机制的多样性。
Q Rev Biophys. 2011 Feb;44(1):1-93. doi: 10.1017/S0033583510000181. Epub 2010 Sep 21.
8
Structure-activity relationships in Kluyveromyces lactis gamma-toxin, a eukaryal tRNA anticodon nuclease.乳酸克鲁维酵母γ-毒素(一种真核tRNA反密码子核酸酶)的构效关系
RNA. 2009 Jun;15(6):1036-44. doi: 10.1261/rna.1637809. Epub 2009 Apr 21.
9
A phosphate-binding histidine of binuclear metallophosphodiesterase enzymes is a determinant of 2',3'-cyclic nucleotide phosphodiesterase activity.双核金属磷酸二酯酶的一个磷酸结合组氨酸是2',3'-环核苷酸磷酸二酯酶活性的一个决定因素。
J Biol Chem. 2008 Nov 7;283(45):30942-9. doi: 10.1074/jbc.M805064200. Epub 2008 Aug 28.
10
Nonspecific base recognition mediated by water bridges and hydrophobic stacking in ribonuclease I from Escherichia coli.由大肠杆菌核糖核酸酶I中的水桥和疏水堆积介导的非特异性碱基识别。
Protein Sci. 2008 Apr;17(4):681-90. doi: 10.1110/ps.073420708. Epub 2008 Feb 27.