半子囊菌酵母的基因组探索：12. 马克斯克鲁维酵母马克斯克鲁维变种

Genomic exploration of the hemiascomycetous yeasts: 12. Kluyveromyces marxianus var. marxianus.

作者信息

Llorente B, Malpertuy A, Blandin G, Artiguenave F, Wincker P, Dujon B

机构信息

Unité de Génétique Moléculaire des Levures (URA 2171 du CNRS, UFR 927 Université Pierre et Marie Curie), Institut Pasteur, Paris, France.

出版信息

FEBS Lett. 2000 Dec 22;487(1):71-5. doi: 10.1016/s0014-5793(00)02283-3.

DOI:10.1016/s0014-5793(00)02283-3

PMID:11152887

Abstract

As part of the comparative genomics project 'GENOLEVURES', we studied the Kluyveromyces marxianus var. marxianus strain CBS712 using a partial random sequencing strategy. With a 0.2 x genome equivalent coverage, we identified ca. 1300 novel genes encoding proteins, some containing spliceosomal introns with consensus splice sites identical to those of Saccharomyces cerevisiae, 28 tRNA genes, the whole rDNA repeat, and retrotransposons of the Ty1/2 family of S. cerevisiae with diverged Long Terminal Repeats. Functional classification of the K. marxianus genes, as well as the analysis of the paralogous gene families revealed few differences with respect to S. cerevisiae. Only 42 K. marxianus identified genes are without detectable homolog in the baker's yeast. However, we identified several genetic rearrangements between these two yeast species.

摘要

作为比较基因组学项目“GENOLEVURES”的一部分，我们使用部分随机测序策略研究了马克斯克鲁维酵母马克斯克鲁维变种CBS712菌株。在基因组等效覆盖率为0.2倍的情况下，我们鉴定出约1300个编码蛋白质的新基因，其中一些含有剪接体内含子，其共有剪接位点与酿酒酵母的相同，28个tRNA基因、完整的rDNA重复序列以及酿酒酵母Ty1/2家族具有不同长末端重复序列的反转录转座子。马克斯克鲁维酵母基因的功能分类以及旁系同源基因家族分析显示，与酿酒酵母相比差异不大。在面包酵母中，仅42个已鉴定的马克斯克鲁维酵母基因没有可检测到的同源物。然而，我们在这两种酵母之间鉴定出了一些基因重排。