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在基因组数据库的迷宫中为自己导航的实用指南。

A practical guide to orient yourself in the labyrinth of genome databases.

作者信息

Borsani G, Ballabio A, Banfi S

机构信息

Telethon Institute of Genetics and Medicine (TIGEM), San Raffaele Biomedical Science Park and Università Vita e Salute San Raffaele, Milan, Italy.

出版信息

Hum Mol Genet. 1998;7(10):1641-8. doi: 10.1093/hmg/7.10.1641.

DOI:10.1093/hmg/7.10.1641
PMID:9735386
Abstract

The identification of genes involved in human inherited disorders has been revolutionized by the resources produced by the Human Genome Project. In particular, the generation of >1 000 000 human expressed sequence tags (ESTs) has led to the partial identification of a significant percentage of all human genes. In the next 7 years, we will witness another revolution when sequencing of the human genome is complete. The generation of large amounts of genomic data must be accompanied by parallel efforts to make the information easily accessible. Efforts towards this goal have already started, but retrieval of information from genomic databases still remains an arduous task. With practical examples, we will try to show how the currently available information can be exploited usefully, in particular to identify candidate genes for human diseases.

摘要

人类基因组计划所产生的资源彻底改变了人类遗传性疾病相关基因的鉴定工作。特别是,超过100万个人类表达序列标签(EST)的产生,使得相当比例的人类基因得到了部分鉴定。在未来7年里,当人类基因组测序完成时,我们将见证另一场变革。大量基因组数据的产生必须伴随着使这些信息易于获取的并行努力。朝着这一目标的努力已经开始,但从基因组数据库中检索信息仍然是一项艰巨的任务。通过实际例子,我们将试图展示如何有效地利用当前可用的信息,特别是用于鉴定人类疾病的候选基因。

相似文献

1
A practical guide to orient yourself in the labyrinth of genome databases.在基因组数据库的迷宫中为自己导航的实用指南。
Hum Mol Genet. 1998;7(10):1641-8. doi: 10.1093/hmg/7.10.1641.
2
Expressed sequence tags (ESTs).表达序列标签(ESTs)。
Methods Biochem Anal. 2001;43:283-301. doi: 10.1002/0471223921.ch12.
3
[Systematic genome-wide approach to positional candidate cloning for identification of novel human disease genes].[用于鉴定新型人类疾病基因的全基因组位置候选克隆系统方法]
Tanpakushitsu Kakusan Koso. 2004 Dec;49(17 Suppl):2894-901.
4
Rapid in silico cloning of genes using expressed sequence tags (ESTs).利用表达序列标签(ESTs)进行基因的快速电子克隆。
Biotechnol Annu Rev. 2000;5:25-44. doi: 10.1016/s1387-2656(00)05031-6.
5
Discovering genes for new medicines.发现用于新药的基因。
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6
The human genome.人类基因组。
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More than 1,000 putative new human signalling proteins revealed by EST data mining.通过EST数据挖掘发现1000多种假定的新型人类信号蛋白。
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8
Searching for candidate genes in the new millennium.在新千年中寻找候选基因。
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9
The Human Genome Project and the future of medicine.人类基因组计划与医学的未来。
Am J Dis Child. 1993 Nov;147(11):1145-52. doi: 10.1001/archpedi.1993.02160350019003.
10
[Analysis, identification and correction of some errors of model refseqs appeared in NCBI Human Gene Database by in silico cloning and experimental verification of novel human genes].[通过新型人类基因的电子克隆和实验验证对NCBI人类基因数据库中出现的模型参考序列的一些错误进行分析、鉴定和校正]
Yi Chuan Xue Bao. 2004 May;31(5):431-43.

引用本文的文献

1
Cloning of the gene encoding a novel integral membrane protein, mucolipidin-and identification of the two major founder mutations causing mucolipidosis type IV.编码一种新型整合膜蛋白粘脂质蛋白的基因克隆及导致IV型粘脂质贮积症的两个主要始祖突变的鉴定。
Am J Hum Genet. 2000 Nov;67(5):1110-20. doi: 10.1016/S0002-9297(07)62941-3. Epub 2000 Sep 29.