• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

NMRShiftDB——通过一个免费的社区构建网络数据库支持化合物鉴定和结构解析。

NMRShiftDB -- compound identification and structure elucidation support through a free community-built web database.

作者信息

Steinbeck Christoph, Kuhn Stefan

机构信息

Max-Planck-Institute of Chemical Ecology, Hans-Knöll-Str. 8, D-07745 Jena, Germany.

出版信息

Phytochemistry. 2004 Oct;65(19):2711-7. doi: 10.1016/j.phytochem.2004.08.027.

DOI:10.1016/j.phytochem.2004.08.027
PMID:15464159
Abstract

Compound identification and support for computer-assisted structure elucidation via a free community-built web database for organic structures and their NMR data is described. The new database NMRShiftDB is available on . As the first NMR database, NMRShiftDB allows not only open access to the database but also open and peer reviewed submission of datasets, enabling the natural products community to build its first free repository of assigned 1H and 13C NMR spectra. In addition to the open access, the underlying database software is built solely from free software and is available under an open source license. This allows collaborating laboratories to fully replicate the database and to create a highly available network of NMRShiftDB mirrors. The database contains about 10,000 structures and assigned spectra, with new datasets constantly added. Its functionality includes (sub-) spectra and (sub-) structure searches as well as shift prediction of 13C spectra based on the current database material.

摘要

本文描述了通过一个免费的、由社区构建的有机结构及其核磁共振数据的网络数据库进行化合物鉴定和对计算机辅助结构解析的支持。新数据库NMRShiftDB可在[具体网址]获取。作为首个核磁共振数据库,NMRShiftDB不仅允许对数据库进行开放访问,还允许对数据集进行开放且经过同行评审的提交,使天然产物领域能够建立其首个免费的已归属的¹H和¹³C核磁共振谱库。除了开放访问外,底层数据库软件完全由免费软件构建,并根据开源许可提供。这使得合作实验室能够完全复制该数据库,并创建一个高可用性的NMRShiftDB镜像网络。该数据库包含约10,000个结构和已归属的谱图,并且不断有新的数据集添加进来。其功能包括(子)谱图和(子)结构搜索,以及基于当前数据库资料对¹³C谱图进行化学位移预测。

相似文献

1
NMRShiftDB -- compound identification and structure elucidation support through a free community-built web database.NMRShiftDB——通过一个免费的社区构建网络数据库支持化合物鉴定和结构解析。
Phytochemistry. 2004 Oct;65(19):2711-7. doi: 10.1016/j.phytochem.2004.08.027.
2
NMRShiftDB-constructing a free chemical information system with open-source components.NMRShiftDB——利用开源组件构建一个免费的化学信息系统。
J Chem Inf Comput Sci. 2003 Nov-Dec;43(6):1733-9. doi: 10.1021/ci0341363.
3
Performance validation of neural network based (13)c NMR prediction using a publicly available data source.使用公开数据源对基于神经网络的(13)c NMR预测进行性能验证。
J Chem Inf Model. 2008 Mar;48(3):550-5. doi: 10.1021/ci700363r. Epub 2008 Feb 23.
4
MyMolDB: a micromolecular database solution with open source and free components.MyMolDB:一个具有开源和免费组件的小分子数据库解决方案。
J Comput Chem. 2011 Oct;32(13):2942-8. doi: 10.1002/jcc.21874. Epub 2011 Jul 5.
5
cPath: open source software for collecting, storing, and querying biological pathways.cPath:用于收集、存储和查询生物途径的开源软件。
BMC Bioinformatics. 2006 Nov 13;7:497. doi: 10.1186/1471-2105-7-497.
6
GLYCOSCIENCES.de: an Internet portal to support glycomics and glycobiology research.GLYCOSCIENCES.de:一个支持糖组学和糖生物学研究的互联网门户网站。
Glycobiology. 2006 May;16(5):71R-81R. doi: 10.1093/glycob/cwj049. Epub 2005 Oct 20.
7
Amino acid quantitative structure property relationship database: a web-based platform for quantitative investigations of amino acids.氨基酸定量结构性质关系数据库:一个用于氨基酸定量研究的基于网络的平台。
Protein Eng Des Sel. 2007 Jul;20(7):347-51. doi: 10.1093/protein/gzm027. Epub 2007 Jun 8.
8
Make2ddb: a simple package to set up a two-dimensional electrophoresis database for the World Wide Web.Make2ddb:一个用于为万维网建立二维电泳数据库的简单程序包。
Electrophoresis. 1997 Dec;18(15):2755-8. doi: 10.1002/elps.1150181509.
9
MuStaR and other software for locus-specific mutation databases.用于特定基因座突变数据库的MuStaR及其他软件。
Hum Mutat. 2000;15(1):76-85. doi: 10.1002/(SICI)1098-1004(200001)15:1<76::AID-HUMU15>3.0.CO;2-8.
10
Prediction of biological activity spectra via the Internet.通过互联网预测生物活性谱。
SAR QSAR Environ Res. 2003 Oct-Dec;14(5-6):339-47. doi: 10.1080/10629360310001623935.

引用本文的文献

1
The evolution of open science in cheminformatics: a journey from closed systems to collaborative innovation.化学信息学中开放科学的演进:从封闭系统到协同创新的历程。
J Cheminform. 2025 Apr 3;17(1):44. doi: 10.1186/s13321-025-00990-w.
2
From NMR to AI: Do We Need H NMR Experimental Spectra to Obtain High-Quality logD Prediction Models?从核磁共振到人工智能:获得高质量的logD预测模型需要氢核磁共振实验光谱吗?
J Chem Inf Model. 2025 Mar 24;65(6):2924-2939. doi: 10.1021/acs.jcim.4c02145. Epub 2025 Mar 5.
3
Introducing "Identification Probability" for Automated and Transferable Assessment of Metabolite Identification Confidence in Metabolomics and Related Studies.
介绍用于代谢组学及相关研究中代谢物鉴定置信度的自动化和可转移评估的“鉴定概率”。
Anal Chem. 2025 Jan 14;97(1):1-11. doi: 10.1021/acs.analchem.4c04060. Epub 2024 Dec 19.
4
StreptomeDB 4.0: a comprehensive database of streptomycetes natural products enriched with protein interactions and interactive spectral visualization.链霉菌数据库4.0:一个富含蛋白质相互作用和交互式光谱可视化的链霉菌天然产物综合数据库。
Nucleic Acids Res. 2025 Jan 6;53(D1):D724-D729. doi: 10.1093/nar/gkae1030.
5
Introducing 'identification probability' for automated and transferable assessment of metabolite identification confidence in metabolomics and related studies.引入“识别概率”用于代谢组学及相关研究中代谢物识别可信度的自动化和可转移评估。
bioRxiv. 2024 Jul 31:2024.07.30.605945. doi: 10.1101/2024.07.30.605945.
6
Natural Products Dereplication: Databases and Analytical Methods.天然产物去重复:数据库与分析方法。
Prog Chem Org Nat Prod. 2024;124:1-56. doi: 10.1007/978-3-031-59567-7_1.
7
Overview and limitations of database in global traditional medicines: A narrative review.全球传统医学数据库概述与局限性:一篇叙述性综述
Acta Pharmacol Sin. 2025 Feb;46(2):235-263. doi: 10.1038/s41401-024-01353-1. Epub 2024 Aug 2.
8
A Data Deposition Platform for Sharing Nuclear Magnetic Resonance Data.用于共享磁共振数据的数据存储库平台。
J Nat Prod. 2023 Nov 24;86(11):2554-2561. doi: 10.1021/acs.jnatprod.3c00795. Epub 2023 Nov 7.
9
Discovering New Natural Products Using Metabolomics-Based Approaches.利用基于代谢组学的方法发现新的天然产物。
Adv Exp Med Biol. 2023;1439:185-224. doi: 10.1007/978-3-031-41741-2_8.
10
Advances in Microbial NMR Metabolomics.微生物 NMR 代谢组学的进展。
Adv Exp Med Biol. 2023;1439:123-147. doi: 10.1007/978-3-031-41741-2_6.