• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

The power of phylogenetic comparison in revealing protein function.

作者信息

Yang Ziheng

机构信息

Department of Biology, University College London, Darwin Building, Gower Street, London WC1E 6BT, England.

出版信息

Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Mar 1;102(9):3179-80. doi: 10.1073/pnas.0500371102. Epub 2005 Feb 22.

DOI:10.1073/pnas.0500371102
PMID:15728394
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC552944/
Abstract
摘要

相似文献

1
The power of phylogenetic comparison in revealing protein function.系统发育比较在揭示蛋白质功能方面的作用。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Mar 1;102(9):3179-80. doi: 10.1073/pnas.0500371102. Epub 2005 Feb 22.
2
Phylogenetic profiling.系统发育谱分析
Methods Mol Biol. 2008;453:201-16. doi: 10.1007/978-1-60327-429-6_9.
3
Functional links between proteins.蛋白质之间的功能联系。
Nature. 1999 Nov 4;402(6757):23, 25-6. doi: 10.1038/46915.
4
Phylogenetic analysis of protein sequence data using the Randomized Axelerated Maximum Likelihood (RAXML) Program.使用随机加速最大似然法（RAXML）程序对蛋白质序列数据进行系统发育分析。
Curr Protoc Mol Biol. 2011 Oct;Chapter 19:Unit19.11. doi: 10.1002/0471142727.mb1911s96.
5
Estimating the distribution of selection coefficients from phylogenetic data with applications to mitochondrial and viral DNA.从系统发育数据估计选择系数的分布及其在线粒体和病毒DNA中的应用。
Mol Biol Evol. 2003 Aug;20(8):1231-9. doi: 10.1093/molbev/msg147. Epub 2003 May 30.
6
Positive selection along the evolution of primate mitogenomes.灵长类动物线粒体基因组进化过程中的正选择。
Mitochondrion. 2013 Nov;13(6):846-51. doi: 10.1016/j.mito.2013.06.001. Epub 2013 Jun 10.
7
SIFTER search: a web server for accurate phylogeny-based protein function prediction.SIFTER搜索：一个用于基于系统发育的蛋白质功能准确预测的网络服务器。
Nucleic Acids Res. 2015 Jul 1;43(W1):W141-7. doi: 10.1093/nar/gkv461. Epub 2015 May 15.
8
Phylogenetic analysis and selection pressures of 5-HT receptors in human and non-human primates: receptor of an ancient neurotransmitter.人类和非人类灵长类动物 5-羟色胺受体的系统发育分析和选择压力：一种古老神经递质的受体。
J Biomol Struct Dyn. 2010 Apr;27(5):581-98. doi: 10.1080/07391102.2010.10508573.
9
ProtPhylo: identification of protein-phenotype and protein-protein functional associations via phylogenetic profiling.ProtPhylo：通过系统发育谱分析鉴定蛋白质-表型和蛋白质-蛋白质功能关联。
Nucleic Acids Res. 2015 Jul 1;43(W1):W160-8. doi: 10.1093/nar/gkv455. Epub 2015 May 8.
10
Rapid evolution of primate antiviral enzyme APOBEC3G.灵长类抗病毒酶载脂蛋白B mRNA编辑酶催化多肽样蛋白3G的快速进化。
Hum Mol Genet. 2004 Aug 15;13(16):1785-91. doi: 10.1093/hmg/ddh183. Epub 2004 Jun 15.

引用本文的文献

1
Correlations of gene expression, codon usage bias, and evolutionary rates of the mitochondrial genome show tissue differentiation in Ophioglossum vulgatum.瓶尔小草线粒体基因组的基因表达、密码子使用偏好和进化速率的相关性显示出组织分化。
BMC Plant Biol. 2025 Feb 1;25(1):134. doi: 10.1186/s12870-025-06157-x.
2
has mammal-like mutation rates facilitating fast adaptation despite its nonaging phenotype.尽管具有非衰老表型，但具有类似哺乳动物的突变率，有利于快速适应。
Genome Res. 2024 Dec 23;34(12):2217-2228. doi: 10.1101/gr.279025.124.
3
Genome-wide identification of the E-class gene family in wheat: evolution, expression, and interaction.小麦中E类基因家族的全基因组鉴定：进化、表达及相互作用
Front Plant Sci. 2024 Sep 3;15:1419437. doi: 10.3389/fpls.2024.1419437. eCollection 2024.
4
Comparative genomics analysis of endangered wild Egyptian (Forssk.) Fiori plastome, with implications for the evolution of Brassicales order.濒危野生埃及芥（Forssk.）菲奥里叶绿体基因组的比较基因组学分析及其对十字花目进化的意义
Front Genet. 2023 Mar 13;14:1131644. doi: 10.3389/fgene.2023.1131644. eCollection 2023.
5
Chloroplast gene expression level is negatively correlated with evolutionary rates and selective pressure while positively with codon usage bias in Ophioglossum vulgatum L.叶绿体基因表达水平与进化速率和选择压力呈负相关，而与凤尾蕨的密码子使用偏性呈正相关。
BMC Plant Biol. 2022 Dec 13;22(1):580. doi: 10.1186/s12870-022-03960-8.
6
Birth-and-death evolution of ribonuclease 9 genes in Cetartiodactyla.Cetartiodactyla 中核糖核酸酶 9 基因的诞生与消亡进化。
Sci China Life Sci. 2023 May;66(5):1170-1182. doi: 10.1007/s11427-022-2195-x. Epub 2022 Nov 25.
7
Distribution, expression and methylation analysis of positively selected genes provides insights into the evolution in Brassica rapa.对正向选择基因的分布、表达和甲基化分析为白菜的进化提供了见解。
PLoS One. 2021 Oct 8;16(10):e0256120. doi: 10.1371/journal.pone.0256120. eCollection 2021.
8
TDP-43 facilitates milk lipid secretion by post-transcriptional regulation of Btn1a1 and Xdh.TDP-43 通过对 Btn1a1 和 Xdh 的转录后调控促进乳脂分泌。
Nat Commun. 2020 Jan 17;11(1):341. doi: 10.1038/s41467-019-14183-1.
9
Genomic analysis of the four ecologically distinct cactus host populations of Drosophila mojavensis.对四个生态上不同的仙人掌宿主种群的果蝇莫哈韦亚种的基因组分析。
BMC Genomics. 2019 Oct 12;20(1):732. doi: 10.1186/s12864-019-6097-z.
10
Evolutionary Rate Heterogeneity and Functional Divergence of Orthologous Genes in .. 中直系同源基因的进化率异质性和功能分化
Biomolecules. 2019 Sep 16;9(9):490. doi: 10.3390/biom9090490.

本文引用的文献

1
Positive selection of primate TRIM5alpha identifies a critical species-specific retroviral restriction domain.灵长类TRIM5α的阳性选择鉴定出一个关键的物种特异性逆转录病毒限制域。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Feb 22;102(8):2832-7. doi: 10.1073/pnas.0409853102. Epub 2005 Feb 2.
2
High rate of viral evolution associated with the emergence of carnivore parvovirus.与食肉动物细小病毒出现相关的病毒高进化率。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Jan 11;102(2):379-84. doi: 10.1073/pnas.0406765102. Epub 2004 Dec 30.
3
Darwinian adaptation of proteorhodopsin to different light intensities in the marine environment.视紫质在海洋环境中对不同光强度的达尔文式适应。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Oct 12;101(41):14824-9. doi: 10.1073/pnas.0403999101. Epub 2004 Oct 4.
4
Adaptive evolution of scorpion sodium channel toxins.蝎钠通道毒素的适应性进化
J Mol Evol. 2004 Feb;58(2):145-53. doi: 10.1007/s00239-003-2534-2.
5
Rapid evolution by positive Darwinian selection in the extracellular domain of the abundant lymphocyte protein CD45 in primates.灵长类动物中丰富的淋巴细胞蛋白CD45细胞外结构域通过正向达尔文选择实现快速进化。
Mol Biol Evol. 2004 Aug;21(8):1504-11. doi: 10.1093/molbev/msh111. Epub 2004 Mar 10.
6
The cytoplasmic body component TRIM5alpha restricts HIV-1 infection in Old World monkeys.细胞质体成分TRIM5α限制旧世界猴中的HIV-1感染。
Nature. 2004 Feb 26;427(6977):848-53. doi: 10.1038/nature02343.
7
Inferring nonneutral evolution from human-chimp-mouse orthologous gene trios.从人-黑猩猩-小鼠直系同源基因三联体推断非中性进化
Science. 2003 Dec 12;302(5652):1960-3. doi: 10.1126/science.1088821.
8
Convergent neofunctionalization by positive Darwinian selection after ancient recurrent duplications of the xanthine dehydrogenase gene.黄嘌呤脱氢酶基因古老的反复复制后，通过正向达尔文选择实现的趋同新功能化。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2003 Nov 11;100(23):13413-7. doi: 10.1073/pnas.1835646100. Epub 2003 Oct 23.
9
Comparative analyses of multi-species sequences from targeted genomic regions.来自目标基因组区域的多物种序列的比较分析。
Nature. 2003 Aug 14;424(6950):788-93. doi: 10.1038/nature01858.
10
Identification of residues in glutathione transferase capable of driving functional diversification in evolution. A novel approach to protein redesign.鉴定谷胱甘肽转移酶中能够在进化中驱动功能多样化的残基。一种蛋白质重新设计的新方法。
J Biol Chem. 2003 Mar 7;278(10):8733-8. doi: 10.1074/jbc.M211776200. Epub 2002 Dec 16.